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万見
- EMDB-1571: VP7 recoated rotavirus DLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1571
タイトルVP7 recoated rotavirus DLP
マップデータOne quadrant of the 7RP capsid.
試料
  • 試料: VP7 recoated rotavirus DLP
  • ウイルス: Rotavirus (ウイルス)
キーワードrotavirus / capsid / VP7 / VP6 / VP2
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner capsid protein VP2 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Chen JZ / Settembre EC / Aoki ST / Zhang X / Bellamy AR / Dormitzer PR / Harrison SC / Grigorieff N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Molecular interactions in rotavirus assembly and uncoating seen by high-resolution cryo-EM.
著者: James Z Chen / Ethan C Settembre / Scott T Aoki / Xing Zhang / A Richard Bellamy / Philip R Dormitzer / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle ...Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction, we have visualized a rotavirus particle comprising the inner capsid coated with the trimeric outer-layer protein, VP7, at a resolution (4 A) comparable with that of X-ray crystallography. We have traced the VP7 polypeptide chain, including parts not seen in its X-ray crystal structure. The 3 well-ordered, 30-residue, N-terminal "arms" of each VP7 trimer grip the underlying trimer of VP6, an inner-capsid protein. Structural differences between free and particle-bound VP7 and between free and VP7-coated inner capsids may regulate mRNA transcription and release. The Ca(2+)-stabilized VP7 intratrimer contact region, which presents important neutralizing epitopes, is unaltered upon capsid binding.
履歴
登録2009年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月7日-
マップ公開2009年5月18日-
更新2013年2月27日-
現状2013年2月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3gzt, PDB-3gzu
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3gzt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3gzu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

7RP_icon.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈One quadrant of the 7RP capsid.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 800 pix.
= 986.4 Å		1.23 Å/pix.
x 800 pix.
= 986.4 Å		1.23 Å/pix.
x 800 pix.
= 986.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.233 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-3.26322436 - 7.17868042
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-400-400-400
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 986.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2331.2331.233
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z986.400986.400986.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-400-400-400
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-3.2637.179-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VP7 recoated rotavirus DLP

全体名称: VP7 recoated rotavirus DLP
要素
  • 試料: VP7 recoated rotavirus DLP
  • ウイルス: Rotavirus (ウイルス)

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超分子 #1000: VP7 recoated rotavirus DLP

超分子名称: VP7 recoated rotavirus DLP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus capsid / Number unique components: 1
分子量実験値: 60 MDa / 理論値: 60 MDa / 手法: Sum of all components

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超分子 #1: Rotavirus

超分子名称: Rotavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Rotavirus / 詳細: Inner-layer VP2, mid-layer VP6, outer-layer VP7 / NCBI-ID: 10912 / 生物種: Rotavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Rotavirus
宿主生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 60 MDa / 理論値: 60 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP2 VP6 VP7 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 2mM CaCl2
グリッド詳細: C-falt grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
日付2007年12月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 148 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 58168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using SIGNATURE, the density map was reconstructed and refined using FREALIGN.
CTF補正詳細: Individual particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 3780

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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