[日本語] English
万見
- EMDB-1236: Type IV pilus structure by cryo-electron microscopy and crystallo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1236
タイトルType IV pilus structure by cryo-electron microscopy and crystallography: implications for pilus assembly and functions.
マップデータCryoEM map for Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus
試料
  • 試料: Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae
  • 細胞器官・細胞要素: N. gonorrhoeae Type IV pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV major pilin protein PilE1
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Craig L / Egelman EH / Volkmann N / Tainer JA
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2006
タイトル: Type IV pilus structure by cryo-electron microscopy and crystallography: implications for pilus assembly and functions.
著者: Lisa Craig / Niels Volkmann / Andrew S Arvai / Michael E Pique / Mark Yeager / Edward H Egelman / John A Tainer /
要旨: Type IV pili (T4P) are long, thin, flexible filaments on bacteria that undergo assembly-disassembly from inner membrane pilin subunits and exhibit astonishing multifunctionality. Neisseria ...Type IV pili (T4P) are long, thin, flexible filaments on bacteria that undergo assembly-disassembly from inner membrane pilin subunits and exhibit astonishing multifunctionality. Neisseria gonorrhoeae (gonococcal or GC) T4P are prototypic virulence factors and immune targets for increasingly antibiotic-resistant human pathogens, yet detailed structures are unavailable for any T4P. Here, we determined a detailed experimental GC-T4P structure by quantitative fitting of a 2.3 A full-length pilin crystal structure into a 12.5 A resolution native GC-T4P reconstruction solved by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and iterative helical real space reconstruction. Spiraling three-helix bundles form the filament core, anchor the globular heads, and provide strength and flexibility. Protruding hypervariable loops and posttranslational modifications in the globular head shield conserved functional residues in pronounced grooves, creating a surprisingly corrugated pilus surface. These results clarify T4P multifunctionality and assembly-disassembly while suggesting unified assembly mechanisms for T4P, archaeal flagella, and type II secretion system filaments.
履歴
登録2006年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年7月7日-
マップ公開2006年9月1日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2hil
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2hil
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1236.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 283.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map for Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル1: 2.05 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-0.810034 - 3.94621
平均 (標準偏差)-0.0000000204282 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-18-18-26
サイズ373754
Spacing373754
セルA: 101.6 Å / B: 101.6 Å / C: 152.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z404060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z101.600101.600152.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-18-18-26
NC/NR/NS373754
D min/max/mean-0.8103.946-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae

全体名称: Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae
要素
  • 試料: Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae
  • 細胞器官・細胞要素: N. gonorrhoeae Type IV pilus

-
超分子 #1000: Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae

超分子名称: Type IV pilus filament from Neisseria gonorrhoeae / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: filaments are variable lengths - 1 to 4 microns
集合状態: thousands of pilin subunits form a helical filament
Number unique components: 1

-
超分子 #1: N. gonorrhoeae Type IV pilus

超分子名称: N. gonorrhoeae Type IV pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: pilus, GC-T4P
詳細: GC-T4P are variable in length and contail thousands of copies of the pilin subunit. A 1-micron length would contain approx. 952 subunits, with a molecular weight of 17.7 kDa/subunit, giving a ...詳細: GC-T4P are variable in length and contail thousands of copies of the pilin subunit. A 1-micron length would contain approx. 952 subunits, with a molecular weight of 17.7 kDa/subunit, giving a total molecular weight of approx. 16.8 mDa.
コピー数: 1 / 集合状態: helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: C30 / 別称: bacteria / 細胞: N. gonorrhoeae / Organelle: pilus / 細胞中の位置: outer membrane
組換発現生物種: N. gonorrhoeae

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 9.5 / 詳細: 50 mM CHES, pH 9.5
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon grids, glow-discharged w/ amyl amine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4.2 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 2.5 sec. before plunging

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 4.5 K / 最高: 4.8 K / 平均: 4.5 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 135,000X magnification
詳細Images were collected in low dose mode.
日付2004年6月23日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 12 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 14
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

-
画像解析

詳細Native Type IV pili were isoated by shearing from N. gonorrhoeae cells.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 100.8 °
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IHRSR
詳細: The final map was calculated from ~25,000 overlapping particles (508 Angstrom segments with 95% overlap)
CTF補正詳細: each micrograph

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hi2

ソフトウェア名称: CoAn
詳細Protocol: rigid body. A single asymmetric unit was isolated from the filament reconstruction using the watershed transform (Volkmann, J Struct Biol 138, 123-129, 2002) and used for unconstrained docking of a single pilin molecule. After fitting the subunit and builiding the filament model (PDB code 2HIL) the density map was corrected by scaling the amplitudes to the spherically averaged molecular transform of the filament model to minimize artifacts from amplitude distortion caused by the CTF and other experimental factors. This correction only affects visual appearance and not the subsequent automated docking process, which automatically corrects for amplitude distortions.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: real-space density correlation coefficient between the experimental density and the density calculated from the search model
得られたモデル

PDB-2hil:
Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る