PDB-7ped: DEPTOR DEP domain tandem (DEPt)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ped

タイトル

DEPTOR DEP domain tandem (DEPt)

要素

DEP domain-containing mTOR-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / DEP-domain / mTOR-binding / mTOR / mTORC1 / mTORC2 / DEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of TORC2 signaling / phosphatidic acid binding / negative regulation of cell size / negative regulation of TOR signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / GTPase activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Waelchli, M. / Jakob, R. / Maier, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Regulation of human mTOR complexes by DEPTOR.
著者: Matthias Wälchli / Karolin Berneiser / Francesca Mangia / Stefan Imseng / Louise-Marie Craigie / Edward Stuttfeld / Michael N Hall / Timm Maier /

要旨: The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein ...

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ped.cif.gz	272.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ped.ent.gz	226 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ped.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7ped ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7ped	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	13347C 13348C 13349C 13350C 13351C 13352C 7pe7C 7pe8C 7pe9C 7peaC 7pebC 7pecC 4f7zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e19-1 3qv0-1 5a88-d 5jq4-3 1ww4-d 1p32-d 6p8p-d 5id2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4)

登録構造単位

B: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

A: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS data shows t

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.862, 99.014, 68.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 20 - 230 / Label seq-ID: 20 - 230

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	B
2	chain B	B	A

#1: タンパク質	DEP domain-containing mTOR-interacting protein / DEP domain-containing protein 6 分子量: 27128.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEPTOR, DEPDC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB45
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350,natrium hydrochlorid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→99.01 Å / Num. obs: 46594 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / R_merge(I) obs: 1.132 / Num. unique obs: 2829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F7Z

4f7z

解像度: 1.93→53.903 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	1991	4.3 %
R_work	0.2106	44331	-
obs	0.2113	46322	96.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.68 Å² / B_iso mean: 70.3279 Å² / B_iso min: 33.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→53.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3572	0	0	204	3776
B_iso mean	-	-	-	56.97	-
残基数	-	-	-	-	422

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.78	TORSIONAL
1	2	B	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.78	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.93-1.9783	0.3699	123	0.4144	2796	85
1.9783-2.0318	0.3327	140	0.3352	3053	93
2.0318-2.0915	0.2883	136	0.294	3175	98
2.0915-2.1591	0.2877	140	0.2683	3173	98
2.1591-2.2362	0.292	148	0.2567	3194	98
2.2362-2.3258	0.2683	146	0.2393	3222	98
2.3258-2.4316	0.251	149	0.2393	3207	98
2.4316-2.5598	0.2705	142	0.2442	3133	96
2.5598-2.7202	0.2705	134	0.2349	3217	98
2.7202-2.9302	0.2479	146	0.2472	3225	99
2.9302-3.225	0.2812	154	0.2426	3222	99
3.225-3.6916	0.2464	145	0.2126	3187	97
3.6916-4.6507	0.1798	146	0.1731	3268	99
4.6507-53.903	0.175	142	0.1762	3259	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4288	-0.009	-0.0403	0.8434	-0.3375	1.3027	-0.2677	-0.3757	0.3816	-0.004	0.2459	-0.0642	-0.7707	-0.0733	-0.0114	0.5424	0.0809	-0.0487	0.3524	-0.1446	0.521	40.9588	-2.7312	22.6349
2	0.0692	0.1893	-0.1548	0.5229	-0.4245	0.3416	-0.3684	-0.8361	-0.1815	0.0928	0.4145	0.364	-0.4211	-0.7256	0.0057	0.551	0.1781	0.0149	0.7641	-0.0994	0.5631	32.5386	-7.3206	26.8698
3	0.854	-0.2906	0.2322	0.4704	-0.1224	0.0568	-0.1317	-0.2568	0.2273	0.2538	0.1477	-0.053	-0.0996	0.1378	-0.0001	0.464	0.048	0.0068	0.4935	-0.0397	0.4719	50.9675	-21.1031	23.6645
4	1.9695	-0.8401	0.7939	0.7645	-1.1671	3.4493	-0.2794	0.3119	0.2715	0.0401	-0.2035	-0.1975	-0.7144	0.3788	-0.0069	0.5277	-0.1116	-0.0549	0.4331	0.1004	0.555	34.1819	-2.4314	-6.7174
5	0.1627	0.2299	-0.2006	0.2549	-0.2773	0.2419	-0.2377	0.2292	-0.1057	-0.0294	0.1443	-0.287	0.2287	-0.2346	0.0001	0.3849	-0.001	0.0234	0.3796	-0.0178	0.4301	65.6456	-26.6953	10.4262
6	0.4711	0.1618	0.3308	1.3183	0.2249	0.899	-0.0565	0.0357	-0.1616	0.2563	0.0372	0.0988	0.8084	-0.3511	-0.0005	0.5378	-0.0166	0.0335	0.5487	0.0184	0.4811	54.6975	-34.85	25.9078
7	0.8772	-1.0881	0.3311	1.2355	-0.2064	0.4931	-0.1854	-0.4459	0.2183	0.2702	0.1286	-0.0944	-0.0312	-0.0899	-0	0.4653	0.023	-0.0037	0.549	-0.1009	0.4601	54.0113	-17.6843	24.7594
8	1.8006	-0.6109	-0.1198	1.0978	-0.1144	0.6686	0.0767	0.4879	-0.1334	-0.3148	-0.1348	0.0328	0.3565	-0.4494	0.0001	0.5793	-0.0153	0.0314	0.5467	-0.0386	0.4143	68.0927	-29.3766	-9.2681
9	1.1091	-1.0064	-0.5166	1.5066	-0.135	0.9264	0.3555	0.5595	0.0909	-0.5599	-0.2449	0.0971	-0.3527	-0.5635	0.0035	0.537	0.1115	-0.0435	0.7207	0.0057	0.4155	61.9066	-22.4657	-12.8708
10	0.3233	-0.2001	-0.2318	0.2419	0.3081	0.388	0.0335	0.1869	-0.074	-0.1833	-0.1095	-0.2043	0.5553	0.2253	-0.0002	0.4973	0.0534	0.0624	0.4327	0.0138	0.4795	71.8282	-28.8301	3.8912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 20 through 81 )	B	20 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 82 through 94 )	B	82 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 95 through 127 )	B	95 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 128 through 230 )	B	128 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 20 through 46 )	A	20 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 47 through 81 )	A	47 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 82 through 127 )	A	82 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 166 )	A	128 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 167 through 214 )	A	167 - 214
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 215 through 230 )	A	215 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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