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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11887 | |||||||||
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タイトル | LolCDE in complex with lipoprotein and LolA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space ...lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / lipoprotein transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Tang XD / Chang SH / Zhang K / Wang T / Luo QH / Qiao W / Wang C / Shen CR / Zhang ZB / Zhang ZY ...Tang XD / Chang SH / Zhang K / Wang T / Luo QH / Qiao W / Wang C / Shen CR / Zhang ZB / Zhang ZY / Zhu XF / Wei XW / Dong CJ / Zhang X / Dong HH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for bacterial lipoprotein relocation by the transporter LolCDE. 著者: Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Ke Zhang / Qinghua Luo / Zhengyu Zhang / Ting Wang / Wen Qiao / Chen Wang / Chongrong Shen / Zhibo Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Xing Zhang / Haohao Dong / ![]() ![]() 要旨: Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the ...Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the inner membrane, lipoproteins must be transported to the outer membrane through the Lol pathway mediated by the ATP-binding cassette transporter LolCDE in the inner membrane via an unknown mechanism. Here, we report cryo-EM structures of Escherichia coli LolCDE in apo, lipoprotein-bound, LolA-bound, ADP-bound and AMP-PNP-bound states at a resolution of 3.2-3.8 Å, covering the complete lipoprotein transport cycle. Mutagenesis and in vivo viability assays verify features of the structures and reveal functional residues and structural characteristics of LolCDE. The results provide insights into the mechanisms of sorting and transport of outer-membrane lipoproteins and may guide the development of novel therapies against multidrug-resistant Gram-negative bacteria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.8 MB | ![]() | |
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画像 | ![]() | 53.2 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 222.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 221.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : LolCDE in complex with lipoprotein and LolA
+超分子 #1: LolCDE in complex with lipoprotein and LolA
+超分子 #2: Lipoprotein-releasing system
+超分子 #3: LPP
+分子 #1: Lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit LolC
+分子 #2: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
+分子 #3: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
+分子 #4: LPP
+分子 #5: Outer-membrane lipoprotein carrier protein
+分子 #6: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
+分子 #7: PALMITIC ACID
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl and 0.05% LMNG |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % |
詳細 | LolCDE in complex with lipoprotein and LolA |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |