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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13002 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of human mitochondrial RNase P in complex with mitochondrial pre-tRNA-Tyr | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Composite map used for real space refinement. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA Processing / Mitochondria / Gene Expression / Transcription / Translation / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial tRNA methylation ...mitochondrial RNA 5'-end processing / mitochondrial tRNA processing / brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / rRNA processing in the mitochondrion / tRNA (adenine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial tRNA methylation / tRNA (adenine(9)-N1)-methyltransferase activity / tRNA processing in the mitochondrion / tRNA (guanine9-N1)-methyltransferase / mitochondrial ribonuclease P complex / tRNA (guanosine(9)-N1)-methyltransferase activity / mitochondrial tRNA 5'-end processing / chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA modification in the mitochondrion / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase activity / C21-steroid hormone metabolic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tRNA methyltransferase complex / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / isoleucine catabolic process / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / ribonuclease P / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / positive regulation of mitochondrial translation / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial nucleoid / androgen metabolic process / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / lipid metabolic process / mRNA processing / protein homotetramerization / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Bhatta A / Dienemann C | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structural basis of RNA processing by human mitochondrial RNase P. 著者: Arjun Bhatta / Christian Dienemann / Patrick Cramer / Hauke S Hillen / 要旨: Human mitochondrial transcripts contain messenger and ribosomal RNAs flanked by transfer RNAs (tRNAs), which are excised by mitochondrial RNase (mtRNase) P and Z to liberate all RNA species. In ...Human mitochondrial transcripts contain messenger and ribosomal RNAs flanked by transfer RNAs (tRNAs), which are excised by mitochondrial RNase (mtRNase) P and Z to liberate all RNA species. In contrast to nuclear or bacterial RNase P, mtRNase P is not a ribozyme but comprises three protein subunits that carry out RNA cleavage and methylation by unknown mechanisms. Here, we present the cryo-EM structure of human mtRNase P bound to precursor tRNA, which reveals a unique mechanism of substrate recognition and processing. Subunits TRMT10C and SDR5C1 form a subcomplex that binds conserved mitochondrial tRNA elements, including the anticodon loop, and positions the tRNA for methylation. The endonuclease PRORP is recruited and activated through interactions with its PPR and nuclease domains to ensure precise pre-tRNA cleavage. The structure provides the molecular basis for the first step of RNA processing in human mitochondria. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13002.map.gz | 228.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13002-v30.xml emd-13002.xml | 43.7 KB 43.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13002_fsc.xml emd_13002_fsc_2.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13002.png | 107.8 KB | ||
マスクデータ | emd_13002_msk_1.map emd_13002_msk_2.map emd_13002_msk_3.map emd_13002_msk_4.map | 244.1 MB 244.1 MB 244.1 MB 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13002.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_13002_additional_1.map.gz emd_13002_additional_10.map.gz emd_13002_additional_2.map.gz emd_13002_additional_3.map.gz emd_13002_additional_4.map.gz emd_13002_additional_5.map.gz emd_13002_additional_6.map.gz emd_13002_additional_7.map.gz emd_13002_additional_8.map.gz emd_13002_additional_9.map.gz emd_13002_half_map_1.map.gz emd_13002_half_map_2.map.gz | 194.1 MB 230.1 MB 194.1 MB 2.3 MB 15.8 MB 226.8 MB 226.8 MB 226.8 MB 230.1 MB 226.8 MB 193.9 MB 193.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13002 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13002 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13002_validation.pdf.gz | 1017.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13002_full_validation.pdf.gz | 1016.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13002_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13002_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13002 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13002 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map used for real space refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+マスク #2
+マスク #3
+マスク #4
+追加マップ: Half map 1 for focused refinement map.
+追加マップ: Post-processed map4.
+追加マップ: Half map 2 for focused refinement map.
+追加マップ: MRPP3-Focused refinement map.
+追加マップ: Global refinement post-processed map (Map 1).
+追加マップ: Half map 2 for map3.
+追加マップ: Half map 2 for map4.
+追加マップ: Half map 1 for map4.
+追加マップ: Post-processed map3.
+追加マップ: Half map 1 for map3.
+ハーフマップ: #2
+ハーフマップ: #1
-試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial RNase P complex with precursor tRNA-Tyr substrate
全体 | 名称: Human mitochondrial RNase P complex with precursor tRNA-Tyr substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: Human mitochondrial RNase P complex with precursor tRNA-Tyr substrate
超分子 | 名称: Human mitochondrial RNase P complex with precursor tRNA-Tyr substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 理論値: 254 KDa |
-超分子 #2: Human mitochondrial RNase P complex with precursor mitochondrial ...
超分子 | 名称: Human mitochondrial RNase P complex with precursor mitochondrial tRNA-Tyr タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
分子 | 名称: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.947021 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAACRSVKG LVAVITGGAS GLGLATAERL VGQGASAVLL DLPNSGGEAQ AKKLGNNCVF APADVTSEKD VQTALALAKG KFGRVDVAV NCAGIAVASK TYNLKKGQTH TLEDFQRVLD VNLMGTFNVI RLVAGEMGQN EPDQGGQRGV IINTASVAAF E GQVGQAAY ...文字列: MAAACRSVKG LVAVITGGAS GLGLATAERL VGQGASAVLL DLPNSGGEAQ AKKLGNNCVF APADVTSEKD VQTALALAKG KFGRVDVAV NCAGIAVASK TYNLKKGQTH TLEDFQRVLD VNLMGTFNVI RLVAGEMGQN EPDQGGQRGV IINTASVAAF E GQVGQAAY SASKGGIVGM TLPIARDLAP IGIRVMTIAP GLFGTPLLTS LPEKVCNFLA SQVPFPSRLG DPAEYAHLVQ AI IENPFLN GEVIRLDGAI RMQP UniProtKB: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2 |
-分子 #2: Mitochondrial ribonuclease P catalytic subunit
分子 | 名称: Mitochondrial ribonuclease P catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.458379 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAFSLKTMS PQNTKATNLI AKARYLRKDE GSNKQVYSVP HFFLAGAAKE RSQMNSQTED HALAPVRNTI QLPTQPLNSE EWDKLKEDL KENTGKTSFE SWIISQMAGC HSSIDVAKSL LAWVAAKNNG IVSYDLLVKY LYLCVFHMQT SEVIDVFEIM K ARYKTLEP ...文字列: SNAFSLKTMS PQNTKATNLI AKARYLRKDE GSNKQVYSVP HFFLAGAAKE RSQMNSQTED HALAPVRNTI QLPTQPLNSE EWDKLKEDL KENTGKTSFE SWIISQMAGC HSSIDVAKSL LAWVAAKNNG IVSYDLLVKY LYLCVFHMQT SEVIDVFEIM K ARYKTLEP RGYSLLIRGL IHSDRWREAL LLLEDIKKVI TPSKKNYNDC IQGALLHQDV NTAWNLYQEL LGHDIVPMLE TL KAFFDFG KDIKDDNYSN KLLDILSYLR NNQLYPGESF AHSIKTWFES VPGKQWKGQF TTVRKSGQCS GCGKTIESIQ LSP EEYECL KGKIMRDVID GGDQYRKTTP QELKRFENFI KSRPPFDVVI DGLNVAKMFP KVRESQLLLN VVSQLAKRNL RLLV LGRKH MLRRSSQWSR DEMEEVQKQA SCFFADDISE DDPFLLYATL HSGNHCRFIT RDLMRDHKAC LPDAKTQRLF FKWQQ GHQL AIVNRFPGSK LTFQRILSYD TVVQTTGDSW HIPYDEDLVE RCSCEVPTKW LCLHQKT UniProtKB: Mitochondrial ribonuclease P catalytic subunit |
-分子 #3: tRNA methyltransferase 10 homolog C
分子 | 名称: tRNA methyltransferase 10 homolog C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.942477 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMSSKIPA VTYPKNESTP PSEELELDKW KTTMKSSVQE ECVSTISSSK DEDPLAATRE FIEMWRLLGR EVPEHITEEE LKTLMECVS NTAKKKYLKY LYTKEKVKKA RQIKKEMKAA AREEAKNIKL LETTEEDKQK NFLFLRLWDR NMDIAMGWKG A QAMQFGQP ...文字列: SNAMSSKIPA VTYPKNESTP PSEELELDKW KTTMKSSVQE ECVSTISSSK DEDPLAATRE FIEMWRLLGR EVPEHITEEE LKTLMECVS NTAKKKYLKY LYTKEKVKKA RQIKKEMKAA AREEAKNIKL LETTEEDKQK NFLFLRLWDR NMDIAMGWKG A QAMQFGQP LVFDMAYENY MKRKELQNTV SQLLESEGWN RRNVDPFHIY FCNLKIDGAL HRELVKRYQE KWDKLLLTST EK SHVDLFP KDSIIYLTAD SPNVMTTFRH DKVYVIGSFV DKSMQPGTSL AKAKRLNLAT ECLPLDKYLQ WEIGNKNLTL DQM IRILLC LKNNGNWQEA LQFVPKRKHT GFLEISQHSQ EFINRLKKAK T UniProtKB: tRNA methyltransferase 10 homolog C |
-分子 #4: Mitochondrial Precursor tRNA-Tyr
分子 | 名称: Mitochondrial Precursor tRNA-Tyr / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.490605 KDa |
配列 | 文字列: GAGAAUAGUC AACGGUCGGC GAACAUCAGU GGGGGUGAGG UAAAAUGGCU GAGUGAAGCA UUGGACUGUA AAUCUAAAGA CAGGGGUUA GGCCUCUUUU UACCAGCUCC GAGGUGAUUU UCAAGCUCG |
-分子 #5: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |