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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12043 | |||||||||
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タイトル | AcrB in cycloalkane amphipol | |||||||||
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![]() | drug exporter / membrane protein / amphipol | |||||||||
機能・相同性 | Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Higgins AJ / Flynn AJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cycloalkane-modified amphiphilic polymers provide direct extraction of membrane proteins for CryoEM analysis. 著者: Anna J Higgins / Alex J Flynn / Anaïs Marconnet / Laura J Musgrove / Vincent L G Postis / Jonathan D Lippiat / Chun-Wa Chung / Tom Ceska / Manuela Zoonens / Frank Sobott / Stephen P Muench / ![]() ![]() 要旨: Membrane proteins are essential for cellular growth, signalling and homeostasis, making up a large proportion of therapeutic targets. However, the necessity for a solubilising agent to extract them ...Membrane proteins are essential for cellular growth, signalling and homeostasis, making up a large proportion of therapeutic targets. However, the necessity for a solubilising agent to extract them from the membrane creates challenges in their structural and functional study. Although amphipols have been very effective for single-particle electron cryo-microscopy (cryoEM) and mass spectrometry, they rely on initial detergent extraction before exchange into the amphipol environment. Therefore, circumventing this pre-requirement would be a big advantage. Here we use an alternative type of amphipol: a cycloalkane-modified amphiphile polymer (CyclAPol) to extract Escherichia coli AcrB directly from the membrane and demonstrate that the protein can be isolated in a one-step purification with the resultant cryoEM structure achieving 3.2 Å resolution. Together this work shows that cycloalkane amphipols provide a powerful approach for the study of membrane proteins, allowing native extraction and high-resolution structure determination by cryoEM. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 623 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 622.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : AcrB
全体 | 名称: AcrB |
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要素 |
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-超分子 #1: AcrB
超分子 | 名称: AcrB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Efflux pump membrane transporter
分子 | 名称: Efflux pump membrane transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 113.919477 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPRPNFFIDR PIFAWVIAII IMLAGGLAIL KLPVAQYPTI APPAVTISAS YPGADAKTVQ DTVTQVIEQN MNGIDNLMYM SSNSDSTGT VQITLTFESG TDADIAQVQV QNKLQLAMPL LPQEVQQQGV SVEKSSSSFL MVVGVINTDG TMTQEDISDY V AANMKDAI ...文字列: MPRPNFFIDR PIFAWVIAII IMLAGGLAIL KLPVAQYPTI APPAVTISAS YPGADAKTVQ DTVTQVIEQN MNGIDNLMYM SSNSDSTGT VQITLTFESG TDADIAQVQV QNKLQLAMPL LPQEVQQQGV SVEKSSSSFL MVVGVINTDG TMTQEDISDY V AANMKDAI SRTSGVGDVQ LFGSQYAMRI WMNPNELNKF QLTPVDVITA IKAQNAQVAA GQLGGTPPVK GQQLNASIIA QT RLTSTEE FGKILLKVNQ DGSRVLLRDV AKIELGGENY DIIAEFNGQP ASGLGIKLAT GANALDTAAA IRAELAKMEP FFP SGLKIV YPYDTTPFVK ISIHEVVKTL VEAIILVFLV MYLFLQNFRA TLIPTIAVPV VLLGTFAVLA AFGFSINTLT MFGM VLAIG LLVDDAIVVV ENVERVMAEE GLPPKEATRK SMGQIQGALV GIAMVLSAVF VPMAFFGGST GAIYRQFSIT IVSAM ALSV LVALILTPAL CATMLKPIAK GDHGEGKKGF FGWFNRMFEK STHHYTDSVG GILRSTGRYL VLYLIIVVGM AYLFVR LPS SFLPDEDQGV FMTMVQLPAG ATQERTQKVL NEVTHYYLTK EKNNVESVFA VNGFGFAGRG QNTGIAFVSL KDWADRP GE ENKVEAITMR ATRAFSQIKD AMVFAFNLPA IVELGTATGF DFELIDQAGL GHEKLTQARN QLLAEAAKHP DMLTSVRP N GLEDTPQFKI DIDQEKAQAL GVSINDINTT LGAAWGGSYV NDFIDRGRVK KVYVMSEAKY RMLPDDIGDW YVRAADGQM VPFSAFSSSR WEYGSPRLER YNGLPSMEIL GQAAPGKSTG EAMELMEQLA SKLPTGVGYD WTGMSYQERL SGNQAPSLYA ISLIVVFLC LAALYESWSI PFSVMLVVPL GVIGALLAAT FRGLTNDVYF QVGLLTTIGL SAKNAILIVE FAKDLMDKEG K GLIEATLD AVRMRLRPIL MTSLAFILGV MPLVISTGAG SGAQNAVGTG VMGGMVTATV LAIFFVPVFF VVVRRRFSRK NE DIEHSHT VDHH UniProtKB: Efflux pump membrane transporter |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100932 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |