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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15220 | |||||||||
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タイトル | Partial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2 | |||||||||
マップデータ | Primary, sharpened map of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / response to dexamethasone / decidualization / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...regulation of hormone biosynthetic process / pappalysin-1 / response to follicle-stimulating hormone / regulation of store-operated calcium entry / protein metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of multicellular organism growth / response to dexamethasone / decidualization / endoplasmic reticulum unfolded protein response / embryo implantation / female pregnancy / Post-translational protein phosphorylation / protein catabolic process / hormone activity / metalloendopeptidase activity / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / metallopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobbero SD / Gajhede M / Mirza OA / Boesen T / Oxvig C | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of the proteolytic enzyme PAPP-A with the endogenous inhibitor stanniocalcin-2 reveals its inhibitory mechanism. 著者: Sara Dam Kobberø / Michael Gajhede / Osman Asghar Mirza / Søren Kløverpris / Troels Rønn Kjær / Jakob Hauge Mikkelsen / Thomas Boesen / Claus Oxvig / 要旨: The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single- ...The metzincin metalloproteinase PAPP-A plays a key role in the regulation of insulin-like growth factor (IGF) signaling by specific cleavage of inhibitory IGF binding proteins (IGFBPs). Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we here report the structure of PAPP-A in complex with its endogenous inhibitor, stanniocalcin-2 (STC2), neither of which have been reported before. The highest resolution (3.1 Å) was obtained for the STC2 subunit and the N-terminal approximately 1000 residues of the PAPP-A subunit. The 500 kDa 2:2 PAPP-A·STC2 complex is a flexible multidomain ensemble with numerous interdomain contacts. In particular, a specific disulfide bond between the subunits of STC2 and PAPP-A prevents dissociation, and interactions between STC2 and a module located in the very C-terminal end of the PAPP-A subunit prevent binding of its main substrate, IGFBP-4. While devoid of activity towards IGFBP-4, the active site cleft of the catalytic domain is accessible in the inhibited PAPP-A·STC2 complex, as shown by its ability to hydrolyze a synthetic peptide derived from IGFBP-4. Relevant to multiple human pathologies, this unusual mechanism of proteolytic inhibition may support the development of specific pharmaceutical agents, by which IGF signaling can be indirectly modulated. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15220.map.gz | 38.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15220-v30.xml emd-15220.xml | 28.5 KB 28.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15220_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15220.png | 51.1 KB | ||
その他 | emd_15220_additional_1.map.gz emd_15220_half_map_1.map.gz emd_15220_half_map_2.map.gz | 20.2 MB 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15220 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15220_validation.pdf.gz | 712.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15220_full_validation.pdf.gz | 711.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15220_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15220_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15220 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Primary, sharpened map of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Raw map of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit
ファイル | emd_15220_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw map of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of a partial dimer of...
ファイル | emd_15220_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of a partial dimer of...
ファイル | emd_15220_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of a partial dimer of PAPP-A in complex with a STC2 subunit | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Partial PAPP-A dimer in complex with subunit of its endogenous in...
+超分子 #1: Partial PAPP-A dimer in complex with subunit of its endogenous in...
+超分子 #2: PAPP-A
+超分子 #3: Subunit of Stanniocalcin-2
+超分子 #4: N-terminal part of PAPP-A
+超分子 #5: C-terminal part of PAPP-A
+分子 #1: Pappalysin-1
+分子 #2: Stanniocalcin-2
+分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #4: ZINC ION
+分子 #5: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Hepes buffer, 20 mM Hepes pH 7.4 100 mM NaCl, 1 mM CaCl | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 4 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 32144 / #0 - 平均露光時間: 0.91 sec. / #0 - 平均電子線量: 59.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 10060 / #1 - 平均露光時間: 0.8 sec. / #1 - 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | alphafold2 model PAPP-A AF-Q13219-F1 STC2 AF-O76061-F1 |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8a7d: |