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- EMDB-13352: cryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 1, DEPt-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13352
タイトルcryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 1, DEPt-bound subset local refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
キーワードDEPTOR / mTOR / regulator / inhibitor / mTORC1 / DEP-domain / PDZ-domain / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex ...regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / TORC1 complex / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / positive regulation of odontoblast differentiation / calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of TORC2 signaling / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of osteoclast differentiation / MTOR signalling / regulation of lysosome organization / cellular response to L-leucine / energy reserve metabolic process / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / cellular response to nutrient / phosphatidic acid binding / Amino acids regulate mTORC1 / TORC1 signaling / cellular response to methionine / serine/threonine protein kinase complex / ruffle organization / negative regulation of cell size / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to osmotic stress / negative regulation of TOR signaling / anoikis / inositol hexakisphosphate binding / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / Macroautophagy / regulation of cell size / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / positive regulation of actin filament polymerization / protein kinase inhibitor activity / germ cell development / behavioral response to pain / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TOR signaling / positive regulation of translational initiation / mTORC1-mediated signalling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / HSF1-dependent transactivation / social behavior / regulation of macroautophagy / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of TOR signaling / protein kinase activator activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / response to amino acid / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of lipid biosynthetic process / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / cellular response to nutrient levels / heart morphogenesis / negative regulation of protein kinase activity / neuronal action potential / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / positive regulation of stress fiber assembly / T cell costimulation / phagocytic vesicle / 14-3-3 protein binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of TORC1 signaling / cytoskeleton organization / endomembrane system / positive regulation of autophagy / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / GTPase activator activity / cellular response to amino acid starvation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process
類似検索 - 分子機能
DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / : / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain ...DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / : / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / HEAT repeat / HEAT repeat / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / Regulatory-associated protein of mTOR / DEP domain-containing mTOR-interacting protein / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Waelchli M / Maier T
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179323 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Regulation of human mTOR complexes by DEPTOR.
著者: Matthias Wälchli / Karolin Berneiser / Francesca Mangia / Stefan Imseng / Louise-Marie Craigie / Edward Stuttfeld / Michael N Hall / Timm Maier /
要旨: The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein ...The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein that binds and regulates both complexes of mammalian target of rapamycin (mTOR), a central regulator of cell growth. Biochemical analysis and cryo-EM reconstructions of DEPTOR bound to human mTOR complex 1 (mTORC1) and mTORC2 reveal that both structured regions of DEPTOR, the PDZ domain and the DEP domain tandem (DEPt), are involved in mTOR interaction. The PDZ domain binds tightly with mildly activating effect, but then acts as an anchor for DEPt association that allosterically suppresses mTOR activation. The binding interfaces of the PDZ domain and DEPt also support further regulation by other signaling pathways. A separate, substrate-like mode of interaction for DEPTOR phosphorylation by mTOR complexes rationalizes inhibition of non-stimulated mTOR activity at higher DEPTOR concentrations. The multifaceted interplay between DEPTOR and mTOR provides a basis for understanding the divergent roles of DEPTOR in physiology and opens new routes for targeting the mTOR-DEPTOR interaction in disease.
履歴
登録2021年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月8日-
マップ公開2021年9月8日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0944
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  • 原子モデル: PDB-7pec
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7pec
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13352.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 533.76 Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 533.76 Å		1.11 Å/pix.
x 480 pix.
= 533.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.112 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0944 / ムービー #1: 0.0944
最小 - 最大-0.21890464 - 0.6577424
平均 (標準偏差)-0.000004832988 (±0.013056943)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 533.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1121.1121.112
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z533.760533.760533.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.2190.658-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13352_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR

全体名称: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR
要素
  • 複合体: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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超分子 #1: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR

超分子名称: mTORC1 in complex with its regulator DEPTOR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.04 MDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 287.484156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)SRNEET(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)SRNEET(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)EMSQE ESTRFYDQLN HHIFELVSSS DANERKGGIL AIASLIGVEG GNATRIGRFA NYLRNLLPS NDPVVMEMAS KAIGRLAMAG DTFTAEYVEF EVKRALEWLG ADRNEGRRHA AVLVLRELAI SVPTFFFQQV Q PFFDNIFV AVWDPKQAIR EGAVAALRAC LILTTQREPK EMQKPQWYRH TFEEAEKGFD ETLAKEKGMN RDDRIHGALL IL NELVRIS SMEGERLREE MEEITQQQLV HDKYCKDLMG FGTKPRHITP FTSFQAVQPQ QSNALVGLLG YSSHQGLMGF GTS PSPAKS T(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RNS KNSLIQMTIL NLLPRLAAFR PS AFTDTQY LQDTMNHVLS CVKKEKERTA AFQALGLLSV AVRSEFKVYL PRVLDIIRAA LPPKDFAHKR QKAMQVDATV FTC ISMLAR AMGPGIQQDI KELLEPMLAV GLSPALTAVL YDLSRQIPQL KKDIQDGLLK MLSLVLMHKP LRHPGMPKGL AHQL ASPGL TTLPEASDVG SITLALRTLG SFEFEGHSLT QFVRHCADHF LNSEHKEIRM EAARTCSRLL TPSIHLISGH AHVVS QTAV QVVADVLSKL LVVGITDPDP DIRYCVLASL DERFDAHLAQ AENLQALFVA LNDQVFEIRE LAICTVGRLS SMNPAF VMP FLRKMLIQIL TELEHSGIGR IKEQSARMLG HLVSNAPRLI RPYMEPILKA LILKLKDPDP DPNPGVINNV LATIGEL AQ VSGLEMRKWV DELFIIIMDM LQDSSLLAKR QVALWTLGQL VASTGYVVEP YRKYPTLLEV LLNFLKTEQN QGTRREAI R VLGLLGALDP YKHKVNIGMI DQSRDASAVS LSESKSSQDS SDYSTSEMLV NMGNLPLDEF YPAVSMVALM RIFRDQSLS HHHTMVVQAI TFIFKSLGLK CVQFLPQVMP TFLNVIRVCD GAIREFLFQQ LGMLVSFVKS HIRPYMDEIV TLMREFWVMN TSIQSTIIL LIEQIVVALG GEFKLYLPQL IPHMLRVFMH DNSPGRIVSI KLLAAIQLFG ANLDDYLHLL LPPIVKLFDA P EAPLPSRK AALETVDRLT ESLDFTDYAS RIIHPIVRTL DQSPELRSTA MDTLSSLVFQ LGKKYQIFIP MVNKVLVRHR IN HQRYDVL ICRIVKGYTL ADEEEDPLIY QHRMLRSGQG DALASGPVET GPMKKLHVST INLQKAWGAA RRVSKDDWLE WLR RLSLEL LKDSSSPSLR SCWALAQAYN PMARDLFNAA FVSCWSELNE DQQDELIRSI ELALTSQDIA EVTQTLLNLA EFME HSDKG PLPLRDDNGI VLLGERAAKC RAYAKALHYK ELEFQKGPTP AILESLISIN NKLQQPEAAA GVLEYAMKHF GELEI QATW YEKLHEWEDA LVAYDKKMDT NKDDPELMLG RMRCLEALGE WGQLHQQCCE KWTLVNDETQ AKMARMAAAA AWGLGQ WDS MEEYTCMIPR DTHDGAFYRA VLALHQDLFS LAQQCIDKAR DLLDAELTAM AGESYSRAYG AMVSCHMLSE LEEVIQY KL VPERREIIRQ IWWERLQGCQ RIVEDWQKIL MVRSLVVSPH EDMRTWLKYA SLCGKSGRLA LAHKTLVLLL GVDPSRQL D HPLPTVHPQV TYAYMKNMWK SARKIDAFQH MQHFVQTMQQ QAQHAIATED QQHKQELHKL MARCFLKLGE WQLNLQGIN ESTIPKVLQY YSAATEHDRS WYKAWHAWAV MNFEAVLHYK HQNQARDEKK KLRHASGANI TNATTAATTA ATATTTASTE GSNSESEAE STENSPTPSP LQKKVTEDLS KTLLMYTVPA VQGFFRSISL SRGNNLQDTL RVLTLWFDYG HWPDVNEALV E GVKAIQID TWLQVIPQLI ARIDTPRPLV GRLIHQLLTD IGRYHPQALI YPLTVASKST TTARHNAANK ILKNMCEHSN TL VQQAMMV SEELIRVAIL WHEMWHEGLE EASRLYFGER NVKGMFEVLE PLHAMMERGP QTLKETSFNQ AYGRDLMEAQ EWC RKYMKS GNVKDLTQAW DLYYHVFRRI SKQLPQLTSL ELQYVSPKLL MCRDLELAVP GTYDPNQPII RIQSIAPSLQ VITS KQRPR KLTLMGSNGH EFVFLLKGHE DLRQDERVMQ LFGLVNTLLA NDPTSLRKNL SIQRYAVIPL STNSGLIGWV PHCDT LHAL IRDYREKKKI LLNIEHRIML RMAPDYDHLT LMQKVEVFEH AVNNTAGDDL AKLLWLKSPS SEVWFDRRTN YTRSLA VMS MVGYILGLGD RHPSNLMLDR LSGKILHIDF GDCFEVAMTR EKFPEKIPFR LTRMLTNAME VTGLDGNYRI TCHTVME VL REHKDSVMAV LEAFVYDPLL NWRLMDTNTK GNKRSRTRTD SYSAGQSVEI LDGVELGEPA HKKTGTTVPE SIHSFIGD G LVKPEALNKK AIQIINRVRD KLTGRDFSHD DTLDVPTQVE LLIKQATSHE NLCQCYIGWC PFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase mTOR, Serine/threonine-protein kinase mTOR, Serine/threonine-protein kinase mTOR, Serine/threonine-protein kinase mTOR

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.91009 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE PEVSITSAHI DPDASYMAAV NSTGNCYVWN LTGGIGDEVT QLIPKTKIPA HTRYALQCRF SPDSTLLATC SA DQTCKIW RTSNFSLMTE LSIKSGNPGE SSRGWMWGCA FSGDSQYIVT ASSDNLARLW CVETGEIKRE YGGHQKAVVC LAF NDSVLG

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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分子 #3: Regulatory-associated protein of mTOR

分子名称: Regulatory-associated protein of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.963094 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHGSTSGSGE QKLISEEDLG STSGSGDYKD DDDKLTSLYK KAGLENLYFQ GMESEMLQSP LLGLGEEDEA DLTDWNLPL AFMKKRHCEK IEGSKSLAQS WRMKDRMKTV SVALVLCLNV GVDPPDVVKT TPCARLECWI DPLSMGPQKA L ETIGANLQ ...文字列:
MAHHHHHHHH HHGSTSGSGE QKLISEEDLG STSGSGDYKD DDDKLTSLYK KAGLENLYFQ GMESEMLQSP LLGLGEEDEA DLTDWNLPL AFMKKRHCEK IEGSKSLAQS WRMKDRMKTV SVALVLCLNV GVDPPDVVKT TPCARLECWI DPLSMGPQKA L ETIGANLQ KQYENWQPRA RYKQSLDPTV DEVKKLCTSL RRNAKEERVL FHYNGHGVPR PTVNGEVWVF NKNYTQYIPL SI YDLQTWM GSPSIFVYDC SNAGLIVKSF KQFALQREQE LEVAAINPNH PLAQMPLPPS MKNCIQLAAC EATELLPMIP DLP ADLFTS CLTTPIKIAL RWFCMQKCVS LVPGVTLDLI EKIPGRLNDR RTPLGELNWI FTAITDTIAW NVLPRDLFQK LFRQ DLLVA SLFRNFLLAE RIMRSYNCTP VSSPRLPPTY MHAMWQAWDL AVDICLSQLP TIIEEGTAFR HSPFFAEQLT AFQVW LTMG VENRNPPEQL PIVLQVLLSQ VHRLRALDLL GRFLDLGPWA VSLALSVGIF PYVLKLLQSS ARELRPLLVF IWAKIL AVD SSCQADLVKD NGHKYFLSVL ADPYMPAEHR TMTAFILAVI VNSYHTGQEA CLQGNLIAIC LEQLNDPHPL LRQWVAI CL GRIWQNFDSA RWCGVRDSAH EKLYSLLSDP IPEVRCAAVF ALGTFVGNSA ERTDHSTTID HNVAMMLAQL VSDGSPMV R KELVVALSHL VVQYESNFCT VALQFIEEEK NYALPSPATT EGGSLTPVRD SPCTPRLRSV SSYGNIRAVA TARSLNKSL QNLSLTEESG GAVAFSPGNL STSSSASSTL GSPENEEHIL SFETIDKMRR ASSYSSLNSL IGVSFNSVYT QIWRVLLHLA ADPYPEVSD VAMKVLNSIA YKATVNARPQ RVLDTSSLTQ SAPASPTNKG VHIHQAGGSP PASSTSSSSL TNDVAKQPVS R DLPSGRPG TTGPAGAQYT PHSHQFPRTR KMFDKGPEQT ADDADDAAGH KSFISATVQT GFCDWSARYF AQPVMKIPEE HD LESQIRK EREWRFLRNS RVRRQAQQVI QKGITRLDDQ IFLNRNPGVP SVVKFHPFTP CIAVADKDSI CFWDWEKGEK LDY FHNGNP RYTRVTAMEY LNGQDCSLLL TATDDGAIRV WKNFADLEKN PEMVTAWQGL SDMLPTTRGA GMVVDWEQET GLLM SSGDV RIVRIWDTDR EMKVQDIPTG ADSCVTSLSC DSHRSLIVAG LGDGSIRVYD RRMALSECRV MTYREHTAWV VKASL QKRP DGHIVSVSVN GDVRIFDPRM PESVNVLQIV KGLTALDIHP QADLIACGSV NQFTAIYNSS GELINNIKYY DGFMGQ RVG AISCLAFHPH WPHLAVGSND YYISVYSVEK RVR

UniProtKB: Regulatory-associated protein of mTOR

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分子 #4: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

分子名称: DEP domain-containing mTOR-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.365832 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEEGGSTGSA GSDSSTSGSG GAQQRELERM AEVLVTGEQL RLRLHEEKVI KDRRHHLKTY PNCFVAKELI DWLIEHKEAS DRETAIKLM QKLADRGIIH HVCDEHKEFK DVKLFYRFRK DDGTFPLDNE VKAFMRGQRL YEKLMSPENT LLQPREEEGV K YERTFMAS ...文字列:
MEEGGSTGSA GSDSSTSGSG GAQQRELERM AEVLVTGEQL RLRLHEEKVI KDRRHHLKTY PNCFVAKELI DWLIEHKEAS DRETAIKLM QKLADRGIIH HVCDEHKEFK DVKLFYRFRK DDGTFPLDNE VKAFMRGQRL YEKLMSPENT LLQPREEEGV K YERTFMAS EFLDWLVQEG EATTRKEAEQ LCHRLMEHGI IQHVSSKHPF VDSNLLYQFR MNFRRRRRLM ELLNEKSPSS QE THDSPFC LRKQSHDNRK STSFMSVSPS KEIKIVSAVR RSSMSSCGSS GYFSSSPTLS SSPPVLCNPK SVLKRPVTSE ELL TPGAPY ARKTFTIVGD AVGWGFVVRG SKPCHIQAVD PSGPAAAAGM KVCQFVVSVN GLNVLHVDYR TVNNLILTGP RTIV MEVME ELEC

UniProtKB: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

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分子 #5: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMbicine
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMTCEP
0.25 %glycerol
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 211021
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6bcx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7pec:
cryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 1, DEPt-bound subset local refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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