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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13696 | |||||||||
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タイトル | Substrate-engaged mycobacterial Proteasome-associated ATPase - focused 3D refinement (state B) | |||||||||
マップデータ | Mycobacterial proteasomal ATPase in state B | |||||||||
試料 |
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キーワード | AAA motor / ATPAse / mycobacterium / proteasome activator / 20S CP / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein pupylation / proteasome binding / proteasomal protein catabolic process / proteasome complex / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jomaa A / Kavalchuk M | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of prokaryotic ubiquitin-like protein engagement and translocation by the mycobacterial Mpa-proteasome complex. 著者: Mikhail Kavalchuk / Ahmad Jomaa / Andreas U Müller / Eilika Weber-Ban / 要旨: Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In ...Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In mycobacteria and other members of Actinobacteria, prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) serves as a degradation tag post-translationally conjugated to target proteins for their recruitment to the mycobacterial proteasome ATPase (Mpa). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of Mpa in complex with the 20S core particle at an early stage of pupylated substrate recruitment, shedding light on the mechanism of substrate translocation. Two conformational states of Mpa show how substrate is translocated stepwise towards the degradation chamber of the proteasome core particle. We also demonstrate, in vitro and in vivo, the importance of a structural feature in Mpa that allows formation of alternating charge-complementary interactions with the proteasome resulting in radial, rail-guided movements during the ATPase conformational cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13696.map.gz | 152.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13696-v30.xml emd-13696.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13696.png | 30.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13696.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13696 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13696_validation.pdf.gz | 630.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13696_full_validation.pdf.gz | 630.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13696_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13696_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13696 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13696 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mycobacterial proteasomal ATPase in state B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.222 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substr...
全体 | 名称: Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substrate and open-gate 20SCP |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substr...
超分子 | 名称: Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substrate and open-gate 20SCP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 1.1 MDa |
-分子 #1: AAA ATPase forming ring-shaped complexes
分子 | 名称: AAA ATPase forming ring-shaped complexes / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 67.48793 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGESERSEAF GIPRDSPLSS GDAAELEQLR REAAVLREQL ENAVGSHAPT RSARDIHQLE ARIDSLAARN SKLMETLKEA RQQLLALRE EVDRLGQPPS GYGVLLATHD DDTVDVFTSG RKMRLTCSPN IDAASLKKGQ TVRLNEALTV VEAGTFEAVG E ISTLREIL ...文字列: MGESERSEAF GIPRDSPLSS GDAAELEQLR REAAVLREQL ENAVGSHAPT RSARDIHQLE ARIDSLAARN SKLMETLKEA RQQLLALRE EVDRLGQPPS GYGVLLATHD DDTVDVFTSG RKMRLTCSPN IDAASLKKGQ TVRLNEALTV VEAGTFEAVG E ISTLREIL ADGHRALVVG HADEERVVWL ADPLIAEDLP DGLPEALNDD TRPRKLRPGD SLLVDTKAGY AFERIPKAEV ED LVLEEVP DVSYADIGGL SRQIEQIRDA VELPFLHKEL YREYSLRPPK GVLLYGPPGC GKTLIAKAVA NSLAKKMAEV RGD DAHEAK SYFLNIKGPE LLNKFVGETE RHIRLIFQRA REKASEGTPV IVFFDEMDSI FRTRGTGVSS DVETTVVPQL LSEI DGVEG LENVIVIGAS NREDMIDPAI LRPGRLDVKI KIERPDAEAA QDIYSKYLTE FLPVHADDLA EFDGDRSACI KAMIE KVVD RMYAEIDDNR FLEVTYANGD KEVMYFKDFN SGAMIQNVVD RAKKNAIKSV LETGQPGLRI QHLLDSIVDE FAENED LPN TTNPDDWARI SGKKGERIVY IRTLVTGKSS SASRAIDTES NLGQYL UniProtKB: AAA ATPase forming ring-shaped complexes |
-分子 #2: Prokaryotic ubiquitin-like protein Pup
分子 | 名称: Prokaryotic ubiquitin-like protein Pup / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GS is left from the TEV cleavage site / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 7.095416 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMAQEQTKR GGGGGDDDDI AGSTAAGQER REKLTEETDD LLDEIDDVLE ENAEDFVRAY VQKGGQ UniProtKB: Prokaryotic ubiquitin-like protein Pup |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |