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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13168 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SbmA-FabS11-1 in lipid nanodisc | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | cryoSPARC post-processed map | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity ...secondary active transmembrane transporter activity / microcin transmembrane transporter activity / microcin B17 transport / microcin transport / : / toxin transmembrane transporter activity / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / protein transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ghilarov D / Beis K | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ポーランド, 英国, 日本, 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Molecular mechanism of SbmA, a promiscuous transporter exploited by antimicrobial peptides. 著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So ...著者: Dmitry Ghilarov / Satomi Inaba-Inoue / Piotr Stepien / Feng Qu / Elizabeth Michalczyk / Zuzanna Pakosz / Norimichi Nomura / Satoshi Ogasawara / Graham Charles Walker / Sylvie Rebuffat / So Iwata / Jonathan Gardiner Heddle / Konstantinos Beis / 要旨: Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria ...Antibiotic metabolites and antimicrobial peptides mediate competition between bacterial species. Many of them hijack inner and outer membrane proteins to enter cells. Sensitivity of enteric bacteria to multiple peptide antibiotics is controlled by the single inner membrane protein SbmA. To establish the molecular mechanism of peptide transport by SbmA and related BacA, we determined their cryo–electron microscopy structures at 3.2 and 6 Å local resolution, respectively. The structures show a previously unknown fold, defining a new class of secondary transporters named SbmA-like peptide transporters. The core domain includes conserved glutamates, which provide a pathway for proton translocation, powering transport. The structures show an outward-open conformation with a large cavity that can accommodate diverse substrates. We propose a molecular mechanism for antibacterial peptide uptake paving the way for creation of narrow-targeted therapeutics. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13168.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13168-v30.xml emd-13168.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13168_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13168.png | 57 KB | ||
その他 | emd_13168_additional_1.map.gz emd_13168_half_map_1.map.gz emd_13168_half_map_2.map.gz | 105 MB 115.8 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13168 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13168 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13168_validation.pdf.gz | 568.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13168_full_validation.pdf.gz | 567.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13168_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13168_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13168 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13168 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7p34MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10777 (タイトル: Proton-powered peptide transporter SbmA in lipid nanodisc complexed with Fab S11-1 (SbmA-FabS11-1-MccB17) Data size: 2.5 TB Data #1: SbmA-FabS11-1 complex in lipid nanodisc [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoSPARC post-processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02125 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: DeepEMhancer post-processed map
ファイル | emd_13168_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer post-processed map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map
ファイル | emd_13168_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map
ファイル | emd_13168_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of proton-driven peptide transporter SbmA with Fab S11-1
全体 | 名称: Complex of proton-driven peptide transporter SbmA with Fab S11-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of proton-driven peptide transporter SbmA with Fab S11-1
超分子 | 名称: Complex of proton-driven peptide transporter SbmA with Fab S11-1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43 |
-分子 #1: Proton-driven peptide transporter SbmA
分子 | 名称: Proton-driven peptide transporter SbmA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFKSFFPKPG TFFLSAFVWA LIAVIFWQAG GGDWVARITG ASGQIPISAA RFWSLDFLIF YAYYIVCVG LFALFWFIYS PHRWQYWSIL GTALIIFVTW FLVEVGVAVN AWYAPFYDLI Q TALSSPHK VTIEQFYREV GVFLGIALIA VVISVLNNFF VSHYVFRWRT ...文字列: MFKSFFPKPG TFFLSAFVWA LIAVIFWQAG GGDWVARITG ASGQIPISAA RFWSLDFLIF YAYYIVCVG LFALFWFIYS PHRWQYWSIL GTALIIFVTW FLVEVGVAVN AWYAPFYDLI Q TALSSPHK VTIEQFYREV GVFLGIALIA VVISVLNNFF VSHYVFRWRT AMNEYYMANW QQ LRHIEGA AQRVQEDTMR FASTLENMGV SFINAIMTLI AFLPVLVTLS AHVPELPIIG HIP YGLVIA AIVWSLMGTG LLAVVGIKLP GLEFKNQRVE AAYRKELVYG EDDATRATPP TVRE LFSAV RKNYFRLYFH YMYFNIARIL YLQVDNVFGL FLLFPSIVAG TITLGLMTQI TNVFG QVRG AFQYLINSWT TLVELMSIYK RLRSFEHELD GDKIQEVTHT LS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial model generated by Buccaneer and refined by PHENIX |
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得られたモデル | PDB-7p34: |