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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14805 | |||||||||
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タイトル | Structure of an endogenous human TREX complex bound to mRNA, map A | |||||||||
マップデータ | endogenous TREX-RNA focus map A, sharpened map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pacheco-Fiallos FB / Vorlaender MK / Plaschka C | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: mRNA recognition and packaging by the human transcription-export complex. 著者: Belén Pacheco-Fiallos / Matthias K Vorländer / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Francis J O'Reilly / Farja I Ayala / Ulla Schellhaas / Juri Rappsilber / Clemens Plaschka / 要旨: Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the ...Newly made mRNAs are processed and packaged into mature ribonucleoprotein complexes (mRNPs) and are recognized by the essential transcription-export complex (TREX) for nuclear export. However, the mechanisms of mRNP recognition and three-dimensional mRNP organization are poorly understood. Here we report cryo-electron microscopy and tomography structures of reconstituted and endogenous human mRNPs bound to the 2-MDa TREX complex. We show that mRNPs are recognized through multivalent interactions between the TREX subunit ALYREF and mRNP-bound exon junction complexes. Exon junction complexes can multimerize through ALYREF, which suggests a mechanism for mRNP organization. Endogenous mRNPs form compact globules that are coated by multiple TREX complexes. These results reveal how TREX may simultaneously recognize, compact and protect mRNAs to promote their packaging for nuclear export. The organization of mRNP globules provides a framework to understand how mRNP architecture facilitates mRNA biogenesis and export. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14805.map.gz | 257.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14805-v30.xml emd-14805.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14805_fsc.xml | 14.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14805.png | 29.9 KB | ||
マスクデータ | emd_14805_msk_1.map | 274.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14805_additional_1.map.gz emd_14805_half_map_1.map.gz emd_14805_half_map_2.map.gz | 132.3 MB 253.4 MB 253.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14805 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14805_validation.pdf.gz | 845.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14805_full_validation.pdf.gz | 845.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14805_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14805_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14805 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | endogenous TREX-RNA focus map A, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14805_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: endogenous TREX-RNA focus map A, unsharpened map
ファイル | emd_14805_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | endogenous TREX-RNA focus map A, unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: endogenous TREX-RNA focus map A, half map
ファイル | emd_14805_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | endogenous TREX-RNA focus map A, half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: endogenous TREX-RNA focus map A, half map
ファイル | emd_14805_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | endogenous TREX-RNA focus map A, half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : endogenous human TREX-mRNA complex
全体 | 名称: endogenous human TREX-mRNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: endogenous human TREX-mRNA complex
超分子 | 名称: endogenous human TREX-mRNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |