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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12432 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis ATP synthase F1 state 1 | |||||||||
![]() | Ms F1 combiset main map | |||||||||
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![]() | complex / synthase / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å | |||||||||
![]() | Montgomery MG / Petri J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the ATP synthase from provides targets for treating tuberculosis. 著者: Martin G Montgomery / Jessica Petri / Tobias E Spikes / John E Walker / ![]() 要旨: The structure has been determined by electron cryomicroscopy of the adenosine triphosphate (ATP) synthase from This analysis confirms features in a prior description of the structure of the enzyme, ...The structure has been determined by electron cryomicroscopy of the adenosine triphosphate (ATP) synthase from This analysis confirms features in a prior description of the structure of the enzyme, but it also describes other highly significant attributes not recognized before that are crucial for understanding the mechanism and regulation of the mycobacterial enzyme. First, we resolved not only the three main states in the catalytic cycle described before but also eight substates that portray structural and mechanistic changes occurring during a 360° catalytic cycle. Second, a mechanism of auto-inhibition of ATP hydrolysis involves not only the engagement of the C-terminal region of an α-subunit in a loop in the γ-subunit, as proposed before, but also a "fail-safe" mechanism involving the b'-subunit in the peripheral stalk that enhances engagement. A third unreported characteristic is that the fused bδ-subunit contains a duplicated domain in its N-terminal region where the two copies of the domain participate in similar modes of attachment of the two of three N-terminal regions of the α-subunits. The auto-inhibitory plus the associated "fail-safe" mechanisms and the modes of attachment of the α-subunits provide targets for development of innovative antitubercular drugs. The structure also provides support for an observation made in the bovine ATP synthase that the transmembrane proton-motive force that provides the energy to drive the rotary mechanism is delivered directly and tangentially to the rotor via a Grotthuss water chain in a polar L-shaped tunnel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 21.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 71.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nk7MC ![]() 7njkC ![]() 7njlC ![]() 7njmC ![]() 7njnC ![]() 7njoC ![]() 7njpC ![]() 7njqC ![]() 7njrC ![]() 7njsC ![]() 7njtC ![]() 7njuC ![]() 7njvC ![]() 7njwC ![]() 7njxC ![]() 7njyC ![]() 7nk9C ![]() 7nkbC ![]() 7nkdC ![]() 7nkhC ![]() 7nkjC ![]() 7nkkC ![]() 7nklC ![]() 7nknC ![]() 7nkpC ![]() 7nkqC ![]() 7nl9C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ms F1 combiset main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Mycobacterium smegmatis ATP synthase
全体 | 名称: Mycobacterium smegmatis ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterium smegmatis ATP synthase
超分子 | 名称: Mycobacterium smegmatis ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 547 KDa |
-分子 #1: ATP synthase subunit alpha
分子 | 名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 58.951461 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAELTISAAD IEGAIEDYVS SFSADTEREE IGTVIDAGDG IAHVEGLPSV MTQELLEFPG GVLGVALNLD EHSVGAVILG EFEKIEEGQ QVKRTGEVLS VPVGDAFLGR VVNPLGQPID GQGDIAAETR RALELQAPSV VQRQSVSEPL QTGIKAIDAM T PIGRGQRQ ...文字列: MAELTISAAD IEGAIEDYVS SFSADTEREE IGTVIDAGDG IAHVEGLPSV MTQELLEFPG GVLGVALNLD EHSVGAVILG EFEKIEEGQ QVKRTGEVLS VPVGDAFLGR VVNPLGQPID GQGDIAAETR RALELQAPSV VQRQSVSEPL QTGIKAIDAM T PIGRGQRQ LIIGDRKTGK TAVCVDTILN QREAWLTGDP KQQVRCVYVA IGQKGTTIAS VKRALEEGGA MEYTTIVAAP AS DAAGFKW LAPYTGSAIG QHWMYNGKHV LIVFDDLSKQ ADAYRAISLL LRRPPGREAF PGDVFYLHSR LLERCAKLSD ELG GGSMTG LPIIETKAND ISAFIPTNVI SITDGQCFLE SDLFNQGVRP AINVGVSVSR VGGAAQIKAM KEVAGSLRLD LSQY RELEA FAAFASDLDA ASKAQLDRGA RLVELLKQPQ YSPLAVEEQV VAIFLGTQGH LDSVPVEDVQ RFESELLEHV KASHS DIFD GIRETKKLSE EAEEKLVSVI NEFKKGFQAS DGSSVVVSEN AEALDPEDLE KESVKVRKPA PKKA UniProtKB: ATP synthase subunit alpha |
-分子 #2: ATP synthase subunit beta
分子 | 名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Uniprot A0R200. The crossref text box is blank. / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 51.670453 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTATAEKTAG RVVRITGPVV DVEFPRGSVP ELFNALHAEI TFGALAKTLT LEVAQHLGDS LVRCISMQPT DGLVRGVEVT DTGASISVP VGDGVKGHVF NALGDCLDDP GYGKDFEHWS IHRKPPAFSD LEPRTEMLET GLKVVDLLTP YVRGGKIALF G GAGVGKTV ...文字列: MTATAEKTAG RVVRITGPVV DVEFPRGSVP ELFNALHAEI TFGALAKTLT LEVAQHLGDS LVRCISMQPT DGLVRGVEVT DTGASISVP VGDGVKGHVF NALGDCLDDP GYGKDFEHWS IHRKPPAFSD LEPRTEMLET GLKVVDLLTP YVRGGKIALF G GAGVGKTV LIQEMINRIA RNFGGTSVFA GVGERTREGN DLWVELADAN VLKDTALVFG QMDEPPGTRM RVALSALTMA EF FRDEQGQ DVLLFIDNIF RFTQAGSEVS TLLGRMPSAV GYQPTLADEM GELQERITST RGRSITSMQA VYVPADDYTD PAP ATTFAH LDATTELSRA VFSKGIFPAV DPLASSSTIL DPAIVGDEHY RVAQEVIRIL QRYKDLQDII AILGIDELSE EDKQ LVNRA RRIERFLSQN MMAAEQFTGQ PGSTVPLKET IEAFDKLTKG EFDHLPEQAF FLIGGLDDLA KKAESLGAKL UniProtKB: ATP synthase subunit beta |
-分子 #3: ATP synthase gamma chain
分子 | 名称: ATP synthase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: This alignment is not correct. There are no mismatches but there are breaks in the peptide. UNIPROT A0R201. The crossref text box is missing below. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 33.439836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAATLRELRG RIRSAGSIKK ITKAQELIAT SRIAKAQARV EAARPYAAEI TNMLTELAGA SALDHPLLVE RKQPKRAGVL VVSSDRGLC GAYNANVLRR AEELFSLLRD EGKDPVLYVV GRKALGYFSF RQRTVVESWT GFSERPTYEN AREIADTLVN A FMAGADDE ...文字列: MAATLRELRG RIRSAGSIKK ITKAQELIAT SRIAKAQARV EAARPYAAEI TNMLTELAGA SALDHPLLVE RKQPKRAGVL VVSSDRGLC GAYNANVLRR AEELFSLLRD EGKDPVLYVV GRKALGYFSF RQRTVVESWT GFSERPTYEN AREIADTLVN A FMAGADDE GDDAGADGIL GVDELHIVFT EFRSMLSQTA VARRAAPMEV EYVGEVETGP RTLYSFEPDP ETLFDALLPR YI ATRVYAA LLEAAASESA SRRRAMKSAT DNADDLIKAL TLAANRERQA QITQEISEIV GGANALAGSK UniProtKB: ATP synthase gamma chain |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 459 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.86 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |