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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11937 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ADP with 92-degree helical twist | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / cellular response to exogenous dsRNA / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding ...MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / cellular response to exogenous dsRNA / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / protein complex oligomerization / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / protein domain specific binding / innate immune response / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Pseudomonas virus phi6 (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu Q / Modis Y | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: MDA5 disease variant M854K prevents ATP-dependent structural discrimination of viral and cellular RNA. 著者: Qin Yu / Alba Herrero Del Valle / Rahul Singh / Yorgo Modis / 要旨: Our innate immune responses to viral RNA are vital defenses. Long cytosolic double-stranded RNA (dsRNA) is recognized by MDA5. The ATPase activity of MDA5 contributes to its dsRNA binding selectivity. ...Our innate immune responses to viral RNA are vital defenses. Long cytosolic double-stranded RNA (dsRNA) is recognized by MDA5. The ATPase activity of MDA5 contributes to its dsRNA binding selectivity. Mutations that reduce RNA selectivity can cause autoinflammatory disease. Here, we show how the disease-associated MDA5 variant M854K perturbs MDA5-dsRNA recognition. M854K MDA5 constitutively activates interferon signaling in the absence of exogenous RNA. M854K MDA5 lacks ATPase activity and binds more stably to synthetic Alu:Alu dsRNA. CryoEM structures of MDA5-dsRNA filaments at different stages of ATP hydrolysis show that the K854 sidechain forms polar bonds that constrain the conformation of MDA5 subdomains, disrupting key steps in the ATPase cycle- RNA footprint expansion and helical twist modulation. The M854K mutation inhibits ATP-dependent RNA proofreading via an allosteric mechanism, allowing MDA5 to form signaling complexes on endogenous RNAs. This work provides insights on how MDA5 recognizes dsRNA in health and disease. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11937.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11937-v30.xml emd-11937.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11937_fsc.xml | 8.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11937.png | 202.2 KB | ||
マスクデータ | emd_11937_msk_1.map | 47.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11937_half_map_1.map.gz emd_11937_half_map_2.map.gz | 11.5 MB 11.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11937 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11937 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11937_validation.pdf.gz | 472 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11937_full_validation.pdf.gz | 471.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11937_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11937_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11937 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11937 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7bkqMC 7bkpC 7ngaC 7nicC 7niqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10653 (タイトル: WT MDA5-dsRNA filaments in complex with ADP / Data size: 791.8 Data #1: Unaligned multiframe micrographs of MDA5-dsRNA filaments with ADP bound [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11937_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11937_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11937_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MDA5-dsRNA filament in complex with ADP
全体 | 名称: MDA5-dsRNA filament in complex with ADP |
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要素 |
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-超分子 #1: MDA5-dsRNA filament in complex with ADP
超分子 | 名称: MDA5-dsRNA filament in complex with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 実験値: 30 kDa/nm |
-超分子 #2: INTERFERON-INDUCED HELICASE C DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
超分子 | 名称: INTERFERON-INDUCED HELICASE C DOMAIN-CONTAINING PROTEIN タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas virus phi6 (ウイルス) |
-分子 #1: INTERFERON-INDUCED HELICASE C DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
分子 | 名称: INTERFERON-INDUCED HELICASE C DOMAIN-CONTAINING PROTEIN タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: LQLRPYQMEV AQPALDGKNI IICLPTGSGK TRVAVYITKD HLDKKKQASE SGKVIVLVNK VMLAEQLFRK EFNPYLKKWY RIIGLSGDTQ LKISFPEVVK SYDVIISTAQ ILENSLLNLE SGDDDGVQLS DFSLIIIDEC HHTNKEAVYN NIMRRYLKQK LRNNDLKKQN ...文字列: LQLRPYQMEV AQPALDGKNI IICLPTGSGK TRVAVYITKD HLDKKKQASE SGKVIVLVNK VMLAEQLFRK EFNPYLKKWY RIIGLSGDTQ LKISFPEVVK SYDVIISTAQ ILENSLLNLE SGDDDGVQLS DFSLIIIDEC HHTNKEAVYN NIMRRYLKQK LRNNDLKKQN KPAIPLPQIL GLTASPGVGA AKKQSEAEKH ILNICANLDA FTIKTVKENL GQLKHQIKEP CKKFVIADDT RENPFKEKLL EIMASIQTYC QKSPMSDFGT QHYEQWAIQM EKKAAKDGNR KDRVCAEHLR KYNEALQIND TIRMIDAYSH LETFYTDEKE KKFAVLNDSK KSLKLDETDE FLMNLFFDNK KMLKKLAENP KYENEKLIKL RNTILEQFTR SEESSRGIIF TKTRQSTYAL SQWIMENAKF AEVGVKAHHL IGAGHSSEVK PMTQTEQKEV ISKFRTGEIN LLIATTVAEE GLDIKECNIV IRYGLVTNEI AMVQARGRAR ADESTYVLVT SSGSGVTERE IVNDFREKMM YKAINRVQNM KPEEYAHKIL ELQVQSILEK KMKVKRSIAK QYNDNPSLIT LLCKNCSMLV CSGENIHVIE KMHHVNMTPE FKGLYIVREN KALQKKFADY QTNGEIICKC GQAWGTMMVH KGLDLPCLKI RNFVVNFKNN SPKKQYKKWV ELPIRFPDLD YSEYCL |
-分子 #2: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas virus phi6 (ウイルス) |
配列 | 文字列: UCCAUGCGCA UGACG |
-分子 #3: RNA
分子 | 名称: RNA / タイプ: rna / ID: 3 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas virus phi6 (ウイルス) |
配列 | 文字列: CGUCAUGCGC AUGGA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: machine step 6 | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grids were blotted for 3 s; blot force 10, 5, 0, -5, -10. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4680 / 平均電子線量: 1.1125 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |