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万見
- EMDB-13575: MUC2 Tubules of D1D2D3 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13575
タイトルMUC2 Tubules of D1D2D3 domains
マップデータ
試料
  • 複合体: MUC2 tubule of domains D1D2D3
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix / extracellular space
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Javitt G / Fass D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Helical self-assembly of a mucin segment suggests an evolutionary origin for von Willebrand factor tubules.
著者: Gabriel Javitt / Deborah Fass /
要旨: The glycoprotein von Willebrand factor (VWF) contributes to hemostasis by stanching injuries in blood vessel walls. A distinctive feature of VWF is its assembly into long, helical tubules in ...The glycoprotein von Willebrand factor (VWF) contributes to hemostasis by stanching injuries in blood vessel walls. A distinctive feature of VWF is its assembly into long, helical tubules in endothelial cells prior to secretion. When VWF is released into the bloodstream, these tubules unfurl to release linear polymers that bind subendothelial collagen at wound sites, recruit platelets, and initiate the clotting cascade. VWF evolved from gel-forming mucins, the polymeric glycoproteins that coat and protect exposed epithelia. Despite the divergent function of VWF in blood vessel repair, sequence conservation and shared domain organization imply that VWF retained key aspects of the mucin bioassembly mechanism. Here, we show using cryo-electron microscopy that the ability to form tubules, a property hitherto thought to have arisen as a VWF adaptation to the vasculature, is a feature of the amino-terminal region of mucin. This segment of the human intestinal gel-forming mucin (MUC2) was found to self-assemble into tubules with a striking resemblance to those of VWF itself. To facilitate a comparison, we determined the residue-resolution structure of tubules formed by the homologous segment of VWF. The structures of the MUC2 and VWF tubules revealed the flexible joints and the intermolecular interactions required for tubule formation. Steric constraints in full-length MUC2 suggest that linear filaments, a previously observed supramolecular assembly form, are more likely than tubules to be the physiological mucin storage intermediate. Nevertheless, MUC2 tubules indicate a possible evolutionary origin for VWF tubules and elucidate design principles present in mucins and VWF.
履歴
登録2021年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pov
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7pov
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.859 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.03121389 - 0.20503989
平均 (標準偏差)0.00045971407 (±0.012505191)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 515.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8590.8590.859
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z515.400515.400515.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0310.2050.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MUC2 tubule of domains D1D2D3

全体名称: MUC2 tubule of domains D1D2D3
要素
  • 複合体: MUC2 tubule of domains D1D2D3
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: MUC2 tubule of domains D1D2D3

超分子名称: MUC2 tubule of domains D1D2D3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK 293F / 組換プラスミド: pCDNA3.1

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分子 #1: Mucin-2

分子名称: Mucin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.642609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SELQTEGRTR NHGHNVCSTW GNFHYKTFDG DVFRFPGLCD YNFASDCRGS YKEFAVHLKR GPGQAEAPAG VESILLTIKD DTIYLTRHL AVLNGAVVST PHYSPGLLIE KSDAYTKVYS RAGLTLMWNR EDALMLELDT KFRNHTCGLC GDYNGLQSYS E FLSDGVLF ...文字列:
SELQTEGRTR NHGHNVCSTW GNFHYKTFDG DVFRFPGLCD YNFASDCRGS YKEFAVHLKR GPGQAEAPAG VESILLTIKD DTIYLTRHL AVLNGAVVST PHYSPGLLIE KSDAYTKVYS RAGLTLMWNR EDALMLELDT KFRNHTCGLC GDYNGLQSYS E FLSDGVLF SPLEFGNMQK INQPDVVCED PEEEVAPASC SEHRAECERL LTAEAFADCQ DLVPLEPYLR ACQQDRCRCP GG DTCVCST VAEFSRQCSH AGGRPGNWRT ATLCPKTCPG NLVYLESGSP CMDTCSHLEV SSLCEEHRMD GCFCPEGTVY DDI GDSGCV PVSQCHCRLH GHLYTPGQEI TNDCEQCVCN AGRWVCKDLP CPGTCALEGG SHITTFDGKT YTFHGDCYYV LAKG DHNDS YALLGELAPC GSTDKQTCLK TVVLLADKKK NVVVFKSDGS VLLNELQVNL PHVTASFSVF RPSSYHIMVS MAIGV RLQV QLAPVMQLFV TLDQASQGQV QGLCGNFNGL EGDDFKTASG LVEATGAGFA NTWKAQSSCH DKLDWLDDPC SLNIES ANY AEHWCSLLKK TETPFGRCHS AVDPAEYYKR CKYDTCNCQN NEDCLCAALS SYARACTAKG VMLWGWREHV CNKDVGS CP NSQVFLYNLT TCQQTCRSLS EADSHCLEGF APVDGCGCPD HTFLDEKGRC VPLAKCSCYH RGLYLEAGDV VVRQEERC V CRDGRLHCRQ IRLIGQSCTA PKIHMDCSNL TALATSKPRA LSCQTLAAGY YHTECVSGCV CPDGLMDDGR GGCVVEKEC PCVHNNDLYS SGAKIKVDCN TCTCKRGRWV CTQAVCHGTC SIYGSGHYIT FDGKYYDFDG HCSYVAVQDY CGQNSSLGSF SIITENVPC GTTGVTCSKA IKIFMGRTEL KLEDKHRVVI QRDEGHHVAY TTREVGQYLV VESSTGIIVI WDKRTTVFIK L APSYKGTV CGLCGNFDHR SNNDFTTRDH MVVSSELDFG NSWKEAPTCP DVSTNPEPCS LNPHRRSWAE KQCSILKSSV FS ICHSKVD PKPFYEACVH DSCSCDTGGD CECFCSAVAS YAQECTKEGA CVFWRTPDLC PIFCDYYNPP HECEWHYEPC GNR SFETCR TINGIHSNIS VSYLEGCYPR CPKDRPIYEE DLKKCVTADK CGCYVEDTHY PPGASVPTEE TCKSCVCTNS SQVV CRPEE GKILNQTQDG AFCYWEICGP NGTVEKHFNI CSITHHHHHH

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 46 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 5.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 69.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.2 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 515422
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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