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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12602 | |||||||||
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タイトル | Human Pol Kappa holoenzyme with Ub-PCNA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lancey C / De Biasio A / Hamdan SM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human Pol κ bound to DNA and mono-ubiquitylated PCNA. 著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Souvika Bakshi / Matthew Percival / Masateru Takahashi / Mohamed A Sobhy / Vlad S Raducanu / Kerry Blair / Frederick W Muskett / Timothy J Ragan / Ramon ...著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Souvika Bakshi / Matthew Percival / Masateru Takahashi / Mohamed A Sobhy / Vlad S Raducanu / Kerry Blair / Frederick W Muskett / Timothy J Ragan / Ramon Crehuet / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio / ![]() ![]() ![]() 要旨: Y-family DNA polymerase κ (Pol κ) can replicate damaged DNA templates to rescue stalled replication forks. Access of Pol κ to DNA damage sites is facilitated by its interaction with the ...Y-family DNA polymerase κ (Pol κ) can replicate damaged DNA templates to rescue stalled replication forks. Access of Pol κ to DNA damage sites is facilitated by its interaction with the processivity clamp PCNA and is regulated by PCNA mono-ubiquitylation. Here, we present cryo-EM reconstructions of human Pol κ bound to DNA, an incoming nucleotide, and wild type or mono-ubiquitylated PCNA (Ub-PCNA). In both reconstructions, the internal PIP-box adjacent to the Pol κ Polymerase-Associated Domain (PAD) docks the catalytic core to one PCNA protomer in an angled orientation, bending the DNA exiting the Pol κ active site through PCNA, while Pol κ C-terminal domain containing two Ubiquitin Binding Zinc Fingers (UBZs) is invisible, in agreement with disorder predictions. The ubiquitin moieties are partly flexible and extend radially away from PCNA, with the ubiquitin at the Pol κ-bound protomer appearing more rigid. Activity assays suggest that, when the internal PIP-box interaction is lost, Pol κ is retained on DNA by a secondary interaction between the UBZs and the ubiquitins flexibly conjugated to PCNA. Our data provide a structural basis for the recruitment of a Y-family TLS polymerase to sites of DNA damage. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nv1MC ![]() 7nv0C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.9 TB Data #1: Multiframe micrographs of human Pol κ complexed with monoubiquitylated PCNA and DNA [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.086 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Pol kappa holoenzyme with Ub-PCNA
全体 | 名称: Pol kappa holoenzyme with Ub-PCNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Pol kappa holoenzyme with Ub-PCNA
超分子 | 名称: Pol kappa holoenzyme with Ub-PCNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 理論値: 232 KDa |
-超分子 #2: Pol kappa holoenzyme
超分子 | 名称: Pol kappa holoenzyme / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Proliferating cell nuclear antigen
分子 | 名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.088061 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD ...文字列: GPHMFEARLV QGSILKKVLE ALKDLINEAC WDISSSGVNL QSMDSSHVSL VQLTLRSEGF DTYRCDRNLA MGVNLTSMSK ILKCAGNED IITLRAEDNA DTLALVFEAP NQEKVSDYEM KLMDLDVEQL GIPEQEYSCV VKMPSGEFAR ICRDLSHIGD A VVISCAKD GVKFSASGEL GNGNIKLSQT SNVDKEEEAV TIEMNEPVQL TFALRYLNFF TKATPLSSTV TLSMSADVPL VV EYKIADM GHLKYYLAPK IEDEEGS |
-分子 #2: DNA polymerase kappa
分子 | 名称: DNA polymerase kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 98.952695 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDSTKEKCDS YKDDLLLRMG LNDNKAGMEG LDKEKINKII MEATKGSRFY GNELKKEKQV NQRIENMMQQ KAQITSQQLR KAQLQVDRF AMELEQSRNL SNTIVHIDMD AFYAAVEMRD NPELKDKPIA VGSMSMLSTS NYHARRFGVR AAMPGFIAKR L CPQLIIVP ...文字列: MDSTKEKCDS YKDDLLLRMG LNDNKAGMEG LDKEKINKII MEATKGSRFY GNELKKEKQV NQRIENMMQQ KAQITSQQLR KAQLQVDRF AMELEQSRNL SNTIVHIDMD AFYAAVEMRD NPELKDKPIA VGSMSMLSTS NYHARRFGVR AAMPGFIAKR L CPQLIIVP PNFDKYRAVS KEVKEILADY DPNFMAMSLD EAYLNITKHL EERQNWPEDK RRYFIKMGSS VENDNPGKEV NK LSEHERS ISPLLFEESP SDVQPPGDPF QVNFEEQNNP QILQNSVVFG TSAQEVVKEI RFRIEQKTTL TASAGIAPNT MLA KVCSDK NKPNGQYQIL PNRQAVMDFI KDLPIRKVSG IGKVTEKMLK ALGIITCTEL YQQRALLSLL FSETSWHYFL HISL GLGST HLTRDGERKS MSVERTFSEI NKAEEQYSLC QELCSELAQD LQKERLKGRT VTIKLKNVNF EVKTRASTVS SVVST AEEI FAIAKELLKT EIDADFPHPL RLRLMGVRIS SFPNEEDRKH QQRSIIGFLQ AGNQALSATE CTLEKTDKDK FVKPLE MSH KKSFFDKKRS ERKWSHQDTF KCEAVNKQSF QTSQPFQVLK KKMNENLEIS ENSDDCQILT CPVCFRAQGC ISLEALN KH VDECLDGPSI SENFKMFSCS HVSATKVNKK ENVPASSLCE KQDYEAHPKI KEISSVDCIA LVDTIDNSSK AESIDALS N KHSKEECSSL PSKSFNIEHC HQNSSSTVSL ENEDVGSFRQ EYRQPYLCEV KTGQALVCPV CNVEQKTSDL TLFNVHVDV CLNKSFIQEL RKDKFNPVNQ PKESSRSTGS SSGVQKAVTR TKRPGLMTKY STSKKIKPNN PKHTLDIFFK |
-分子 #3: DNA Primer
分子 | 名称: DNA Primer / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.665987 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DOC) |
-分子 #4: DNA Template
分子 | 名称: DNA Template / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 11.677539 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) |
-分子 #5: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: TTP |
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分子量 | 理論値: 482.168 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-TTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 40 mA | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3889 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 / 詳細: Super resolution mode & AFIS used |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7nv1: |