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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1644 Fab | |||||||||||||||||||||
![]() | focus map | |||||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / PROTEIN BINDING | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Stroeh L / Hansen G / Vollmer B / Krey T / Benecke T / Gruenewald K | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Activity of broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses: a trade-off between SARS-CoV-2 variants and distant coronaviruses? 著者: Stein CS / Hansen G / Ssebyatika GL / Stroeh L / Benecke T / Menz S / Waldmann J-Y / Vollmer B / Tipp S / Ochulor O / Herold E / Schwarzloh B / Mutschall D / Zischke J-Y / Cordes A / Puppe W ...著者: Stein CS / Hansen G / Ssebyatika GL / Stroeh L / Benecke T / Menz S / Waldmann J-Y / Vollmer B / Tipp S / Ochulor O / Herold E / Schwarzloh B / Mutschall D / Zischke J-Y / Cordes A / Puppe W / Schneider T / Hinrichs I / Blasczyk R / Kleine-Weber H / Hoffmann M / Hoeper M / Kaiser FK / Gonzalez-Hernandez M / Armando FK / Ciurkiewicz M / Beythien G / Poehlmann S / Baumgaertner W / Gruenewald K / Osterhaus A / Schulz T / Krey T | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 91.8 MB 91.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bg6MC ![]() 8becC ![]() 8bg1C ![]() 8bg2C ![]() 8bg3C ![]() 8bg4C ![]() 8bg5C ![]() 8bg8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | focus map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half A
ファイル | emd_16024_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half B
ファイル | emd_16024_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 3:3 pT1644 Fab-Spike complex
全体 | 名称: 3:3 pT1644 Fab-Spike complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 3:3 pT1644 Fab-Spike complex
超分子 | 名称: 3:3 pT1644 Fab-Spike complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: pT1644 Fab
超分子 | 名称: pT1644 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Spike protein S1
超分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: pT1644 Fab heavy chain
分子 | 名称: pT1644 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.03892 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASEITVS SNYMNWVRQA PGKGLEWVSV IYPGGTTYYA ESVKGRFAIS RDNSKNTLYL QMNSLRPED TAVYYCARVM RHEIWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASEITVS SNYMNWVRQA PGKGLEWVSV IYPGGTTYYA ESVKGRFAIS RDNSKNTLYL QMNSLRPED TAVYYCARVM RHEIWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKRVEPKSCD KTDDDDK |
-分子 #2: pT1644 Fab light chain
分子 | 名称: pT1644 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.570016 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSQSS LSASVGDRVT ITCQASQDIN NFLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASHLETGVPS RFSGSGSGTN FTFTISSLQP EDIATYYCQ HCDNPPYTFG QGTKLEIRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSQSS LSASVGDRVT ITCQASQDIN NFLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASHLETGVPS RFSGSGSGTN FTFTISSLQP EDIATYYCQ HCDNPPYTFG QGTKLEIRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 140.749328 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ ...文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLV RDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SS SGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNL CPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQT GKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSY GFQP TNGVGYQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDA VRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEH VN NSYECDIPIG AGICASYQTQ TNSPGSASSV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTS V DCTMYICGDS TECSNLLLQY GSFCTQLNRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTPSA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS S VLNDILSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QS APHGVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNN TVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDLQ ELGKYEQGSG YIPE APRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEKGGG SGGGGSGGSA WSHPQFEK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.34 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |