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万見
- EMDB-12163: Integrator cleavage module with focused classification on the INT... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12163
タイトルIntegrator cleavage module with focused classification on the INTS9/11 CTD
マップデータ
試料
  • 複合体: Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Integrator subunit 4, 9 and 11
    • 複合体: Integrator subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 4
    • 複合体: Integrator subunit 9
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 9
    • 複合体: Integrator subunit 11
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 11
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleolus ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / blood microparticle / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain ...Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeats / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Pfleiderer MM / Galej WP
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of the catalytic core of the Integrator complex.
著者: Moritz M Pfleiderer / Wojciech P Galej /
要旨: The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs) ...The Integrator is a specialized 3' end-processing complex involved in cleavage and transcription termination of a subset of nascent RNA polymerase II transcripts, including small nuclear RNAs (snRNAs). We provide evidence of the modular nature of the Integrator complex by biochemically characterizing its two subcomplexes, INTS5/8 and INTS10/13/14. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we determined a 3.5-Å-resolution structure of the INTS4/9/11 ternary complex, which constitutes Integrator's catalytic core. Our structure reveals the spatial organization of the catalytic nuclease INTS11, bound to its catalytically impaired homolog INTS9 via several interdependent interfaces. INTS4, a helical repeat protein, plays a key role in stabilizing nuclease domains and other components. In this assembly, all three proteins form a composite electropositive groove, suggesting a putative RNA binding path within the complex. Comparison with other 3' end-processing machineries points to distinct features and a unique architecture of the Integrator's catalytic module.
履歴
登録2021年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00809
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00809
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 288.84 Å		0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 288.84 Å		0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 288.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00809 / ムービー #1: 0.00809
最小 - 最大-0.01009272 - 0.03178021
平均 (標準偏差)3.1547446e-05 (±0.0010294348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 288.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z288.840288.840288.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.0100.0320.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12163_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12163_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12163_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Int...

全体名称: Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Integrator subunit 4, 9 and 11
要素
  • 複合体: Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Integrator subunit 4, 9 and 11
    • 複合体: Integrator subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 4
    • 複合体: Integrator subunit 9
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 9
    • 複合体: Integrator subunit 11
      • タンパク質・ペプチド: Integrator subunit 11

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超分子 #1: Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Int...

超分子名称: Terneray complex of the Integrator cleavage module containing Integrator subunit 4, 9 and 11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Integrator subunit 4

超分子名称: Integrator subunit 4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: Hi5 / 組換プラスミド: pBIG1a

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超分子 #3: Integrator subunit 9

超分子名称: Integrator subunit 9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: Hi5 / 組換プラスミド: pBIG1a

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超分子 #4: Integrator subunit 11

超分子名称: Integrator subunit 11 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換株: Hi5 / 組換プラスミド: pBIG1a

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分子 #1: Integrator subunit 4

分子名称: Integrator subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHP PSGADPMAAH LKKRVYEEFT KVVQPQEEIA TKKLRLTKPS KSAALHIDLC KATSPADALQ YLLQFARKPV EAESVEGVVR ILLEHYYKEN DPSVRLKIAS LLGLLSKTAG FSPDCIMDDA INILQNEKSH QVLAQLLDTL LAIGTKLPEN QAIQMRLVDV ...文字列:
MHHHHHHHHP PSGADPMAAH LKKRVYEEFT KVVQPQEEIA TKKLRLTKPS KSAALHIDLC KATSPADALQ YLLQFARKPV EAESVEGVVR ILLEHYYKEN DPSVRLKIAS LLGLLSKTAG FSPDCIMDDA INILQNEKSH QVLAQLLDTL LAIGTKLPEN QAIQMRLVDV ACKHLTDTSH GVRNKCLQL LGNLGSLEKS VTKDAEGLAA RDVQKIIGDY FSDQDPRVRT AAIKAMLQLH ERGLKLHQTI YNQACKLLSD DYEQVRSAAV QLIWVVSQLY PESIVPIPSS NEEIRLVDDA F GKICHMVS DGSWVVRVQA AKLLGSMEQV SSHFLEQTLD KKLMSDLRRK RTAHERAKEL YSSGEFSSGR KWGDDAPKEE VDTGAVNLIE SGACGAFVHG LEDEMYEVRI AAVEALCMLA QSSPSFAEKC LDFLVDMFND EIEEVRLQSI HTMRKISNNI TLREDQLDTV LAVLEDSSRD IREALHELLC CTNVSTKEGI HLALVELLKN LTKYPTDRDS IWKCLKFLGS RHPTLVLPLV PELLSTHPFF DTAEPDMDDP AYIAVLVLIF NAAKTCPTMP ALFSDHTFRH YAYLRDSLSH LVPALRLPGR KLVSSAVSPS IIPQEDPSQQ FLQQSLERVY SLQHLDPQGA QELLEFTIRD LQRLGELQSE LAGVADFSAT YLRCQLLLIK ALQEKLWNVA APLYLKQSDL ASAAAKQIME ETYKMEFMYS GVENKQVVII HHMRLQAKAL QLIVTARTTR GLDPLFGMCE KFLQEVDFFQ RYFIADLPHL QDSFVDKLLD LMPRLMTSKP AEVVKILQTM LRQSAFLHLP LPEQIHKASA TIIEPAGESD NPLRFTSGLV VALDVDATLE HVQDPQNTVK VQVLYPDGQA QMIHPKPADF RNPGPGRHRL ITQVYLSHTA WTEACQVEVR LLLAYNSSAR IPKCPWMEGG EMSPQVETSI EGTIPFSKPV KVYIMPKPAR R

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分子 #2: Integrator subunit 9

分子名称: Integrator subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETEL IDLSTVDVIL ISNYHCMMAL PYITEHTGFT GTVYATEPTV QIGRLLMEEL VNFIERVPKA QSASLWKNKD IQRLLPSPLK ...文字列:
MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETEL IDLSTVDVIL ISNYHCMMAL PYITEHTGFT GTVYATEPTV QIGRLLMEEL VNFIERVPKA QSASLWKNKD IQRLLPSPLK DAVEVSTWRR CYTMQEVNSA LSKIQLVGYS QKIELFGAVQ VTPLSSGYAL GSSNWIIQSH YEKVSYVSGS SLLTTHPQPM DQASLKNSDV LVLTGLTQIP TANPDGMVGE FCSNLALTVR NGGNVLVPCY PSGVIYDLLE CLYQYIDSAG LSSVPLYFIS PVANSSLEFS QIFAEWLCHN KQSKVYLPEP PFPHAELIQT NKLKHYPSIH GDFSNDFRQP CVVFTGHPSL RFGDVVHFME LWGKSSLNTV IFTEPDFSYL EALAPYQPLA MKCIYCPIDT RLNFIQVSKL LKEVQPLHVV CPEQYTQPPP AQSHRMDLMI DCQPPAMSYR RAEVLALPFK RRYEKIEIMP ELADSLVPME IKPGISLATV SAVLHTKDNK HLLQPPPRPA QPTSGKKRKR VSDDVPDCKV LKPLLSGSIP VEQFVQTLEK HGFSDIKVED TAKGHIVLLQ EAETLIQIEE DSTHIICDND EMLRVRLRDL VLKFLQKF

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分子 #3: Integrator subunit 11

分子名称: Integrator subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPPP SGADPMPEIR VTPLGAGQDV GRSCILVSIA GKNVMLDCGM HMGFNDDRRF PDFSYITQNG RLTDFLDCVI ISHFHLDHCG ALPYFSEMVG YDGPIYMTHP TQAICPILLE DYRKIAVDKK GEANFFTSQM ...文字列:
MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPPP SGADPMPEIR VTPLGAGQDV GRSCILVSIA GKNVMLDCGM HMGFNDDRRF PDFSYITQNG RLTDFLDCVI ISHFHLDHCG ALPYFSEMVG YDGPIYMTHP TQAICPILLE DYRKIAVDKK GEANFFTSQM IKDCMKKVVA VHLHQTVQVD DELEIKAYYA GHVLGAAMFQ IKVGSESVVY TGDYNMTPDR HLGAAWIDKC RPNLLITEST YATTIRDSKR CRERDFLKKV HETVERGGKV LIPVFALGRA QELCILLETF WERMNLKVPI YFSTGLTEKA NHYYKLFIPW TNQKIRKTFV QRNMFEFKHI KAFDRAFADN PGPMVVFATP GMLHAGQSLQ IFRKWAGNEK NMVIMPGYCV QGTVGHKILS GQRKLEMEGR QVLEVKMQVE YMSFSAHADA KGIMQLVGQA EPESVLLVHG EAKKMEFLKQ KIEQELRVNC YMPANGETVT LLTSPSIPVG ISLGLLKREM AQGLLPEAKK PRLLHGTLIM KDSNFRLVSS EQALKELGLA EHQLRFTCRV HLHDTRKEQE TALRVYSHLK SVLKDHCVQH LPDGSVTVES VLLQAAAPSE DPGTKVLLVS WTYQDEELGS FLTSLLKKGL PQAPS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 150 mM KCl, 20 mM HEPES-KOH pH 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19268 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9124445
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19938
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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