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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13029 | |||||||||
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タイトル | The U1 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) | |||||||||
マップデータ | U1 part of the pre-A complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | S. cerevisiae / pre-A complex / Prp5 / U1 snRNP / U2 snRNP / prespliceosome / SPLICING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex ...positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / poly(U) RNA binding / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z / Rigo N | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structural insights into how Prp5 proofreads the pre-mRNA branch site. 著者: Zhenwei Zhang / Norbert Rigo / Olexandr Dybkov / Jean-Baptiste Fourmann / Cindy L Will / Vinay Kumar / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann / 要旨: During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly ...During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly understood, multistep process that is facilitated by the DEAD-box helicase Prp5 (refs. ). During this process, the U2 small nuclear RNA (snRNA) forms an RNA duplex with the pre-mRNA branch site (the U2-BS helix), which is proofread by Prp5 at this stage through an unclear mechanism. Here, by deleting the branch-site adenosine (BS-A) or mutating the branch-site sequence of an actin pre-mRNA, we stall the assembly of spliceosomes in extracts from the yeast Saccharomyces cerevisiae directly before the A complex is formed. We then determine the three-dimensional structure of this newly identified assembly intermediate by cryo-electron microscopy. Our structure indicates that the U2-BS helix has formed in this pre-A complex, but is not yet clamped by the HEAT domain of the Hsh155 protein (Hsh155), which exhibits an open conformation. The structure further reveals a large-scale remodelling/repositioning of the U1 and U2 snRNPs during the formation of the A complex that is required to allow subsequent binding of the U4/U6.U5 tri-snRNP, but that this repositioning is blocked in the pre-A complex by the presence of Prp5. Our data suggest that binding of Hsh155 to the bulged BS-A of the U2-BS helix triggers closure of Hsh155, which in turn destabilizes Prp5 binding. Thus, Prp5 proofreads the branch site indirectly, hindering spliceosome assembly if branch-site mutations prevent the remodelling of Hsh155. Our data provide structural insights into how a spliceosomal helicase enhances the fidelity of pre-mRNA splicing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13029.map.gz | 227.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13029-v30.xml emd-13029.xml | 35 KB 35 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13029_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13029.png | 124.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13029.cif.gz | 9.5 KB | ||
その他 | emd_13029_half_map_1.map.gz emd_13029_half_map_2.map.gz | 170.1 MB 170.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13029 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13029 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13029_validation.pdf.gz | 865.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13029_full_validation.pdf.gz | 865.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13029_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13029_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13029 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13029 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | U1 part of the pre-A complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_13029_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_13029_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
+超分子 #1: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
+分子 #1: Protein NAM8
+分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
+分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
+分子 #6: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #7: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
+分子 #8: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
+分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #16: Protein LUC7
+分子 #17: Pre-mRNA-processing factor 39
+分子 #18: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
+分子 #2: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mRNA (delta BS-A),ACT1 pre-mR...
+分子 #5: U1 snRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.02 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |