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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13946 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Botulinum neurotoxin serotype E | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of neurotransmitter secretion / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Kosenina S / Martinez-Carranza M / Davies JR / Masuyer G / Stenmark P | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2021 タイトル: Structural Analysis of Botulinum Neurotoxins Type B and E by Cryo-EM. 著者: Sara Košenina / Markel Martínez-Carranza / Jonathan R Davies / Geoffrey Masuyer / Pål Stenmark / 要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the causative agents of a potentially lethal paralytic disease targeting cholinergic nerve terminals. Multiple BoNT serotypes exist, with types A, B and E being the ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the causative agents of a potentially lethal paralytic disease targeting cholinergic nerve terminals. Multiple BoNT serotypes exist, with types A, B and E being the main cause of human botulism. Their extreme toxicity has been exploited for cosmetic and therapeutic uses to treat a wide range of neuromuscular disorders. Although naturally occurring BoNT types share a common end effect, their activity varies significantly based on the neuronal cell-surface receptors and intracellular SNARE substrates they target. These properties are the result of structural variations that have traditionally been studied using biophysical methods such as X-ray crystallography. Here, we determined the first structures of botulinum neurotoxins using single-particle cryogenic electron microscopy. The maps obtained at 3.6 and 3.7 Å for BoNT/B and /E, respectively, highlight the subtle structural dynamism between domains, and of the binding domain in particular. This study demonstrates how the recent advances made in the field of single-particle electron microscopy can be applied to bacterial toxins of clinical relevance and the botulinum neurotoxin family in particular. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13946.map.gz | 46.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13946-v30.xml emd-13946.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13946_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13946.png | 36.4 KB | ||
その他 | emd_13946_half_map_1.map.gz emd_13946_half_map_2.map.gz | 84.3 MB 84.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13946 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13946_validation.pdf.gz | 407.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13946_full_validation.pdf.gz | 406.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13946_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13946_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13946 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13946_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13946_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Botulinum neurotoxin serotype E
全体 | 名称: Botulinum neurotoxin serotype E |
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要素 |
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-超分子 #1: Botulinum neurotoxin serotype E
超分子 | 名称: Botulinum neurotoxin serotype E / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Botulinum neurotoxin
分子 | 名称: Botulinum neurotoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) |
分子量 | 理論値: 145.987438 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHHH HEDLYFQSPK INSFNYNDPV NDRTILYIKP GGCQEFYKSF NIMKNIWIIP ERNVIGTTPQ DFHPPTSLKN GDSSYYDPN YLQSDEEKDR FLKIVTKIFN RINNNLSGGI LLEELSKANP YLGNDNTPDN QFHIGDASAV EIKFSNGSQD I LLPNVIIM ...文字列: MGHHHHHHHH HEDLYFQSPK INSFNYNDPV NDRTILYIKP GGCQEFYKSF NIMKNIWIIP ERNVIGTTPQ DFHPPTSLKN GDSSYYDPN YLQSDEEKDR FLKIVTKIFN RINNNLSGGI LLEELSKANP YLGNDNTPDN QFHIGDASAV EIKFSNGSQD I LLPNVIIM GAEPDLFETN SSNISLRNNY MPSNHGFGSI AIVTFSPEYS FRFNDNSMNE FIQDPALTLM HQLIYSLHGL YG AKGITTK YTITQKQNPL ITNIRGTNIE EFLTFGGTDL NIITSAQSND IYTNLLADYK KIASKLSKVQ VSNPLLNPYK DVF EAKYGL DKDASGIYSV NINKFNDIFK KLYSFTEFDL ATKFQVKCRQ TYIGQYKYFK LSNLLNDSIY NISEGYNINN LKVN FRGQN ANLNPRIITP ITGRGLVKKI IRFCKNIVSV KGIRKSICIE INNGELFFVA SENSYNDDNI NTPKEIDDTV TSNNN YEND LDQVILNFNS ESAPGLSDEK LNLTIQNDAY IPKYDSNGTS DIEQHDVNEL NVFFYLDAQK VPEGENNVNL TSSIDT ALL EQPKIYTFFS SEFINNVNKP VQAALFVSWI QQVLVDFTTE ANQKSTVDKI ADISIVVPYI GLALNIGNEA QKGNFKD AL ELLGAGILLE FEPELLIPTI LVFTIKSFLG SSDNKNKVIK AINNALKERD EKWKEVYSFI VSNWMTKINT QFNKRKEQ M YQALQNQVNA IKTIIESKYN SYTLEEKNEL TNKYDIKQIE NELNQKVSIA MNNIDRFLTE SSISYLMKLI NEVKINKLR EYDENVKTYL LNYIIQHGSI LGESQQELNS MVTDTLNNSI PFKLSSYTDD KILISYFNKF FKRIKSSSVL NMRYKNDKYV DTSGYDSNI NINGDVYKYP TNKNQFGIYN DKLSEVNISQ NDYIIYDNKY KNFSISFWVR IPNYDNKIVN VNNEYTIINC M RDNNSGWK VSLNHNEIIW TLQDNAGINQ KLAFNYGNAN GISDYINKWI FVTITNDRLG DSKLYINGNL IDQKSILNLG NI HVSDNIL FKIVNCSYTR YIGIRYFNIF DKELDETEIQ TLYSNEPNTN ILKDFWGNYL LYDKEYYLLN VLKPNNFIDR RKD STLSIN NIRSTILLAN RLYSGIKVKI QRVNNSSTND NLVRKNDQVY INFVASKTHL FPLYADTATT NKEKTIKISS SGNR FNQVV VMNSVGNNCT MNFKNNNGNN IGLLGFKADT VVASTWYYTH MRDHTNSNGC FWNFISEEHG WQEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.2, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 200 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18282 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7qfp: |