+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16414 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (consensus) | ||||||||||||||||||
マップデータ | local resolution filtered consensus map, fitted | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | mitochondrial translation / mRNA delivery / RIBOSOME (リボソーム) | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Singh V / Itoh Y / Amunts A | ||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of LRPPRC-SLIRP-dependent translation by the mitoribosome 著者: Singh V / Conor J / Itoh Y / Soto T / Fontanesi F / Couvillian M / Huynen M / Churchman S / Barrientos A / Amunts A | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16414.map.gz | 559.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16414-v30.xml emd-16414.xml | 29.2 KB 29.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16414.png | 58.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16414.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_16414_additional_1.map.gz emd_16414_half_map_1.map.gz emd_16414_half_map_2.map.gz | 814.4 MB 816.9 MB 816.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16414 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16414 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | local resolution filtered consensus map, fitted | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: unsharpened consensus map, fitted
ファイル | emd_16414_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened consensus map, fitted | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: raw half map 1
ファイル | emd_16414_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | raw half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: raw half map 1
ファイル | emd_16414_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | raw half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNA...
全体 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNAs in the A-site, P-site and E-site |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNA...
超分子 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNAs in the A-site, P-site and E-site タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#91 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41811 |