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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12894 | ||||||||||||
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タイトル | Drs2p-Cdc50p in the E1-AlFx-ADP state | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cdc50p-Drs2p complex / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter ...Cdc50p-Drs2p complex / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / endocytic recycling / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / Neutrophil degranulation / trans-Golgi network / endocytosis / membrane => GO:0016020 / endosome membrane / cell division / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Timcenko M / Dieudonne T / Montigny C / Boesen T / Lyons JA / Lenoir G / Nissen P | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structural Basis of Substrate-Independent Phosphorylation in a P4-ATPase Lipid Flippase. 著者: Milena Timcenko / Thibaud Dieudonné / Cédric Montigny / Thomas Boesen / Joseph A Lyons / Guillaume Lenoir / Poul Nissen / 要旨: P4-ATPases define a eukaryotic subfamily of the P-type ATPases, and are responsible for the transverse flip of specific lipids from the extracellular or luminal leaflet to the cytosolic leaflet of ...P4-ATPases define a eukaryotic subfamily of the P-type ATPases, and are responsible for the transverse flip of specific lipids from the extracellular or luminal leaflet to the cytosolic leaflet of cell membranes. The enzymatic cycle of P-type ATPases is divided into autophosphorylation and dephosphorylation half-reactions. Unlike most other P-type ATPases, P4-ATPases transport their substrate during dephosphorylation only, i.e. the phosphorylation half-reaction is not associated with transport. To study the structural basis of the distinct mechanisms of P4-ATPases, we have determined cryo-EM structures of Drs2p-Cdc50p from Saccharomyces cerevisiae covering multiple intermediates of the cycle. We identify several structural motifs specific to Drs2p and P4-ATPases in general that decrease movements and flexibility of domains as compared to other P-type ATPases such as Na/K-ATPase or Ca-ATPase. These motifs include the linkers that connect the transmembrane region to the actuator (A) domain, which is responsible for dephosphorylation. Additionally, mutation of Tyr380, which interacts with conserved Asp340 of the distinct DGET dephosphorylation loop of P4-ATPases, highlights a functional role of these P4-ATPase specific motifs in the A-domain. Finally, the transmembrane (TM) domain, responsible for transport, also undergoes less extensive conformational changes, which is ensured both by a longer segment connecting TM helix 4 with the phosphorylation site, and possible stabilization by the auxiliary subunit Cdc50p. Collectively these adaptions in P4-ATPases are responsible for phosphorylation becoming transport-independent. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12894.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12894-v30.xml emd-12894.xml | 27.5 KB 27.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12894_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12894.png | 103.4 KB | ||
その他 | emd_12894_half_map_1.map.gz emd_12894_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12894 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12894_validation.pdf.gz | 441.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12894_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12894_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12894_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12894 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12894 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0312 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map A
ファイル | emd_12894_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A
ファイル | emd_12894_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
+超分子 #1: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
+超分子 #2: Drs2p
+超分子 #3: Cdc50p
+分子 #1: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Probable phospholi...
+分子 #2: Cell division control protein 50
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: TETRAFLUOROALUMINATE ION
+分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #8: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-...
+分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #10: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | Purified in detergent lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6114 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |