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- EMDB-1190: Molecular structure of human geminin. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1190
タイトルMolecular structure of human geminin.
マップデータ3D map of human Geminin, asymmetrical reconstruction of the tetramer
試料
  • 試料: Human replication licensing factor Geminin
  • タンパク質・ペプチド: Geminin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Okorokov AL / Orlova EV / Kingsbury SR / Bagneris C / Gohlke U / Williams GH / Stoeber K
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2004
タイトル: Molecular structure of human geminin.
著者: Andrei L Okorokov / Elena V Orlova / Sarah R Kingsbury / Claire Bagneris / Ulrich Gohlke / Gareth H Williams / Kai Stoeber /
要旨: The origin licensing repressor geminin is a unique bifunctional protein providing a molecular link between cellular proliferation, differentiation and genomic stability. Here we report the first ...The origin licensing repressor geminin is a unique bifunctional protein providing a molecular link between cellular proliferation, differentiation and genomic stability. Here we report the first molecular structure of human geminin, determined by EM and image processing at a resolution of 17.5 A. The geminin molecule is a tetramer formed by two dimers with monomers interacting via coiled-coil domains. The unusual structural organization of geminin provides molecular insight into its bifunctional nature.
履歴
登録2004年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年2月17日-
マップ公開2006年2月17日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005912297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005912297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1190.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of human Geminin, asymmetrical reconstruction of the tetramer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00323 / ムービー #1: 0.0059123
最小 - 最大-0.0288309 - 0.064641
平均 (標準偏差)0.000280778 (±0.00294759)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 212 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.000212.000212.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0290.0650.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human replication licensing factor Geminin

全体名称: Human replication licensing factor Geminin
要素
  • 試料: Human replication licensing factor Geminin
  • タンパク質・ペプチド: Geminin

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超分子 #1000: Human replication licensing factor Geminin

超分子名称: Human replication licensing factor Geminin / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: sample was produced in E. coli and purified by affinity chromatography followed by the ion-exchange and size exclusion chromatography steps. The resulting sample was homogeneous.
集合状態: tetrameric / Number unique components: 1
分子量実験値: 103 KDa

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分子 #1: Geminin

分子名称: Geminin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Geminin / 詳細: tetramer / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Lung and Urinary bladder / Organelle: nucleus
分子量実験値: 90 KDa / 理論値: 103 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET14b

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 10 mM Tris HCl pH 8.0 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: negative staining with 2% methylamine vanadate, pH 8.0 or with 2% methylamine tungstate, pH 6.8
グリッド詳細: 400 mesh carbon-coated copper grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
詳細images were taken on FEI Technai T10 microscope in low dose mode.
日付2003年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 4 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / カメラ長: 500 / Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 44000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 44000
試料ステージ試料ホルダー: standard specimen holder / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細selection was done manualy
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic-5 / 詳細: Asymmetrical reconstruction / 使用した粒子像数: 3300
最終 2次元分類クラス数: 300

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: Rigid body. The coiled-coil domains were separately fitted by manual docking using program O
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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