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- EMDB-13189: Homology model of the full-length AP-3 complex in a stretched ope... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13189
タイトルHomology model of the full-length AP-3 complex in a stretched open conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: AP-3 complex subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: AP-3 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP complex subunit sigma
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-3 adaptor complex / clathrin adaptor complex / Golgi to vacuole transport / protein targeting to vacuole / membrane coat / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
AP-3 complex subunit beta / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Adaptor protein complex, sigma subunit / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. ...AP-3 complex subunit beta / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Adaptor protein complex, sigma subunit / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Longin-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP complex subunit sigma / Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1 / AP-3 complex subunit delta / AP-3 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Schubert E / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)RA1781/2-4 ドイツ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Flexible open conformation of the AP-3 complex explains its role in cargo recruitment at the Golgi.
著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser ...著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser / Christian Ungermann /
要旨: Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane ...Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane (AP-2) with their conserved core domain and flexible ear domains mediate this function. These complexes also rely on the small GTPase Arf1 and/or specific phosphoinositides for membrane binding. The structural details that influence these processes, however, are still poorly understood. Here we present cryo-EM structures of the full-length stable 300 kDa yeast AP-3 complex. The structures reveal that AP-3 adopts an open conformation in solution, comparable to the membrane-bound conformations of AP-1 or AP-2. This open conformation appears to be far more flexible than AP-1 or AP-2, resulting in compact, intermediate, and stretched subconformations. Mass spectrometrical analysis of the cross-linked AP-3 complex further indicates that the ear domains are flexibly attached to the surface of the complex. Using biochemical reconstitution assays, we also show that efficient AP-3 recruitment to the membrane depends primarily on cargo binding. Once bound to cargo, AP-3 clustered and immobilized cargo molecules, as revealed by single-molecule imaging on polymer-supported membranes. We conclude that its flexible open state may enable AP-3 to bind and collect cargo at the Golgi and could thus allow coordinated vesicle formation at the trans-Golgi upon Arf1 activation.
履歴
登録2021年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2021年12月8日-
現状2021年12月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p3z
  • 表面レベル: 0.0155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å		1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å		1.07 Å/pix.
x 264 pix.
= 282.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0155 / ムービー #1: 0.0155
最小 - 最大-0.014739084 - 0.04638039
平均 (標準偏差)9.025502e-05 (±0.002129987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 282.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.480282.480282.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.0150.0460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae

全体名称: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 複合体: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: AP-3 complex subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1
    • タンパク質・ペプチド: AP-3 complex subunit mu
    • タンパク質・ペプチド: AP complex subunit sigma

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超分子 #1: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae

超分子名称: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: ATCC 204508 / S288c

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分子 #1: AP-3 complex subunit delta

分子名称: AP-3 complex subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 110.903016 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTSLYAPGAE DIRQRLRPFG FFFEKSLKDL IKGIRSHNET PEKLDQFFKQ VLSECREEVN SPDLNSKTNA VLKLTYLEMY GFDMAWCNF HILEVMSSNK LQQKRVGYLA ASQSFYKDSD ILMLATNLLK KDLKYDGNND VVKVGIALSG LSTIITPSLA R DIADDLFT ...文字列:
MTSLYAPGAE DIRQRLRPFG FFFEKSLKDL IKGIRSHNET PEKLDQFFKQ VLSECREEVN SPDLNSKTNA VLKLTYLEMY GFDMAWCNF HILEVMSSNK LQQKRVGYLA ASQSFYKDSD ILMLATNLLK KDLKYDGNND VVKVGIALSG LSTIITPSLA R DIADDLFT MLNSTRPYIR KKAITALFKV FLQYPEALRD NFDKFVSKLD DDDISVVSAA VSVICELSKK NPQPFIQLSP LL YEILVTI DNNWIIIRLL KLFTNLSQVE PKLRAKLLPK ILELMESTVA TSVIYESVNC IVKGNMLEED DFETAMACLE RLH TFCDSQ DPNLRYISCI LFYKIGKINT DFISRFDQLI IRLLSDVDVS IRSKAIELVE GIVDEDNLKA IVQTLMKQFV DEDV VILQT GSIVYEKSKR IPIIIPENYK IKMVNVIISI CSADNYSSVN DFEWYNAVIM DLAMLCQDIS DKSLGSKIGE QFRNL MIKV PSMREVTIAN IIKLISNDNI NKQLPTVLRE CIWCLGEFST LVENGNDLIK IMTENISYYS HSVQEVLILA LVKVFS NWC NNFQEDKRFE IKMVLKELIE FFENLSYSST FEVQERSVEV LEFLRLSLEA LEEDTEGLPM LLSEVLPSFF NAYELAP IA RGTQLKLAVD ENLDLETPFL TKEAADELLD EQKSDAISDL MSDISMDEQV ELKFVDDSDT SYEEKEKLDD FENPFEIE R EKERMSNPYY LGEEDEERTK NSKDLLDLNE EESSDKKPET IRLNRTDNSL NSLSLSTTEI SRKKKKGKKK NRVQVLSDE PVIEAAPKRK DAFQKPHDNH STQNPLKKDK INLRMHSQLE NFDFSNFGQS SNAGRGSQEE GNLRKEDELE LSRLEANLIV KDEKDNLSD TEEVIVIKKK KKGKKSKSKN KLKTKAKNSP EPNEFLRDQS TDIRTLQVDG SDYKDDDDKD YKDDDDKDYK D DDDK

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分子 #2: Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1

分子名称: Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 91.712016 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVDSIHRIAS ALDTAKVITR EAAAVATSKL GESSYTYYSQ NINPQQLVTL LNSRNSREVR DAMKRIISIM ASDDDSIDVQ LYFADVVKN ITTNDTKVKR LIHLYLLRFA ENDPNLTLLS INSLQKSLSD SNSELRCFAL SALSDMKMSS LAPIILHTVK K LVTDPSAM ...文字列:
MVDSIHRIAS ALDTAKVITR EAAAVATSKL GESSYTYYSQ NINPQQLVTL LNSRNSREVR DAMKRIISIM ASDDDSIDVQ LYFADVVKN ITTNDTKVKR LIHLYLLRFA ENDPNLTLLS INSLQKSLSD SNSELRCFAL SALSDMKMSS LAPIILHTVK K LVTDPSAM VRGEVALAII KLYRAGKNDY HEELLDILKE LMADTDPKVI SCAVLAYKEC YADHLELLHG HFRRYCRIIK QL DSWSQSY LIELLIKYCK QYLPKPTVVD KSSEGSPRSC PLPDKYNEIE YPSYEVVNDP DLDLFLQSLN CLIYSSNPTV ILS CCNALY QLASPLQMKN TKFIEALVRT VTMTENQGNK EMLLQAIHFL SILDQTLFLP YTKKFYVFPK DPIVASIWKI QILS TLINE SNVKEIFKEL KYYVASAHFP ENVVIMAVKS LSRCGQLSTS WESHVMKWLI DHMESHNLSA SVLDAYVNVI RMLVQ KNPT KHLRIIFKLA DLLTVQTSLA DNARAGIVWL FGEIASIEFK ICPDVLRRLI QNFSNEGPET RCQILVLSAK LLSYDI DNF KQAQVTGSEE NNQNPPYYDF SGSRISQMYN AVLYLAKYDD EFDIRDRARM ISSLFDSGKY EIVSLLLQAP KPTARSD DF IVSARLETHT PEIKEFFRML PWNTEITEVG ETGNDIREGA ELKDYNKYKK SFSSQSFITN NSARSFTSSS NAKLTGIN D GDSNSISGKG NVNTFTSQNG KKYRLQSLDE FFSDIPERKS KPRKIIKVVE ESSDEDEDES EESSDDDEYS DSSLGTSSS GTSSSHLEL

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分子 #3: AP-3 complex subunit mu

分子名称: AP-3 complex subunit mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.899062 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYLSFYITDT KNKLIFQYLL GATAPSFKHL WTRVQSTCPQ LLEDSSSDDY LDHSMVGRDL EVYKYFSVIN KLNYWCLAST SKSKGPLDC FTFLETIDRI LLEYFDKDKL SIKKIVNNYD RISLIFNCCV EAGEPNVSDM LYVNKIKEAV PERSDLSKFI S STAHNLQQ ...文字列:
MYLSFYITDT KNKLIFQYLL GATAPSFKHL WTRVQSTCPQ LLEDSSSDDY LDHSMVGRDL EVYKYFSVIN KLNYWCLAST SKSKGPLDC FTFLETIDRI LLEYFDKDKL SIKKIVNNYD RISLIFNCCV EAGEPNVSDM LYVNKIKEAV PERSDLSKFI S STAHNLQQ AVQLPQQRQQ QLQQNQISRG SNSLIENEEI VPWRTSRASK HENNELYVDL LETFHVVFEK KKSHLRLLTG SI HGIVDVR SYLNDNPLVA VKLNTMGNDI GIPSLHDCVE INDGVFSPSN ITFIPPDGKF RLLEYSVDLS SQVKQSGVRM NSI GLMSLH FQNGLGKDSD EFELSLNIEN FKKVSQVDDL KIDLQFNVEN ADPNEIAYKI KILRNTHGRF ENSIIMGQGQ WIFD KSTAT GTVPVLRGCI EYENTGPNFT KKVDLQTVSL EYSYIGQSAS GIYVEAIDIV SGLTIGKNTK LYKGAKYKTQ TGNFQ VRL

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分子 #4: AP complex subunit sigma

分子名称: AP complex subunit sigma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.951646 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MIHAVLIFNK KCQPRLVKFY TPVDLPKQKL LLEQVYELIS QRNSDFQSSF LVTPPSLLLS NENNNDEVNN EDIQIIYKNY ATLYFTFIV DDQESELAIL DLIQTFVESL DRCFTEVNEL DLIFNWQTLE SVLEEIVQGG MVIETNVNRI VASVDELNKA A ESTDSKIG ...文字列:
MIHAVLIFNK KCQPRLVKFY TPVDLPKQKL LLEQVYELIS QRNSDFQSSF LVTPPSLLLS NENNNDEVNN EDIQIIYKNY ATLYFTFIV DDQESELAIL DLIQTFVESL DRCFTEVNEL DLIFNWQTLE SVLEEIVQGG MVIETNVNRI VASVDELNKA A ESTDSKIG RLTSTGFGSA LQAFAQGGFA QWATGQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.4 150 mM NaCl 1.5 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: The sample was blotted using a 2.5 s blotting time and 0 blotting force with 100% humidity at 277.15 K.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 81.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 958892
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio Model generated in RVIPER (SPHIRE)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: MERIDIEN / 使用した粒子像数: 20312
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPHIRE (ver. 1.3) / ソフトウェア - 詳細: MERIDIEN
最終 3次元分類クラス数: 20 / 平均メンバー数/クラス: 20000 / 詳細: cryoDRGN v2.1.0

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7p3z:
Homology model of the full-length AP-3 complex in a stretched open conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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