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- PDB-165d: THE STRUCTURE OF A MISPAIRED RNA DOUBLE HELIX AT 1.6 ANGSTROMS RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 165d
タイトルTHE STRUCTURE OF A MISPAIRED RNA DOUBLE HELIX AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND IMPLICATIONS FOR THE PREDICTION OF RNA SECONDARY STRUCTURE
要素DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*)-D(*(BRU))-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES / MODIFIED / MISMATCHED
機能・相同性RHODIUM HEXAMINE ION / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Cruse, W. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Structure of a mispaired RNA double helix at 1.6-A resolution and implications for the prediction of RNA secondary structure.
著者: Cruse, W.B. / Saludjian, P. / Biala, E. / Strazewski, P. / Prange, T. / Kennard, O.
履歴
登録1994年3月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*)-D(*(BRU))-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*)-D(*(BRU))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5966
ポリマ－5,7752
非ポリマー8204
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 19.400, 50.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THE DEOXY-BROMO-URACIL +U IS WELL ORDERED ON STRAND A BUT NOT ON STRAND B (RESIDUE +U 18) WHERE TWO (50:50) DISORDERED POSITIONS WERE GIVEN. FOUR RHODIUM HEXAMINE IONS RH(NH3)6 ++ WERE LOCATED ...1: THE DEOXY-BROMO-URACIL +U IS WELL ORDERED ON STRAND A BUT NOT ON STRAND B (RESIDUE +U 18) WHERE TWO (50:50) DISORDERED POSITIONS WERE GIVEN. FOUR RHODIUM HEXAMINE IONS RH(NH3)6 ++ WERE LOCATED (NAMED RHD), TWO WITH FULL OCCUPANCY FACTORS (RESIDUES 19 AND 20) AND TWO WITH PARTIAL OCCUPANCIES (RESIDUES 21 AND 22).
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-18-

BRU

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要素

#1: RNA鎖 DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*)-D(*(BRU))-3')


分子量: 2887.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-RHD / RHODIUM HEXAMINE ION


分子量: 205.089 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18N6Rh
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: pH 6.30, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2LI CACODYLATE11
3[RH(NH3)6]CL311
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 %MPD1reservoir
20.1 mgnonamer1drop
320 mMlithium cacodylate1drop
46-10 mM1dropcan be replaced by Ir(NH3)6Cl3Rh(NH3)6Cl3

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトタイプID
シンクロトロンLURE LURE 1
2
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
ENRAF-NONIUS FAST2DIFFRACTOMETER
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 6093 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.18 -
obs0.18 6098
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 389 31 54 474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.0110.015
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0.0280.025
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d0.0360.04
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr0.0740.07
X-RAY DIFFRACTIONn_mcbond_it1.5082
X-RAY DIFFRACTIONn_scbond_it2.1242
X-RAY DIFFRACTIONn_mcangle_it2.3173
X-RAY DIFFRACTIONn_scangle_it3.3733

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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