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万見
- EMDB-13662: Structure of the membrane soluble spike complex from the Lassa vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13662
タイトルStructure of the membrane soluble spike complex from the Lassa virus in a C3-symmetric map
マップデータ3.3A low-pass filtered, C3-symmetric map
試料
  • 複合体: The complete spike complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス) / Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Diskin R / Katz M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure and receptor recognition by the Lassa virus spike complex.
著者: Michael Katz / Jonathan Weinstein / Maayan Eilon-Ashkenazy / Katrin Gehring / Hadas Cohen-Dvashi / Nadav Elad / Sarel J Fleishman / Ron Diskin /
要旨: Lassa virus (LASV) is a human pathogen, causing substantial morbidity and mortality. Similar to other Arenaviridae, it presents a class-I spike complex on its surface that facilitates cell entry. The ...Lassa virus (LASV) is a human pathogen, causing substantial morbidity and mortality. Similar to other Arenaviridae, it presents a class-I spike complex on its surface that facilitates cell entry. The virus's cellular receptor is matriglycan, a linear carbohydrate that is present on α-dystroglycan, but the molecular mechanism that LASV uses to recognize this glycan is unknown. In addition, LASV and other arenaviruses have a unique signal peptide that forms an integral and functionally important part of the mature spike; yet the structure, function and topology of the signal peptide in the membrane remain uncertain. Here we solve the structure of a complete native LASV spike complex, finding that the signal peptide crosses the membrane once and that its amino terminus is located in the extracellular region. Together with a double-sided domain-switching mechanism, the signal peptide helps to stabilize the spike complex in its native conformation. This structure reveals that the LASV spike complex is preloaded with matriglycan, suggesting the mechanism of binding and rationalizing receptor recognition by α-dystroglycan-tropic arenaviruses. This discovery further informs us about the mechanism of viral egress and may facilitate the rational design of novel therapeutics that exploit this binding site.
履歴
登録2021年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7puy
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.3A low-pass filtered, C3-symmetric map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.038 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.35353047 - 0.7769317
平均 (標準偏差)-0.0014839973 (±0.01651745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0381.0381.038
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.728265.728265.728
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.3540.777-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13662_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unfiltered C3-symmetric map

ファイルemd_13662_additional_1.map
注釈Unfiltered C3-symmetric map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_13662_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_13662_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complete spike complex

全体名称: The complete spike complex
要素
  • 複合体: The complete spike complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The complete spike complex

超分子名称: The complete spike complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein G2

分子名称: Glycoprotein G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976
分子量理論値: 28.083273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAE AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MGIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGKTP ...文字列:
GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAE AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MGIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGKTP LGLVDLFVFS TSFYLISIFL HLVKIPTHRH IVGKSCPKPH RLNHMGICSC GLYKQPGVPV KWKRGGGSDY KD DDDK

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分子 #2: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976
分子量理論値: 29.064402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL ...文字列:
MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGRG NWDCIMTSYQ YLIIQNTTWE DHCQFSRPSP IG YLGLLSQ RTRDIYISRR LL

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 73.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Global low-pass filtering based on map-model FSC / 使用した粒子像数: 91903
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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