[日本語] English
万見
- EMDB-1417: Cryo-EM study of the Spinach chloroplast ribosome reveals the str... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1417
タイトルCryo-EM study of the Spinach chloroplast ribosome reveals the structural and functional roles of plastid-specific ribosomal proteins
マップデータSpinach Chloroplast 70S ribosome
試料
  • 試料: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome
  • 複合体: Spinach Chloroplast 70S Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / maturation of LSU-rRNA / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly ...plastid small ribosomal subunit / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast / maturation of LSU-rRNA / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type ...Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c ...Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Large ribosomal subunit protein uL11c / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL19c / 50S ribosomal protein L1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Sharma MR / Wilson DN / Datta PP / Barat C / Schluenzen F / Fucini P / Agrawal RK
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2007
タイトル: Cryo-EM study of the spinach chloroplast ribosome reveals the structural and functional roles of plastid-specific ribosomal proteins.
著者: Manjuli R Sharma / Daniel N Wilson / Partha P Datta / Chandana Barat / Frank Schluenzen / Paola Fucini / Rajendra K Agrawal /
要旨: Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally ...Protein synthesis in the chloroplast is carried out by chloroplast ribosomes (chloro-ribosome) and regulated in a light-dependent manner. Chloroplast or plastid ribosomal proteins (PRPs) generally are larger than their bacterial counterparts, and chloro-ribosomes contain additional plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs); however, it is unclear to what extent these proteins play structural or regulatory roles during translation. We have obtained a three-dimensional cryo-EM map of the spinach 70S chloro-ribosome, revealing the overall structural organization to be similar to bacterial ribosomes. Fitting of the conserved portions of the x-ray crystallographic structure of the bacterial 70S ribosome into our cryo-EM map of the chloro-ribosome reveals the positions of PRP extensions and the locations of the PSRPs. Surprisingly, PSRP1 binds in the decoding region of the small (30S) ribosomal subunit, in a manner that would preclude the binding of messenger and transfer RNAs to the ribosome, suggesting that PSRP1 is a translation factor rather than a ribosomal protein. PSRP2 and PSRP3 appear to structurally compensate for missing segments of the 16S rRNA within the 30S subunit, whereas PSRP4 occupies a position buried within the head of the 30S subunit. One of the two PSRPs in the large (50S) ribosomal subunit lies near the tRNA exit site. Furthermore, we find a mass of density corresponding to chloro-ribosome recycling factor; domain II of this factor appears to interact with the flexible C-terminal domain of PSRP1. Our study provides evolutionary insights into the structural and functional roles that the PSRPs play during protein synthesis in chloroplasts.
履歴
登録2007年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月12日-
マップ公開2010年1月12日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v61
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1417-3BBN-3B...

EMD-1417.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Spinach Chloroplast 70S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 49.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-126.152000000000001 - 262.374000000000024
平均 (標準偏差)3.28534 (±26.942900000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 358.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.800358.800358.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-30-49
NX/NY/NZ6060100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-126.152262.3743.285

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome

全体名称: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome
要素
  • 試料: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome
  • 複合体: Spinach Chloroplast 70S Ribosome

-
超分子 #1000: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome

超分子名称: Spinacea oleracea chloroplast 70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.5 MDa

-
超分子 #1: Spinach Chloroplast 70S Ribosome

超分子名称: Spinach Chloroplast 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: chloro-ribosome
詳細: The SSU 30S has PSRP1,2,3, and 4 identified. LSU 50S did not have PRPL25 and PRPL30 density present. pRRF (plastid ribosome recycling factor)is tightly bound to LSU 50S subunit. One of the ...詳細: The SSU 30S has PSRP1,2,3, and 4 identified. LSU 50S did not have PRPL25 and PRPL30 density present. pRRF (plastid ribosome recycling factor)is tightly bound to LSU 50S subunit. One of the two PSRPs on the LSU 50S subunit is identified.
組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 別称: Spinach
分子量実験値: 2.5 MDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 10mM Tris-HCL pH 7.6, 50mM KCL, 10mM MgOAc, 7mM 2-ME
グリッド詳細: quantifoil 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Cryo-plunger
手法: 5 microliters applied to the grid then blotted for 3 seconds with Whatman number 1 filter paper before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250K times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 164 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo Transfer Holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

詳細Initially, 192,133 images were selected using automated particle picking program
CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 86370
最終 2次元分類クラス数: 83

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1dd5

ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: Rigid Body. Docking of crystallographic structures in 3D map was performed using program O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4v61:
Homology model for the Spinach chloroplast 30S subunit fitted to 9.4A cryo-EM map of the 70S chlororibosome.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る