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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11928 | |||||||||||||||
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タイトル | SctV (SsaV) cytoplasmic domain | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Type III secretion / T3SS / Export Apparatus / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Matthews-Palmer TRS / Gonzalez-Rodriguez N / Calcraft T / Lagercrantz S / Zachs T | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structure of the cytoplasmic domain of SctV (SsaV) from the Salmonella SPI-2 injectisome and implications for a pH sensing mechanism. 著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / ...著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Sarah L Rouse / Morgan Beeby / 要旨: Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their ...Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their hollow needle into a host, requiring co-ordination. In the Salmonella enterica serovar Typhimurium SPI-2 injectisome, this switch is triggered by sensing the neutral pH of the host cytoplasm. Central to specificity switching is a nonameric SctV protein with an N-terminal transmembrane domain and a toroidal C-terminal cytoplasmic domain. A 'gatekeeper' complex interacts with the SctV cytoplasmic domain in a pH dependent manner, facilitating translocon secretion while repressing effector secretion through a poorly understood mechanism. To better understand the role of SctV in SPI-2 translocon-effector specificity switching, we purified full-length SctV and determined its toroidal cytoplasmic region's structure using cryo-EM. Structural comparisons and molecular dynamics simulations revealed that the cytoplasmic torus is stabilized by its core subdomain 3, about which subdomains 2 and 4 hinge, varying the flexible outside cleft implicated in gatekeeper and substrate binding. In light of patterns of surface conservation, deprotonation, and structural motion, the location of previously identified critical residues suggest that gatekeeper binds a cleft buried between neighboring subdomain 4s. Simulations suggest that a local pH change from 5 to 7.2 stabilizes the subdomain 3 hinge and narrows the central aperture of the nonameric torus. Our results are consistent with a model of local pH sensing at SctV, where pH-dependent dynamics of SctV cytoplasmic domain affect binding of gatekeeper complex. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11928.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11928-v30.xml emd-11928.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11928_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11928.png | 130 KB | ||
マスクデータ | emd_11928_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-11928.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11928 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11928_validation.pdf.gz | 424.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11928_full_validation.pdf.gz | 423.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11928_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11928_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11928 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11928_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion sys...
全体 | 名称: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein. |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion sys...
超分子 | 名称: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Full length protein including transmembrane domain recombinantly expressed in E.coli C41 and extracted from membrane fraction with detergent DDM. Transmembrane domain present but not resolved. |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 株: LT2 |
分子量 | 理論値: 680 KDa |
-分子 #1: Secretion system apparatus protein SsaV
分子 | 名称: Secretion system apparatus protein SsaV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 76.221359 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRSWLGEGVR AQQWLSVCAG RQDMVLATVL LIAIVMMLLP LPTWMVDILI TINLMFSVIL LLIAIYLSDP LDLSVFPSLL LITTLYRLS LTISTSRLVL LQHNAGNIVD AFGKFVVGGN LTVGLVVFTI ITIVQFIVIT KGIERVAEVS ARFSLDGMPG K QMSIDGDL ...文字列: MRSWLGEGVR AQQWLSVCAG RQDMVLATVL LIAIVMMLLP LPTWMVDILI TINLMFSVIL LLIAIYLSDP LDLSVFPSLL LITTLYRLS LTISTSRLVL LQHNAGNIVD AFGKFVVGGN LTVGLVVFTI ITIVQFIVIT KGIERVAEVS ARFSLDGMPG K QMSIDGDL RAGVIDADHA RTLRQHVQQE SRFLGAMDGA MKFVKGDTIA GIIVVLVNII GGIIIAIVQY DMSMSEAVHT YS VLSIGDG LCGQIPSLLI SLSAGIIVTR VPGEKRQNLA TELSSQIARQ PQSLILTAVV LMLLALIPGF PFITLAFFSA LLA LPIILI RRKKSVVSAN GVEAPEKDSM VPGACPLILR LSPTLHSADL IRDIDAMRWF LFEDTGVPLP EVNIEVLPEP TEKL TVLLY QEPVFSLSIP AQADYLLIGA DASVVGDSQT LPNGMGQICW LTKDMAHKAQ GFGLDVFAGS QRISALLKCV LLRHM GEFI GVQETRYLMN AMEKNYSELV KELQRQLPIN KIAETLQRLV SERVSIRDLR LIFGTLIDWA PREKDVLMLT EYVRIA LRR HILRRLNPEG KPLPILRIGE GIENLVRESI RQTAMGTYTA LSSRHKTQIL QLIEQALKQS AKLFIVTSVD TRRFLRK IT EATLFDVPIL SWQELGEESL IQVVESIDLS EEELADNEEH HHHHH UniProtKB: Secretion system apparatus protein SsaV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 0.3 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 2.5s. | |||||||||||||||
詳細 | Sample was monodisperse on a continuous carbon film. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6729 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7awa: |