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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 165d | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF A MISPAIRED RNA DOUBLE HELIX AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND IMPLICATIONS FOR THE PREDICTION OF RNA SECONDARY STRUCTURE | ||||||||||||||||||
要素 | DNA/RNA (5'-R(*キーワード | DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES / MODIFIED / MISMATCHED | 機能・相同性 | RHODIUM HEXAMINE ION / RNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å | データ登録者 | Cruse, W. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 | タイトル: Structure of a mispaired RNA double helix at 1.6-A resolution and implications for the prediction of RNA secondary structure. 著者: Cruse, W.B. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 165d.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb165d.ent.gz | 14.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 165d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 165d_validation.pdf.gz | 362.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 165d_full_validation.pdf.gz | 363.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 165d_validation.xml.gz | 2.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 165d_validation.cif.gz | 3.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/65/165d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/65/165d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE DEOXY-BROMO-URACIL +U IS WELL ORDERED ON STRAND A BUT NOT ON STRAND B (RESIDUE +U 18) WHERE TWO (50:50) DISORDERED POSITIONS WERE GIVEN. FOUR RHODIUM HEXAMINE IONS RH(NH3)6 ++ WERE LOCATED ...1: THE DEOXY-BROMO-URACIL +U IS WELL ORDERED ON STRAND A BUT NOT ON STRAND B (RESIDUE +U 18) WHERE TWO (50:50) DISORDERED POSITIONS WERE GIVEN. FOUR RHODIUM HEXAMINE IONS RH(NH3)6 ++ WERE LOCATED (NAMED RHD), TWO WITH FULL OCCUPANCY FACTORS (RESIDUES 19 AND 20) AND TWO WITH PARTIAL OCCUPANCIES (RESIDUES 21 AND 22). | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2887.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-RHD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: pH 6.30, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 6093 / Observed criterion σ(F): 2 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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