+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12567 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (post) and mtEFG2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Ribosome / Mitochondria / TRANSLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / ribonuclease III activity / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / ribosome disassembly / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / organelle membrane / RNA processing / rescue of stalled ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cell cycle / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / GTPase activity / mRNA binding / synapse / GTP binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kummer E / Schubert K | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria. 著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban / 要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a screening tool to identify mitochondrial translation termination mechanisms and to describe them in molecular detail. We show how mitochondrial release factor 1a releases the nascent chain from the ribosome when it encounters the canonical stop codons UAA and UAG. Furthermore, we define how the peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 acts as a rescue factor on mitoribosomes that have stalled on truncated messages to recover them for protein synthesis. Finally, we present structural models detailing the process of mitochondrial ribosome recycling to explain how a dedicated elongation factor, mitochondrial EFG2 (mtEFG2), has specialized for cooperation with the mitochondrial ribosome recycling factor to dissociate the mitoribosomal subunits at the end of the translation process. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12567.map.gz | 389.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12567-v30.xml emd-12567.xml | 87.8 KB 87.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12567.png | 70.2 KB | ||
マスクデータ | emd_12567_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12567.cif.gz | 16.6 KB | ||
その他 | emd_12567_additional_1.map.gz emd_12567_additional_2.map.gz emd_12567_additional_3.map.gz emd_12567_half_map_1.map.gz emd_12567_half_map_2.map.gz | 40.3 MB 2.2 GB 337.8 MB 340.1 MB 339.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12567 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12567_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_12567_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12567_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12567_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12567 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12567 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12567_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: postprocessed and masked map
ファイル | emd_12567_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | postprocessed and masked map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: 5x supersampled map
ファイル | emd_12567_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 5x supersampled map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: full map from 3D gold-standard refinement
ファイル | emd_12567_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | full map from 3D gold-standard refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12567_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12567_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (p...
+超分子 #1: 39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRRF (p...
+超分子 #3: mtRRF (post) and mtEFG2
+超分子 #2: 39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit
+分子 #1: Mitochondrial ribosomal protein L27
+分子 #2: uL24m
+分子 #3: Mitochondrial ribosomal protein L37
+分子 #4: Mitochondrial ribosomal protein L35
+分子 #5: Mitochondrial ribosomal protein L38
+分子 #6: Mitochondrial ribosomal protein L39
+分子 #7: Mitochondrial ribosomal protein L40
+分子 #8: Mitochondrial ribosomal protein L41
+分子 #9: mL42
+分子 #10: Mitochondrial ribosomal protein L43
+分子 #11: mL44
+分子 #12: Mitochondrial ribosomal protein L45
+分子 #13: Mitochondrial ribosomal protein L46
+分子 #14: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #15: Mrpl34
+分子 #16: Mitochondrial ribosomal protein L50
+分子 #17: Mitochondrial ribosomal protein L51
+分子 #18: mL52
+分子 #19: mL53
+分子 #20: mL54
+分子 #21: Mitochondrial ribosomal protein L57
+分子 #22: mL62 (ICT1)
+分子 #23: mL64
+分子 #24: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #25: Mitochondrial ribosomal protein S18A
+分子 #26: Mitochondrial ribosomal protein L12
+分子 #27: Mitochondrial ribosomal protein L28
+分子 #28: Ribosomal protein
+分子 #30: Mitochondrial ribosomal protein L47
+分子 #31: uL30m
+分子 #32: bL31m
+分子 #33: bL32m
+分子 #34: bL33m
+分子 #35: Mitochondrial ribosomal protein L34
+分子 #37: Ribosome-releasing factor 2, mitochondrial
+分子 #38: uL2m
+分子 #39: Ribosome-recycling factor, mitochondrial
+分子 #40: uL16m
+分子 #41: ICT1
+分子 #42: Mitochondrial ribosomal protein L4
+分子 #43: Mitochondrial ribosomal protein L9
+分子 #44: Mitochondrial ribosomal protein L10
+分子 #45: Mitochondrial ribosomal protein L11
+分子 #46: uL13m
+分子 #47: uL14m
+分子 #48: uL15m
+分子 #49: bL17m
+分子 #50: Mitochondrial ribosomal protein L18
+分子 #51: Mitochondrial ribosomal protein L19
+分子 #52: Mitochondrial ribosomal protein L20
+分子 #53: Mitochondrial ribosomal protein L21
+分子 #54: uL22m
+分子 #55: uL23m
+分子 #29: 16S rRNA
+分子 #36: CP tRNAPhe
+分子 #56: MAGNESIUM ION
+分子 #57: ZINC ION
+分子 #58: GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
+分子 #59: SPERMINE
+分子 #60: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #61: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224731 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |