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- EMDB-13441: Cryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13441
タイトルCryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY monomer complex at 2.5 A
マップデータ
試料
  • 複合体: Light harvesting complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 10種
キーワードPhotosynthetic bacteria / light harvesting complex / Cryo-EM / RC-LH1 / RC-LH1-PufX / RC-LH1-PufX-Y / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / : / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Intrinsic membrane protein PufX / Reaction center protein H chain / Light-harvesting protein B-875 beta chain / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) / Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア) / Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qian P / Hunter CN
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1, 英国
European Research Council (ERC)854126 英国
Wellcome Trust209407/Z/17/Z. 英国
引用
ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the monomeric Rhodobacter sphaeroides RC-LH1 core complex at 2.5 Å.
著者: Pu Qian / David J K Swainsbury / Tristan I Croll / Jack H Salisbury / Elizabeth C Martin / Philip J Jackson / Andrew Hitchcock / Pablo Castro-Hartmann / Kasim Sader / C Neil Hunter /
要旨: Reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complexes are the essential components of bacterial photosynthesis. The membrane-intrinsic LH1 complex absorbs light and the energy migrates to an enclosed ...Reaction centre light-harvesting 1 (RC-LH1) complexes are the essential components of bacterial photosynthesis. The membrane-intrinsic LH1 complex absorbs light and the energy migrates to an enclosed RC where a succession of electron and proton transfers conserves the energy as a quinol, which is exported to the cytochrome bc1 complex. In some RC-LH1 variants quinols can diffuse through small pores in a fully circular, 16-subunit LH1 ring, while in others missing LH1 subunits create a gap for quinol export. We used cryogenic electron microscopy to obtain a 2.5 Å resolution structure of one such RC-LH1, a monomeric complex from Rhodobacter sphaeroides. The structure shows that the RC is partly enclosed by a 14-subunit LH1 ring in which each αβ heterodimer binds two bacteriochlorophylls and, unusually for currently reported complexes, two carotenoids rather than one. Although the extra carotenoids confer an advantage in terms of photoprotection and light harvesting, they could impede passage of quinones through small, transient pores in the LH1 ring, necessitating a mechanism to create a dedicated quinone channel. The structure shows that two transmembrane proteins play a part in stabilising an open ring structure; one of these components, the PufX polypeptide, is augmented by a hitherto undescribed protein subunit we designate as protein-Y, which lies against the transmembrane regions of the thirteenth and fourteenth LH1α polypeptides. Protein-Y prevents LH1 subunits 11-14 adjacent to the RC QB site from bending inwards towards the RC and, with PufX preventing complete encirclement of the RC, this pair of polypeptides ensures unhindered quinone diffusion.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: qian P / Hunter CN
#2: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY monomer complex at 2.5 A
著者: Qian P / Hunter CN
履歴
登録2021年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pil
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0187 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.09753761 - 0.17183988
平均 (標準偏差)0.00016211004 (±0.0032889757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.650.650.65
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ520520520
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0980.1720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Light harvesting complex

全体名称: Light harvesting complex
要素
  • 複合体: Light harvesting complex
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-875 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: RC-Y
    • タンパク質・ペプチド: Intrinsic membrane protein PufX
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPHEROIDENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: UBIQUINONE-1
  • リガンド: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Light harvesting complex

超分子名称: Light harvesting complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

+
分子 #1: Light-harvesting protein B-875 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-875 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 6.516847 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWMI FDPRRVFVAQ GVFLFLLAVM IHLILLSTPS YNWLEISAAK YNRVA

UniProtKB: Light-harvesting protein B-875 alpha chain

+
分子 #2: Light-harvesting protein B-875 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-875 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 4.943656 KDa
配列文字列:
LGYTGLTDEQ AQELHSVYMS GLWLFSAVAI VAHLAVYIWR PWF

UniProtKB: Light-harvesting protein B-875 beta chain

+
分子 #3: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 26.544471 KDa
配列文字列: MVGVTAFGNF DLASLAIYSF WIFLAGLIYY LQTENMREGY PLENEDGTPA ANQGPFPLPK PKTFILPHGR GTLTVPGPES EDRPIALAR TAVSEGFPHA PTGDPMKDGV GPASWVARRD LPELDGHGHN KIKPMKAAAG FHVSAGKNPI GLPVRGCDLE I AGKVVDIW ...文字列:
MVGVTAFGNF DLASLAIYSF WIFLAGLIYY LQTENMREGY PLENEDGTPA ANQGPFPLPK PKTFILPHGR GTLTVPGPES EDRPIALAR TAVSEGFPHA PTGDPMKDGV GPASWVARRD LPELDGHGHN KIKPMKAAAG FHVSAGKNPI GLPVRGCDLE I AGKVVDIW VDIPEQMARF LEVELKDGST RLLPMQMVKV QSNRVHVNAL SSDLFAGIPT IKSPTEVTLL EEDKICGYVA GG LMYAAP

UniProtKB: Reaction center protein H chain

+
分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 31.346389 KDa
配列文字列: ALLSFERKYR VPGGTLVGGN LFDFWVGPFY VGFFGVATFF FAALGIILIA WSAVLQGTWN PQLISVYPPA LEYGLGGAPL AKGGLWQII TICATGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFAFAILAYL TLVLFRPVMM GAWGYAFPYG IWTHLDWVSN T GYTYGNFH ...文字列:
ALLSFERKYR VPGGTLVGGN LFDFWVGPFY VGFFGVATFF FAALGIILIA WSAVLQGTWN PQLISVYPPA LEYGLGGAPL AKGGLWQII TICATGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFAFAILAYL TLVLFRPVMM GAWGYAFPYG IWTHLDWVSN T GYTYGNFH YNPAHMIAIS FFFTNALALA LHGALVLSAA NPEKGKEMRT PDHEDTFFRD LVGYSIGTLG IHRLGLLLSL SA VFFSALC MIITGTIWFD QWVDWWQWWV KLPWWANIPG GING

UniProtKB: Reaction center protein L chain

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158
分子量理論値: 34.398543 KDa
配列文字列: AEYQNIFSQV QVRGPADLGM TEDVNLANRS GVGPFSTLLG WFGNAQLGPI YLGSLGVLSL FSGLMWFFTI GIWFWYQAGW NPAVFLRDL FFFSLEPPAP EYGLSFAAPL KEGGLWLIAS FFMFVAVWSW WGRTYLRAQA LGMGKHTAWA FLSAIWLWMV L GFIRPILM ...文字列:
AEYQNIFSQV QVRGPADLGM TEDVNLANRS GVGPFSTLLG WFGNAQLGPI YLGSLGVLSL FSGLMWFFTI GIWFWYQAGW NPAVFLRDL FFFSLEPPAP EYGLSFAAPL KEGGLWLIAS FFMFVAVWSW WGRTYLRAQA LGMGKHTAWA FLSAIWLWMV L GFIRPILM GSWSEAVPYG IFSHLDWTNN FSLVHGNLFY NPFHGLSIAF LYGSALLFAM HGATILAVSR FGGERELEQI AD RGTAAER AALFWRWTMG FNATMEGIHR WAIWMAVLVT LTGGIGILLS GTVVDNWYVW GQNHGMAPLN

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #6: RC-Y

分子名称: RC-Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 5.126067 KDa
配列文字列:
EVSEFAFRLM MAAVIFVGVG IMFAFAGGHW FVGLVVGGLV AAFFAATPN

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #7: Intrinsic membrane protein PufX

分子名称: Intrinsic membrane protein PufX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.
分子量理論値: 5.980121 KDa
配列文字列:
PKTNLRLWVA FQMMKGAGWA GGVFFGTLLL IGFFRVVGLM LPIQENQAPA PNITG

UniProtKB: Intrinsic membrane protein PufX

+
分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 32 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #9: SPHEROIDENE

分子名称: SPHEROIDENE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 26 / 式: SPO
分子量理論値: 568.914 Da
Chemical component information

ChemComp-7OT:
SPHEROIDENE / スフェロイデン

+
分子 #10: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #11: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #12: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / (7R,8R)-31-オキソ-7β,8α-ジヒドロ-132α-(メトキシカ(以下略)

+
分子 #13: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #14: UBIQUINONE-1

分子名称: UBIQUINONE-1 / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: UQ1
分子量理論値: 250.29 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ1:
UBIQUINONE-1 / ユビキノン1

+
分子 #15: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(te...

分子名称: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CD4
分子量理論値: 1.241633 KDa
Chemical component information

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / テトラミリストイルカルジオリピン

+
分子 #16: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #17: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mMol / 構成要素 - 式: HEPES / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.8 , 0.03% beta-DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: QF R1.2/1.3 grid coated graphene oxide.
詳細in 0.03% beta-DDM detergent

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3180 / 平均露光時間: 12.21 sec. / 平均電子線量: 44.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1057624
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v9g

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 250613
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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