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万見
- EMDB-1321: Quasi-atomic model of bacteriophage t7 procapsid shell: insights ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1321
タイトルQuasi-atomic model of bacteriophage t7 procapsid shell: insights into the structure and evolution of a basic fold.
マップデータphage T7 prohead icosahedral map
試料
  • 試料: phage T7 prohead
  • タンパク質・ペプチド: gp10A
機能・相同性Capsid Gp10A/Gp10B / : / Major capsid protein / viral capsid / viral translational frameshifting / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Agirrezabala X / Velazquez-Muriel J / Gomez-Puertas P / Scheres S / Carazo JM / Carrascosa JL
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Quasi-atomic model of bacteriophage t7 procapsid shell: insights into the structure and evolution of a basic fold.
著者: Xabier Agirrezabala / Javier A Velázquez-Muriel / Paulino Gómez-Puertas / Sjors H W Scheres / José M Carazo / José L Carrascosa /
要旨: The existence of similar folds among major structural subunits of viral capsids has shown unexpected evolutionary relationships suggesting common origins irrespective of the capsids' host life domain. ...The existence of similar folds among major structural subunits of viral capsids has shown unexpected evolutionary relationships suggesting common origins irrespective of the capsids' host life domain. Tailed bacteriophages are emerging as one such family, and we have studied the possible existence of the HK97-like fold in bacteriophage T7. The procapsid structure at approximately 10 A resolution was used to obtain a quasi-atomic model by fitting a homology model of the T7 capsid protein gp10 that was based on the atomic structure of the HK97 capsid protein. A number of fold similarities, such as the fitting of domains A and P into the L-shaped procapsid subunit, are evident between both viral systems. A different feature is related to the presence of the amino-terminal domain of gp10 found at the inner surface of the capsid that might play an important role in the interaction of capsid and scaffolding proteins.
履歴
登録2007年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年2月7日-
マップ公開2007年6月12日-
更新2011年8月31日-
現状2011年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3izg
  • 表面レベル: 110
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3izg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1321.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈phage T7 prohead icosahedral map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.72 Å/pix.
x 260 pix.
= 707.2 Å		2.72 Å/pix.
x 260 pix.
= 707.2 Å		2.72 Å/pix.
x 260 pix.
= 707.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 98.0 / ムービー #1: 110
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)30.1645 (±48.0274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-130-130-130
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 707.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.722.722.72
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z707.200707.200707.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-130-130-130
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean0.000255.00030.165

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phage T7 prohead

全体名称: phage T7 prohead
要素
  • 試料: phage T7 prohead
  • タンパク質・ペプチド: gp10A

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超分子 #1000: phage T7 prohead

超分子名称: phage T7 prohead / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: gp10A

分子名称: gp10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: major capsid protein / コピー数: 420 / 集合状態: icosahedral / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: phage T7
分子量理論値: 37 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7 / 詳細: 50mM Tris-HCl pH:7.7 10mM MgCl2 100mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil grids 2/2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
アライメント法Legacy - 非点収差: 100k
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51600 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder. GATAN. Eucentric
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filter, defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 4460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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