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- EMDB-11857: Structure of the human THO - UAP56 complex (Map B) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11857
タイトルStructure of the human THO - UAP56 complex (Map B)
マップデータMap B sharpened (Map sharpening B-factor -132 A2)
試料
  • 複合体: THO - UAP56
    • 複合体: THO complex
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 5 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 6 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 7 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THOC2 anchor (putative)
    • 複合体: Spliceosome RNA helicase DDX39B
      • タンパク質・ペプチド: Spliceosome RNA helicase DDX39B
キーワードmRNA / nucleocytoplasmic transport / R-loop / gene expression / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


THO complex / THO complex part of transcription export complex / primitive hemopoiesis / transcription export complex / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / ATP-dependent activity, acting on RNA / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / primitive hemopoiesis / transcription export complex / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / ATP-dependent activity, acting on RNA / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNA binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / U4 snRNP / stem cell division / poly(A)+ mRNA export from nucleus / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / blastocyst development / monocyte differentiation / U6 snRNA binding / neuron development / mRNA export from nucleus / RHOBTB2 GTPase cycle / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / central nervous system development / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / cell morphogenesis / mRNA processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear speck / nuclear body / RNA helicase / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / THOC3 beta-propeller domain / THO complex subunit 7/Mft1 / TREX component Tex1/THOC3 / Tho complex subunit 7 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain ...THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / THOC3 beta-propeller domain / THO complex subunit 7/Mft1 / TREX component Tex1/THOC3 / Tho complex subunit 7 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / WD domain, G-beta repeat / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit 5 / Spliceosome RNA helicase DDX39B / THO complex subunit 7 / THO complex subunit 6 / THO complex subunit 2 / THO complex subunit 1 / THO complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hohmann U / Puehringer T
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2GEP3_188343 オーストリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure of the human core transcription-export complex reveals a hub for multivalent interactions.
著者: Thomas Pühringer / Ulrich Hohmann / Laura Fin / Belén Pacheco-Fiallos / Ulla Schellhaas / Julius Brennecke / Clemens Plaschka /
要旨: The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and ...The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and licenses mRNA for nuclear export by loading the export factor NXF1-NXT1. How TREX integrates these marks and achieves high selectivity for mature mRNA is poorly understood. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the human THO-UAP56/DDX39B complex at 3.3 Å resolution. The seven-subunit THO-UAP56/DDX39B complex multimerizes into a 28-subunit tetrameric assembly, suggesting that selective recognition of mature mRNA is facilitated by the simultaneous sensing of multiple, spatially distant mRNA regions and maturation marks. Two UAP56/DDX39B RNA helicases are juxtaposed at each end of the tetramer, which would allow one bivalent ALYREF protein to bridge adjacent helicases and regulate the TREX-mRNA interaction. Our structural and biochemical results suggest a conserved model for TREX complex function that depends on multivalent interactions between proteins and mRNA.
履歴
登録2020年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05257
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05257
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7apk
  • 表面レベル: 0.05257
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7apk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11857.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map B sharpened (Map sharpening B-factor -132 A2)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 440 pix.
= 589.6 Å		1.34 Å/pix.
x 440 pix.
= 589.6 Å		1.34 Å/pix.
x 440 pix.
= 589.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05257 / ムービー #1: 0.05257
最小 - 最大-0.10298025 - 0.27440223
平均 (標準偏差)-0.00020269188 (±0.0045365933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 589.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z589.600589.600589.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.1030.274-0.000

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添付データ

-
追加マップ: Map B unsharpened

ファイルemd_11857_additional_1.map
注釈Map B unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : THO - UAP56

全体名称: THO - UAP56
要素
  • 複合体: THO - UAP56
    • 複合体: THO complex
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 5 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 6 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THO complex subunit 7 homolog
      • タンパク質・ペプチド: THOC2 anchor (putative)
    • 複合体: Spliceosome RNA helicase DDX39B
      • タンパク質・ペプチド: Spliceosome RNA helicase DDX39B

+
超分子 #1: THO - UAP56

超分子名称: THO - UAP56 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1.836 MDa

+
超分子 #2: THO complex

超分子名称: THO complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Spliceosome RNA helicase DDX39B

超分子名称: Spliceosome RNA helicase DDX39B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: THO complex subunit 1

分子名称: THO complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.138383 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGKPIPNPLL GLDSTGSGKP IPNPLLGLDS TGSGKPIPNP LLGLDSTLEV LFQGPSPTPP LFSLPEARTR FTKSTREALN NKNIKPLLS TFSQVPGSEN EKKCTLDQAF RGILEEEIIN HSSCENVLAI ISLAIGGVTE GICTASTPFV LLGDVLDCLP L DQCDTIFT ...文字列:
MGKPIPNPLL GLDSTGSGKP IPNPLLGLDS TGSGKPIPNP LLGLDSTLEV LFQGPSPTPP LFSLPEARTR FTKSTREALN NKNIKPLLS TFSQVPGSEN EKKCTLDQAF RGILEEEIIN HSSCENVLAI ISLAIGGVTE GICTASTPFV LLGDVLDCLP L DQCDTIFT FVEKNVATWK SNTFYSAGKN YLLRMCNDLL RRLSKSQNTV FCGRIQLFLA RLFPLSEKSG LNLQSQFNLE NV TVFNTNE QESTLGQKHT EDREEGMDVE EGEMGDEEAP TTCSIPIDYN LYRKFWSLQD YFRNPVQCYE KISWKTFLKY SEE VLAVFK SYKLDDTQAS RKKMEELKTG GEHVYFAKFL TSEKLMDLQL SDSNFRRHIL LQYLILFQYL KGQVKFKSSN YVLT DEQSL WIEDTTKSVY QLLSENPPDG ERFSKMVEHI LNTEENWNSW KNEGCPSFVK ERTSDTKPTR IIRKRTAPED FLGKG PTKK ILMGNEELTR LWNLCPDNME ACKSETREHM PTLEEFFEEA IEQADPENMV ENEYKAVNNS NYGWRALRLL ARRSPH FFQ PTNQQFKSLP EYLENMVIKL AKELPPPSEE IKTGEDEDEE DNDALLKENE SPDVRRDKPV TGEQIEVFAN KLGEQWK IL APYLEMKDSE IRQIECDSED MKMRAKQLLV AWQDQEGVHA TPENLINALN KSGLSDLAES LTNDNETNS

UniProtKB: THO complex subunit 1

+
分子 #2: THO complex subunit 2

分子名称: THO complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141.584594 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKHHHHHHHH HHSAGLEVLF QGPMAAAAVV VPAEWIKNWE KSGRGEFLHL CRILSENKSH DSSTYRDFQQ ALYELSYHVI KGNLKHEQA SNVLSDISEF REDMPSILAD VFCILDIETN CLEEKSKRDY FTQLVLACLY LVSDTVLKER LDPETLESLG L IKQSQQFN ...文字列:
MKHHHHHHHH HHSAGLEVLF QGPMAAAAVV VPAEWIKNWE KSGRGEFLHL CRILSENKSH DSSTYRDFQQ ALYELSYHVI KGNLKHEQA SNVLSDISEF REDMPSILAD VFCILDIETN CLEEKSKRDY FTQLVLACLY LVSDTVLKER LDPETLESLG L IKQSQQFN QKSVKIKTKL FYKQQKFNLL REENEGYAKL IAELGQDLSG SITSDLILEN IKSLIGCFNL DPNRVLDVIL EV FECRPEH DDFFISLLES YMSMCEPQTL CHILGFKFKF YQEPNGETPS SLYRVAAVLL QFNLIDLDDL YVHLLPADNC IMD EHKREI AEAKQIVRKL TMVVLSSEKM DEREKEKEKE EEKVEKPPDN QKLGLLEALL KIGDWQHAQN IMDQMPPYYA ASHK LIALA ICKLIHITIE PLYRRVGVPK GAKGSPVNAL QNKRAPKQAE SFEDLRRDVF NMFCYLGPHL SHDPILFAKV VRIGK SFMK EFQSDGSKQE DKEKTEVILS CLLSITDQVL LPSLSLMDCN ACMSEELWGM FKTFPYQHRY RLYGQWKNET YNSHPL LVK VKAQTIDRAK YIMKRLTKEN VKPSGRQIGK LSHSNPTILF DYILSQIQKY DNLITPVVDS LKYLTSLNYD VLAYCII EA LANPEKERMK HDDTTISSWL QSLASFCGAV FRKYPIDLAG LLQYVANQLK AGKSFDLLIL KEVVQKMAGI EITEEMTM E QLEAMTGGEQ LKAEGGYFGQ IRNTKKSSQR LKDALLDHDL ALPLCLLMAQ QRNGVIFQEG GEKHLKLVGK LYDQCHDTL VQFGGFLASN LSTEDYIKRV PSIDVLCNEF HTPHDAAFFL SRPMYAHHIS SKYDELKKSE KGSKQQHKVH KYITSCEMVM APVHEAVVS LHVSKVWDDI SPQFYATFWS LTMYDLAVPH TSYEREVNKL KVQMKAIDDN QEMPPNKKKK EKERCTALQD K LLEEEKKQ MEHVQRVLQR LKLEKDNWLL AKSTKNETIT KFLQLCIFPR CIFSAIDAVY CARFVELVHQ QKTPNFSTLL CY DRVFSDI IYTVASCTEN EASRYGRFLC CMLETVTRWH SDRATYEKEC GNYPGFLTIL RATGFDGGNK ADQLDYENFR HVV HKWHYK LTKASVHCLE TGEYTHIRNI LIVLTKILPW YPKVLNLGQA LERRVHKICQ EEKEKRPDLY ALAMGYSGQL KSRK SYMIP ENEFHHKDPP PRNAVASVQN G

UniProtKB: THO complex subunit 2

+
分子 #3: THO complex subunit 3

分子名称: THO complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.279445 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKTAGLEVL FQGPMAVPAA AMGPSALGQS GPGSMAPWCS VSSGPSRYVL GMQELFRGH SKTREFLAHS AKVHSVAWSC DGRRLASGSF DKTASVFLLE KDRLVKENNY RGHGDSVDQL CWHPSNPDLF V TASGDKTI ...文字列:
MKGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEKTAGLEVL FQGPMAVPAA AMGPSALGQS GPGSMAPWCS VSSGPSRYVL GMQELFRGH SKTREFLAHS AKVHSVAWSC DGRRLASGSF DKTASVFLLE KDRLVKENNY RGHGDSVDQL CWHPSNPDLF V TASGDKTI RIWDVRTTKC IATVNTKGEN INICWSPDGQ TIAVGNKDDV VTFIDAKTHR SKAEEQFKFE VNEISWNNDN NM FFLTNGN GCINILSYPE LKPVQSINAH PSNCICIKFD PMGKYFATGS ADALVSLWDV DELVCVRCFS RLDWPVRTLS FSH DGKMLA SASEDHFIDI AEVETGDKLW EVQCESPTFT VAWHPKRPLL AFACDDKDGK YDSSREAGTV KLFGLPNDS

UniProtKB: THO complex subunit 3

+
分子 #4: THO complex subunit 5 homolog

分子名称: THO complex subunit 5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.652898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSESSKKRK PKVIRSDGAP AEGKRNRSDT EQEGKYYSEE AEVDLRDPGR DYELYKYTCQ ELQRLMAEIQ DLKSRGGKDV AIEIEERRI QSCVHFMTLK KLNRLAHIRL KKGRDQTHEA KQKVDAYHLQ LQNLLYEVMH LQKEITKCLE FKSKHEEIDL V SLEEFYKE ...文字列:
MSSESSKKRK PKVIRSDGAP AEGKRNRSDT EQEGKYYSEE AEVDLRDPGR DYELYKYTCQ ELQRLMAEIQ DLKSRGGKDV AIEIEERRI QSCVHFMTLK KLNRLAHIRL KKGRDQTHEA KQKVDAYHLQ LQNLLYEVMH LQKEITKCLE FKSKHEEIDL V SLEEFYKE APPDISKAEV TMGDPHQQTL ARLDWELEQR KRLAEKYREC LSNKEKILKE IEVKKEYLSS LQPRLNSIMQ AS LPVQEYL FMPFDQAHKQ YETARHLPPP LYVLFVQATA YGQACDKTLS VAIEGSVDEA KALFKPPEDS QDDESDSDAE EEQ TTKRRR PTLGVQLDDK RKEMLKRHPL SVMLDLKCKD DSVLHLTFYY LMNLNIMTVK AKVTTAMELI TPISAGDLLS PDSV LSCLY PGDHGKKTPN PANQYQFDKV GILTLSDYVL ELGHPYLWVQ KLGGLHFPKE QPQQTVIADH SLSASHMETT MKLLK TRVQ SRLALHKQFA SLEHGIVPVT SDCQYLFPAK VVSRLVKWVT IAHEDYMELH FTKDIVDAGL AGDTNLYYMA LIERGT AKL QAAVVLNPGY SSIPPIFQLC LNWKGEKTNS NDDNIRAMEG EVNVCYKELC GPWPSHQLLT NQLQRLCVLL DVYLETE SH DDSVEGPKEF PQEKMCLRLF RGPSRMKPFK YNHPQGFFSH R

UniProtKB: THO complex subunit 5

+
分子 #5: THO complex subunit 6 homolog

分子名称: THO complex subunit 6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.577875 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MERAVPLAVP LGQTEVFQAL QRLHMTIFSQ SVSPCGKFLA AGNNYGQIAI FSLSSALSSE AKEESKKPVV TFQAHDGPVY SMVSTDRHL LSAGDGEVKA WLWAEMLKKG CKELWRRQPP YRTSLEVPEI NALLLVPKEN SLILAGGDCQ LHTMDLETGT F TRVLRGHT ...文字列:
MERAVPLAVP LGQTEVFQAL QRLHMTIFSQ SVSPCGKFLA AGNNYGQIAI FSLSSALSSE AKEESKKPVV TFQAHDGPVY SMVSTDRHL LSAGDGEVKA WLWAEMLKKG CKELWRRQPP YRTSLEVPEI NALLLVPKEN SLILAGGDCQ LHTMDLETGT F TRVLRGHT DYIHCLALRE RSPEVLSGGE DGAVRLWDLR TAKEVQTIEV YKHEECSRPH NGRWIGCLAT DSDWMVCGGG PA LTLWHLR SSTPTTIFPI RAPQKHVTFY QDLILSAGQG RCVNQWQLSG ELKAQVPGSS PGLLSLSLNQ QPAAPECKVL TAA GNSCRV DVFTNLGYRA FSLSF

UniProtKB: THO complex subunit 6

+
分子 #6: THO complex subunit 7 homolog

分子名称: THO complex subunit 7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.782014 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGAVTDDEVI RKRLLIDGDG AGDDRRINLL VKSFIKWCNS GSQEEGYSQY QRMLSTLSQC EFSMGKTLLV YDMNLREMEN YEKIYKEIE CSIAGAHEKI AECKKQILQA KRIRKNRQEY DALAKVIQHH PDRHETLKEL EALGKELEHL SHIKESVEDK L ELRRKQFH ...文字列:
MGAVTDDEVI RKRLLIDGDG AGDDRRINLL VKSFIKWCNS GSQEEGYSQY QRMLSTLSQC EFSMGKTLLV YDMNLREMEN YEKIYKEIE CSIAGAHEKI AECKKQILQA KRIRKNRQEY DALAKVIQHH PDRHETLKEL EALGKELEHL SHIKESVEDK L ELRRKQFH VLLSTIHELQ QTLENDEKLS EVEEAQEASM ETDPKP

UniProtKB: THO complex subunit 7

+
分子 #7: Spliceosome RNA helicase DDX39B

分子名称: Spliceosome RNA helicase DDX39B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.612164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPMKGSAWSH PQFEKLEVLF QGPMAENDVD NELLDYEDDE VETAAGGDGA EAPAKKDVKG SYVSIHSSGF RDFLLKPELL RAIVDCGFE HPSEVQHECI PQAILGMDVL CQAKSGMGKT AVFVLATLQQ LEPVTGQVSV LVMCHTRELA FQISKEYERF S KYMPNVKV ...文字列:
GPMKGSAWSH PQFEKLEVLF QGPMAENDVD NELLDYEDDE VETAAGGDGA EAPAKKDVKG SYVSIHSSGF RDFLLKPELL RAIVDCGFE HPSEVQHECI PQAILGMDVL CQAKSGMGKT AVFVLATLQQ LEPVTGQVSV LVMCHTRELA FQISKEYERF S KYMPNVKV AVFFGGLSIK KDEEVLKKNC PHIVVGTPGR ILALARNKSL NLKHIKHFIL DECDKMLEQL DMRRDVQEIF RM TPHEKQV MMFSATLSKE IRPVCRKFMQ DPMEIFVDDE TKLTLHGLQQ YYVKLKDNEK NRKLFDLLDV LEFNQVVIFV KSV QRCIAL AQLLVEQNFP AIAIHRGMPQ EERLSRYQQF KDFQRRILVA TNLFGRGMDI ERVNIAFNYD MPEDSDTYLH RVAR AGRFG TKGLAITFVS DENDAKILND VQDRFEVNIS ELPDEIDISS YIEQTR

UniProtKB: Spliceosome RNA helicase DDX39B

+
分子 #8: THOC2 anchor (putative)

分子名称: THOC2 anchor (putative) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.166895 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHepes
50.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
2.0 %C3H8O3Glycerol
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26303 / 平均露光時間: 3.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1570265
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 195098
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7apk:
Structure of the human THO - UAP56 complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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