+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13077 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir | |||||||||||||||
![]() | DeepEMenhancer highest target map | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | integrase / intasome / HTLV / STLV / integration / strand-transfer inhibitors / INSTI / bictegravir / BIC / drug / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Barski MS / Ballandras-Colas A | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures. 著者: Michal S Barski / Teresa Vanzo / Xue Zhi Zhao / Steven J Smith / Allison Ballandras-Colas / Nora B Cronin / Valerie E Pye / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this ...Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this deltaretrovirus. Here, we screened a library of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) candidates built around several chemical scaffolds to determine their effectiveness in limiting HTLV-1 infection. Naphthyridines with substituents in position 6 emerged as the most potent compounds against HTLV-1, with XZ450 having highest efficacy in vitro. Using single-particle cryo-electron microscopy we visualised XZ450 as well as the clinical HIV-1 INSTIs raltegravir and bictegravir bound to the active site of the deltaretroviral intasome. The structures reveal subtle differences in the coordination environment of the Mg ion pair involved in the interaction with the INSTIs. Our results elucidate the binding of INSTIs to the HTLV-1 intasome and support their use for pre-exposure prophylaxis and possibly future treatment of HTLV-1 infection. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 92.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28 KB 28 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 6.7 MB 82.7 MB 82.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DeepEMenhancer highest target map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: denmod map - model was refined against this map
ファイル | emd_13077_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | denmod map - model was refined against this map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_13077_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_13077_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...
+超分子 #1: Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the hu...
+超分子 #2: Integrase
+超分子 #3: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosph...
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: Integrase
+分子 #2: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosph...
+分子 #3: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*...
+分子 #4: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*...
+分子 #5: ZINC ION
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: Bictegravir
+分子 #8: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec. 詳細: Glow-discharged for 4 min at 45 mA on an Emitech K100X instrument (Electron Microscopy Sciences) and covered with a layer of graphene oxide (Sigma-Aldrich, catalogue #763705) immediately before being used. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | Complex was isolated by size exclusion chromatography |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 6z2y Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model 詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix. ...詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix.real_space_refine using C2 NCS and secondary structure and metal ion coordination restraints. |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-7ouh: |