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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12519 | |||||||||||||||
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タイトル | Periplasmic assembly of the intact ESX-5 inner membrane complex, C3 symmetry | |||||||||||||||
マップデータ | -50 Bfactor sharpening of 3D refinement map. | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / peptidoglycan-based cell wall / protein processing / hydrolase activity / serine-type endopeptidase activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Bunduc CM / Fahrenkamp D / Wald J / Ummels R / Bitter W / Houben ENG / Marlovits TC | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, オランダ, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure and dynamics of a mycobacterial type VII secretion system. 著者: Catalin M Bunduc / Dirk Fahrenkamp / Jiri Wald / Roy Ummels / Wilbert Bitter / Edith N G Houben / Thomas C Marlovits / 要旨: Mycobacterium tuberculosis is the cause of one of the most important infectious diseases in humans, which leads to 1.4 million deaths every year. Specialized protein transport systems-known as ...Mycobacterium tuberculosis is the cause of one of the most important infectious diseases in humans, which leads to 1.4 million deaths every year. Specialized protein transport systems-known as type VII secretion systems (T7SSs)-are central to the virulence of this pathogen, and are also crucial for nutrient and metabolite transport across the mycobacterial cell envelope. Here we present the structure of an intact T7SS inner-membrane complex of M. tuberculosis. We show how the 2.32-MDa ESX-5 assembly, which contains 165 transmembrane helices, is restructured and stabilized as a trimer of dimers by the MycP protease. A trimer of MycP caps a central periplasmic dome-like chamber that is formed by three EccB dimers, with the proteolytic sites of MycP facing towards the cavity. This chamber suggests a central secretion and processing conduit. Complexes without MycP show disruption of the EccB periplasmic assembly and increased flexibility, which highlights the importance of MycP for complex integrity. Beneath the EccB-MycP chamber, dimers of the EccC ATPase assemble into three bundles of four transmembrane helices each, which together seal the potential central secretion channel. Individual cytoplasmic EccC domains adopt two distinctive conformations that probably reflect different secretion states. Our work suggests a previously undescribed mechanism of protein transport and provides a structural scaffold to aid in the development of drugs against this major human pathogen. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12519.map.gz | 5.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12519-v30.xml emd-12519.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12519_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12519.png | 91.4 KB | ||
マスクデータ | emd_12519_msk_1.map | 59.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12519_additional_1.map.gz emd_12519_half_map_1.map.gz emd_12519_half_map_2.map.gz | 45.4 MB 45.9 MB 45.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12519 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12519_validation.pdf.gz | 387.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12519_full_validation.pdf.gz | 387 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12519_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12519 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | -50 Bfactor sharpening of 3D refinement map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12519_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3D refinement map.
ファイル | emd_12519_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D refinement map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 of 3D refinement map.
ファイル | emd_12519_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 of 3D refinement map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 of 3D refinement map.
ファイル | emd_12519_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 of 3D refinement map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Periplasmic assembly of the intact ESX-5 inner membrane complex, ...
全体 | 名称: Periplasmic assembly of the intact ESX-5 inner membrane complex, C3 symmetry |
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要素 |
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-超分子 #1: Periplasmic assembly of the intact ESX-5 inner membrane complex, ...
超分子 | 名称: Periplasmic assembly of the intact ESX-5 inner membrane complex, C3 symmetry タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: ESX-5 secretion system protein EccB5
分子 | 名称: ESX-5 secretion system protein EccB5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAEESRGQRG SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEIEPGR RQTLAVVASV SAALVICLG ALLWSFISPS GQLNESPIIA DRDSGALYVR VGDRLYPALN LASARLITGR P DNPHLVRS SQIATMPRGP LVGIPGAPSS FSPKSPPASS WLVCDTVATS ...文字列: MAEESRGQRG SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEIEPGR RQTLAVVASV SAALVICLG ALLWSFISPS GQLNESPIIA DRDSGALYVR VGDRLYPALN LASARLITGR P DNPHLVRS SQIATMPRGP LVGIPGAPSS FSPKSPPASS WLVCDTVATS SSIGSLQGVT VT VIDGTPD LTGHRQILSG SDAVVLRYGG DAWVIREGRR SRIEPTNRAV LLPLGLTPEQ VSQ ARPMSR ALFDALPVGP ELLVPEVPNA GGPATFPGAP GPIGTVIVTP QISGPQQYSL VLGD GVQTL PPLVAQILQN AGSAGNTKPL TVEPSTLAKM PVVNRLDLSA YPDNPLEVVD IREHP STCW WWERTAGENR ARVRVVSGPT IPVAATEMNK VVSLVKADTS GRQADQVYFG PDHANF VAV TGNNPGAQTS ESLWWVTDAG ARFGVEDSKE ARDALGLTLT PSLAPWVALR LLPQGPT LS RADALVEHDT LPMDMTPAEL VVPK |
-分子 #2: ESX-5 secretion system protein MycP5
分子 | 名称: ESX-5 secretion system protein MycP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MQRFGTGSSR SWCGRAGTAT IAAVLLASGA LTGLPPAYAI SPPTIDPGAL PPDGPPGPLA PMKQNAYCT EVGVLPGTDF QLQPKYMEML NLNEAWQFGR GDGVKVAVID TGVTPHPRLP R LIPGGDYV MAGGDGLSDC DAHGTLVASM IAAVPANGAV PLPSVPRRPV ...文字列: MQRFGTGSSR SWCGRAGTAT IAAVLLASGA LTGLPPAYAI SPPTIDPGAL PPDGPPGPLA PMKQNAYCT EVGVLPGTDF QLQPKYMEML NLNEAWQFGR GDGVKVAVID TGVTPHPRLP R LIPGGDYV MAGGDGLSDC DAHGTLVASM IAAVPANGAV PLPSVPRRPV TIPTTETPPP PQ TVTLSPV PPQTVTVIPA PPPEEGVPPG APVPGPEPPP APGPQPPAVD RGGGTVTVPS YSG GRKIAP IDNPRNPHPS APSPALGPPP DAFSGIAPGV EIISIRQSSQ AFGLKDPYTG DEDP QTAQK IDNVETMARA IVHAANMGAS VINISDVMCM SARNVIDQRA LGAAVHYAAV DKDAV IVAA AGDGSKKDCK QNPIFDPLQP DDPRAWNAVT TVVTPSWFHD YVLTVGAVDA NGQPLS KMS IAGPWVSISA PGTDVVGLSP RDDGLINAID GPDNSLLVPA GTSFSAAIVS GVAALVR AK FPELSAYQII NRLIHTARPP ARGVDNQVGY GVVDPVAALT WDVPKGPAEP PKQLSAPL V VPQPPAPRDM VPIWVAAGGL AGALLIGGAV FGTATLMRRS RKQQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |