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- EMDB-13070: cryoDRGN graph traversal of the ALC1 - PARylated nucleosome compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13070
タイトルcryoDRGN graph traversal of the ALC1 - PARylated nucleosome complex particle distribution
マップデータvol_000.mrc from cryoDRGN graph traversal.
試料
  • 複合体: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
    • 複合体: ALC1/CHD1L
      • タンパク質・ペプチド: ALC1/CHD1L
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: Widom 601 sequence
      • DNA: Widom 601 sequence
      • DNA: Widom 601 sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / histone reader activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin ...poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / ATP-dependent chromatin remodeler activity / site of DNA damage / nucleosome binding / DNA helicase activity / histone reader activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / site of double-strand break / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B ...Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / Histone H2A / Histone 2A / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Bacic L / Gaullier G / Deindl S
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)714068 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation019.0306 スウェーデン
Swedish Research Council2019-03534 スウェーデン
Cancerfonden19 0055 Pj スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and dynamics of the chromatin remodeler ALC1 bound to a PARylated nucleosome.
著者: Luka Bacic / Guillaume Gaullier / Anton Sabantsev / Laura C Lehmann / Klaus Brackmann / Despoina Dimakou / Mario Halic / Graeme Hewitt / Simon J Boulton / Sebastian Deindl /
要旨: The chromatin remodeler ALC1 is recruited to and activated by DNA damage-induced poly(ADP-ribose) (PAR) chains deposited by PARP1/PARP2/HPF1 upon detection of DNA lesions. ALC1 has emerged as a ...The chromatin remodeler ALC1 is recruited to and activated by DNA damage-induced poly(ADP-ribose) (PAR) chains deposited by PARP1/PARP2/HPF1 upon detection of DNA lesions. ALC1 has emerged as a candidate drug target for cancer therapy as its loss confers synthetic lethality in homologous recombination-deficient cells. However, structure-based drug design and molecular analysis of ALC1 have been hindered by the requirement for PARylation and the highly heterogeneous nature of this post-translational modification. Here, we reconstituted an ALC1 and PARylated nucleosome complex modified in vitro using PARP2 and HPF1. This complex was amenable to cryo-EM structure determination without cross-linking, which enabled visualization of several intermediate states of ALC1 from the recognition of the PARylated nucleosome to the tight binding and activation of the remodeler. Functional biochemical assays with PARylated nucleosomes highlight the importance of nucleosomal epitopes for productive remodeling and suggest that ALC1 preferentially slides nucleosomes away from DNA breaks.
履歴
登録2021年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2021年9月15日-
現状2021年9月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13070.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈vol_000.mrc from cryoDRGN graph traversal.
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最小 - 最大-0.19022673 - 0.09633083
平均 (標準偏差)0.0012134946 (±0.00696156)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 215.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.681.681.68
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z215.040215.040215.040
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NX/NY/NZ223226424
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NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1900.0960.001

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添付データ

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: vol 058.mrc from cryoDRGN graph traversal.

ファイルemd_13070_additional_58.map
注釈vol_058.mrc from cryoDRGN graph traversal.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: vol 006.mrc from cryoDRGN graph traversal.

ファイルemd_13070_additional_6.map
注釈vol_006.mrc from cryoDRGN graph traversal.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: vol 007.mrc from cryoDRGN graph traversal.

ファイルemd_13070_additional_7.map
注釈vol_007.mrc from cryoDRGN graph traversal.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: vol 008.mrc from cryoDRGN graph traversal.

ファイルemd_13070_additional_8.map
注釈vol_008.mrc from cryoDRGN graph traversal.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: vol 009.mrc from cryoDRGN graph traversal.

ファイルemd_13070_additional_9.map
注釈vol_009.mrc from cryoDRGN graph traversal.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome

全体名称: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
要素
  • 複合体: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
    • 複合体: ALC1/CHD1L
      • タンパク質・ペプチド: ALC1/CHD1L
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: Widom 601 sequence
      • DNA: Widom 601 sequence
      • DNA: Widom 601 sequence

+
超分子 #1: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome

超分子名称: ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The nucleosome was PARylated by PARP2 and HPF1 before addition of ALC1.
分子量理論値: 305 KDa

+
超分子 #2: ALC1/CHD1L

超分子名称: ALC1/CHD1L / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: ALC1/CHD1L
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: Histone

超分子名称: Histone / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5 / 詳細: Histone
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: Widom 601 sequence

超分子名称: Widom 601 sequence / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7 / 詳細: Widom 601 sequence
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: ALC1/CHD1L

分子名称: ALC1/CHD1L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFLLRLHTEG RAEAARVQEQ DLRQWGLTGI HLRSYQLEGV NWLAQRFHCQ NGCILGDEMG LGKTCQTIAL FIYLAGRLND EGPFLILCPL SVLSNWKEEM QRFAPGLSCV TYAGDKEERA CLQQDLKQES RFHVLLTTYE ICLKDASFLK SFPWSVLVVD EAHRLKNQSS ...文字列:
MFLLRLHTEG RAEAARVQEQ DLRQWGLTGI HLRSYQLEGV NWLAQRFHCQ NGCILGDEMG LGKTCQTIAL FIYLAGRLND EGPFLILCPL SVLSNWKEEM QRFAPGLSCV TYAGDKEERA CLQQDLKQES RFHVLLTTYE ICLKDASFLK SFPWSVLVVD EAHRLKNQSS LLHKTLSEFS VVFSLLLTGT PIQNSLQELY SLLSFVEPDL FSKEEVGDFI QRYQDIEKES ESASELHKLL QPFLLRRVKA EVATELPKKT EVVIYHGMSA LQKKYYKAIL MKDLDAFENE TAKKVKLQNI LSQLRKCVDH PYLFDGVEPE PFEVGDHLTE ASGKLHLLDK LLAFLYSGGH RVLLFSQMTQ MLDILQDYMD YRGYSYERVD GSVRGEERHL AIKNFGQQPI FVFLLSTRAG GVGMNLTAAD TVIFVDSDFN PQNDLQAAAR AHRIGQNKSV KVIRLIGRDT VEEIVYRKAA SKLQLTNMII EGGHFTLGAQ KPAADADLQL SEILKFGLDK LLASEGSTMD EIDLESILGE TKDGQWVSDA LPAAEGGSRD QEEGKNHMYL FEGKDYSKEP SKEDRKSFEQ LVNLQKTLLE KASQEGRSLR NKGSVLIPGL VEGSTKRKRV LSPEELEDRQ KKRQEAAAKR RRLIEEKKRQ KEEAEHKKKM AWWESNNYQS FCLPSEESEP EDLENGEESS AELDYQDPDA TSLKYVSGDV THPQAGAEDA LIVHCVDDSG HWGRGGLFTA LEKRSAEPRK IYELAGKMKD LSLGGVLLFP VDDKESRNKG QDLLALIVAQ HRDRSNVLSG IKMAALEEGL KKIFLAAKKK KASVHLPRIG HATKGFNWYG TERLIRKHLA ARGIPTYIYY FPRSKAHHHH HH

+
分子 #2: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #4: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVRN DEELNKLLGG VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESAKSAKSK

+
分子 #5: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KTQKKDGKKR RKSRKESYAI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM SIMNSFVNDV FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

+
分子 #6: Widom 601 sequence

分子名称: Widom 601 sequence / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AATCGATGTA TATATCTGAC ACGTGCCTGG AGACTAGGGA GTAATCCCCT TGGCGGTTAA AACGCGGGGG ACAGCGCGTA CGTGCGTTTA AGCGGTGCTA GAGCTGTCTA CGACCAATTG AGCGGCCTCG GCACCGGGAT TCTGATGGTC ACCTAGA

+
分子 #7: Widom 601 sequence

分子名称: Widom 601 sequence / タイプ: dna / ID: 7 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
TCTAGGTGAC CATCAGAATC CCGGTGCCGA GGCCGCTCAA TTGGTCGTAG ACAGCTCTAG CACCGCTTAA ACGCACGTAC GCGCTGTCCC CCGCGTTTTA ACCGCCAAGG GGATTACTCC CTAGTCTCCA GGCACGTGTC AGATATATAC ATCGATT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: Current 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26747 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: Total dose was fractionated over 40 movie frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3321590
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.9)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Synthetic map at 30 A resolution generated from PDB entry 3LZ0 (free nucleosome) with the molmap command in ChimeraX.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: cryoDRGN does not report any measure of resolution. / 使用した粒子像数: 43698
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / 詳細: Analysis of heterogeneity with cryoDRGN.
最終 3次元分類詳細: Analysis of the heterogeneity in a set of 43698 particles with cryoDRGN.

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る