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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1663 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Model of the Vesicular Stomatitis Virus | |||||||||
![]() | This is one octant of the volume of the top view of the VSV virion trunk. | |||||||||
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![]() | NSRV / VSV / CryoEM / RNA / helix | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.6 Å | |||||||||
![]() | Ge P / Tsao J / Green TJ / Luo M / Zhou ZH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM model of the bullet-shaped vesicular stomatitis virus. 著者: Peng Ge / Jun Tsao / Stan Schein / Todd J Green / Ming Luo / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each ...Vesicular stomatitis virus (VSV) is a bullet-shaped rhabdovirus and a model system of negative-strand RNA viruses. Through direct visualization by means of cryo-electron microscopy, we show that each virion contains two nested, left-handed helices: an outer helix of matrix protein M and an inner helix of nucleoprotein N and RNA. M has a hub domain with four contact sites that link to neighboring M and N subunits, providing rigidity by clamping adjacent turns of the nucleocapsid. Side-by-side interactions between neighboring N subunits are critical for the nucleocapsid to form a bullet shape, and structure-based mutagenesis results support this description. Together, our data suggest a mechanism of VSV assembly in which the nucleocapsid spirals from the tip to become the helical trunk, both subsequently framed and rigidified by the M layer. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 72.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 131.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 6.7 MB 5.5 MB | ![]() | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | This is one octant of the volume of the top view of the VSV virion trunk. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.532 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: This is 5 consequetive N's in the nucleocapsid
注釈 | This is 5 consequetive N's in the nucleocapsid | ||||||||||||
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ファイル | ![]() | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-セグメンテーションマップ: This is 2N with 5M in closest neighborhood of a central M-hub domain
注釈 | This is 2N with 5M in closest neighborhood of a central M-hub domain | ||||||||||||
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ファイル | ![]() | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : VSV (Indiana)
全体 | 名称: VSV (Indiana) |
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要素 |
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-超分子 #1000: VSV (Indiana)
超分子 | 名称: VSV (Indiana) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Mature virion / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Vesicular stomatitis virus
超分子 | 名称: Vesicular stomatitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: VSV 詳細: Horse is the primary host species of the virus but Human is also possible. NCBI-ID: 11276 / 生物種: Vesicular stomatitis virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: VSV |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 100mM NaCl, 10nM Tris, 1mM EDTA |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo sample |
グリッド | 詳細: Quantifoil 3.5/1 200 mesh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: manual plunger. Vitrification carried out in open room 手法: manual blot 1 second before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 平均: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification |
日付 | 2007年1月5日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.532 µm / 実像数: 212 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 98000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Helicity determined and applied by IHRSR |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: Rigid Body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-2wyy: |