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Yorodumi- PDB-6t3h: Structure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pL... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t3h | ||||||||||||
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Title | Structure of the Rap conjugation gene regulator of the plasmid pLS20 in apo form | ||||||||||||
Components | Response regulator aspartate phosphatase | ||||||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Response regulator / conjugation | ||||||||||||
Function / homology | Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Response regulator aspartate phosphatase Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. natto (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.039 Å | ||||||||||||
Authors | Crespo, I. / Bernardo, N. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R. | ||||||||||||
Funding support | Spain, 3items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Inactivation of the dimeric RappLS20 anti-repressor of the conjugation operon is mediated by peptide-induced tetramerization. Authors: Crespo, I. / Bernardo, N. / Miguel-Arribas, A. / Singh, P.K. / Luque-Ortega, J.R. / Alfonso, C. / Malfois, M. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6t3h.cif.gz | 309.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6t3h.ent.gz | 255.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6t3h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6t3h_validation.pdf.gz | 437.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6t3h_full_validation.pdf.gz | 443.4 KB | Display | |
Data in XML | 6t3h_validation.xml.gz | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6t3h_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6t46C 3ulqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 9 - 364 / Label seq-ID: 9 - 364
|
-Components
#1: Protein | Mass: 44501.383 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C-terminal His-tag Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: plasmid pLS20 Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. natto (bacteria) Gene: rapA / Plasmid: pET-28b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E9RIY6 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 10% Peg 6000, 0.1M Hepes pH 7. Protein concentration 10mg/mL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97927 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2016 / Details: KB mirrors |
Radiation | Monochromator: Channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.039→87.2 Å / Num. obs: 18645 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 94.17 Å2 / CC1/2: 0.607 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.039→3.092 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 797 / CC1/2: 0.607 / Rpim(I) all: 0.615 / Rrim(I) all: 1.041 / % possible all: 82.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ulq Resolution: 3.039→53.231 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 284.67 Å2 / Biso mean: 95.4016 Å2 / Biso min: 27.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.039→53.231 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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