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- EMDB-15791: Cryo-EM structure of apolipoprotein N-acyltransferase Lnt from E.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15791
タイトルCryo-EM structure of apolipoprotein N-acyltransferase Lnt from E. coli in complex with Pam3
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Apolipoprotein N-acyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein N-acyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Pam3-SKKKK
  • リガンド: [(2~{S})-3-[(2~{S})-3-azanyl-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-hexadecanoyloxy-propyl] hexadecanoate
キーワードLnt / apolipoprotein N-acyltransferase / bacterial lipoprotein / transferase / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Degtjarik O / Smithers L / Boland C / Caffrey M / Shalev Benami M
資金援助 アイルランド, 2件
OrganizationGrant number国
Science Foundation Ireland16/IA/4435 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2021/40 アイルランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure snapshots reveal the mechanism of a bacterial membrane lipoprotein -acyltransferase.
著者: Luke Smithers / Oksana Degtjarik / Dietmar Weichert / Chia-Ying Huang / Coilín Boland / Katherine Bowen / Abraham Oluwole / Corinne Lutomski / Carol V Robinson / Eoin M Scanlan / Meitian ...著者: Luke Smithers / Oksana Degtjarik / Dietmar Weichert / Chia-Ying Huang / Coilín Boland / Katherine Bowen / Abraham Oluwole / Corinne Lutomski / Carol V Robinson / Eoin M Scanlan / Meitian Wang / Vincent Olieric / Moran Shalev-Benami / Martin Caffrey /
要旨: Bacterial lipoproteins (BLPs) decorate the surface of membranes in the cell envelope. They function in membrane assembly and stability, as enzymes, and in transport. The final enzyme in the BLP ...Bacterial lipoproteins (BLPs) decorate the surface of membranes in the cell envelope. They function in membrane assembly and stability, as enzymes, and in transport. The final enzyme in the BLP synthesis pathway is the apolipoprotein -acyltransferase, Lnt, which is proposed to act by a ping-pong mechanism. Here, we use x-ray crystallography and cryo-electron microscopy to chart the structural changes undergone during the progress of the enzyme through the reaction. We identify a single active site that has evolved to bind, individually and sequentially, substrates that satisfy structural and chemical criteria to position reactive parts next to the catalytic triad for reaction. This study validates the ping-pong mechanism, explains the molecular bases for Lnt's substrate promiscuity, and should facilitate the design of antibiotics with minimal off-target effects.
履歴
登録2022年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.24 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.24 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-1.1404487 - 2.0778217
平均 (標準偏差)0.0011696006 (±0.045044083)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 198.23999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_15791_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15791_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15791_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apolipoprotein N-acyltransferase

全体名称: Apolipoprotein N-acyltransferase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Apolipoprotein N-acyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein N-acyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Pam3-SKKKK
  • リガンド: [(2~{S})-3-[(2~{S})-3-azanyl-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-hexadecanoyloxy-propyl] hexadecanoate

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超分子 #1: Apolipoprotein N-acyltransferase

超分子名称: Apolipoprotein N-acyltransferase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Apolipoprotein N-acyltransferase

分子名称: Apolipoprotein N-acyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 59.248695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MAFASLIERQ RIRLLLALLF GACGTLAFSP YDVWPAAIIS LMGLQALTFN RRPLQSAAIG FCWGFGLFG SGINWVYVSI ATFGGMPGPV NIFLVVLLAA YLSLYTGLFA GVLSRLWPKT TWLRVAIAAP ALWQVTEFLR G WVLTGFPW ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MAFASLIERQ RIRLLLALLF GACGTLAFSP YDVWPAAIIS LMGLQALTFN RRPLQSAAIG FCWGFGLFG SGINWVYVSI ATFGGMPGPV NIFLVVLLAA YLSLYTGLFA GVLSRLWPKT TWLRVAIAAP ALWQVTEFLR G WVLTGFPW LQFGYSQIDG PLKGLAPIMG VEAINFLLMM VSGLLALALV KRNWRPLVVA VVLFALPFPL RYIQWFTPQP EK TIQVSMV QGDIPQSLKW DEGQLLNTLK IYYNATAPLM GKSSLIIWPE SAITDLEINQ QPFLKALDGE LRDKGSSLVT GIV DARLNK QNRYDTYNTI ITLGKGAPYS YESADRYNKN HLVPFGEFVP LESILRPLAP FFDLPMSSFS RGPYIQPPLS ANGI ELTAA IAYEIILGEQ VRDNFRPDTD YLLTISNDAW FGKSIGPWQH FQMARMRALE LARPLLRSTN NGITAVIGPQ GEIQA MIPQ FTREVLTTNV TPTTGLTPYA RTGNWPLWVL TALFGFAAVL MSLRQRRK

UniProtKB: Apolipoprotein N-acyltransferase

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分子 #2: Pam3-SKKKK

分子名称: Pam3-SKKKK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 621.812 Da
配列文字列:
SKKKK

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分子 #3: [(2~{S})-3-[(2~{S})-3-azanyl-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanyliden...

分子名称: [(2~{S})-3-[(2~{S})-3-azanyl-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-hexadecanoyloxy-propyl] hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: IG7
分子量理論値: 909.478 Da
Chemical component information

ChemComp-IG7:
[(2~{S})-3-[(2~{S})-3-azanyl-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-hexadecanoyloxy-propyl] hexadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度14 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度名称
20.0 mMSodium citrate
250.0 mMSodium chloride
0.001 %Lauryl Maltose Neopentyl Glycol (LMNG)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5n6l

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 230588
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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