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万見
- EMDB-11852: Bovine Papillomavirus E1 DNA helicase-replication fork complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11852
タイトルBovine Papillomavirus E1 DNA helicase-replication fork complex
マップデータ
試料
  • 複合体: BPV E1 DNA helicase-replication fork complex
    • 複合体: DNA replication fork
      • DNA: DNA (40-MER)
      • DNA: DNA (36-MER)
    • 複合体: Full-length E1 helicase
      • タンパク質・ペプチド: Replication protein E1
      • タンパク質・ペプチド: Replication protein E1
キーワードDNA / virus / helicase / replisome / DNA replication. / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / DNA helicase activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus ...DNA helicase E1, C-terminal, Papillomavirus / DNA helicase E1, N-terminal, Papillomavirus / Replication protein E1, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain, papillomavirus / DNA helicase E1, DNA-binding domain superfamily, papillomavirus / Papillomavirus helicase / E1 Protein, N terminal domain / Papillomavirus E1, DNA-binding domain / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein E1 / Replication protein E1
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Javed A / Major B
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R002622/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001685/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Unwinding of a DNA replication fork by a hexameric viral helicase.
著者: Abid Javed / Balazs Major / Jonathan A Stead / Cyril M Sanders / Elena V Orlova /
要旨: Hexameric helicases are motor proteins that unwind double-stranded DNA (dsDNA) during DNA replication but how they are optimised for strand separation is unclear. Here we present the cryo-EM ...Hexameric helicases are motor proteins that unwind double-stranded DNA (dsDNA) during DNA replication but how they are optimised for strand separation is unclear. Here we present the cryo-EM structure of the full-length E1 helicase from papillomavirus, revealing all arms of a bound DNA replication fork and their interactions with the helicase. The replication fork junction is located at the entrance to the helicase collar ring, that sits above the AAA + motor assembly. dsDNA is escorted to and the 5´ single-stranded DNA (ssDNA) away from the unwinding point by the E1 dsDNA origin binding domains. The 3´ ssDNA interacts with six spirally-arranged β-hairpins and their cyclical top-to-bottom movement pulls the ssDNA through the helicase. Pulling of the RF against the collar ring separates the base-pairs, while modelling of the conformational cycle suggest an accompanying movement of the collar ring has an auxiliary role, helping to make efficient use of ATP in duplex unwinding.
履歴
登録2020年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7apd
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11852.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-27.11534 - 65.553160000000005
平均 (標準偏差)0.04843488 (±0.7824337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 325.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.500325.500325.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-27.11565.5530.048

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BPV E1 DNA helicase-replication fork complex

全体名称: BPV E1 DNA helicase-replication fork complex
要素
  • 複合体: BPV E1 DNA helicase-replication fork complex
    • 複合体: DNA replication fork
      • DNA: DNA (40-MER)
      • DNA: DNA (36-MER)
    • 複合体: Full-length E1 helicase
      • タンパク質・ペプチド: Replication protein E1
      • タンパク質・ペプチド: Replication protein E1

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超分子 #1: BPV E1 DNA helicase-replication fork complex

超分子名称: BPV E1 DNA helicase-replication fork complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 413.4 KDa

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超分子 #2: DNA replication fork

超分子名称: DNA replication fork / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Consists of two strands and three regions: dsDNA, 5'ssDNA lagging strand and 3' ssDNA leading strand.
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)

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超分子 #3: Full-length E1 helicase

超分子名称: Full-length E1 helicase / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Composed of six subunits; Two subunits contain the Origin Binding domains (Chains G, H), all six subunits contain the helicase domain and the C-terminal tail (Chains A-F).
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)

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分子 #1: Replication protein E1

分子名称: Replication protein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: OBD domains from subunits B and E. / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
分子量理論値: 17.162084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSRATVFKLG LFKSLFLCSF HDITRLFKND KTTNQQWVLA VFGLAEVFFE ASFELLKKQC SFLQMQKRSH EGGTCAVYLI CFNTAKSRE TVRNLMANML NVREECLMLQ PPKIRGLSAA LFWFKSSLSP ATLKHGALPE WIRAQTTLNA AAA

UniProtKB: Replication protein E1

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分子 #2: Replication protein E1

分子名称: Replication protein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
分子量理論値: 33.859172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TEKFDFGTMV QWAYDHKYAE ESKIAYEYAL AAGSDSNARA FLATNSQAKH VKDCATMVRH YLRAETQALS MPAYIKARCK LATGEGSWK SILTFFNYQN IELITFINAL KLWLKGIPKK NCLAFIGPPN TGKSMLCNSL IHFLGGSVLS FANHKSHFWL A SLADTRAA ...文字列:
TEKFDFGTMV QWAYDHKYAE ESKIAYEYAL AAGSDSNARA FLATNSQAKH VKDCATMVRH YLRAETQALS MPAYIKARCK LATGEGSWK SILTFFNYQN IELITFINAL KLWLKGIPKK NCLAFIGPPN TGKSMLCNSL IHFLGGSVLS FANHKSHFWL A SLADTRAA LVDDATHACW RYFDTYLRNA LDGYPVSIDR KHKAAVQIKA PPLLVTSNID VQAEDRYLYL HSRVQTFRFE QP CTDESGE QPFNITDADW KSFFVRLWGR LDLIDEEEDS EEDGDSMRTF TCSARNTNAV D

UniProtKB: Replication protein E1

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分子 #3: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: 5'-3' ssDNA strand of the DNA replication fork. / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
分子量理論値: 12.142779 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)

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分子 #4: DNA (36-MER)

分子名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / 詳細: 3'-5' ssDNA strand of the DNA replication fork. / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bovine papillomavirus (パピローマウイルス)
分子量理論値: 11.08009 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
200.0 mMNaCl
1.0 mMEDTA
0.1 mMPMSF
2.0 mMDTT
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul of sample was applied Lacey ultra-thin carbon film grids..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 95.0 K / 最高: 98.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12136 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 568120
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Cryo-EM 3D reconstruction of E1-Helicase using IMAGIC-5 software, in-house.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9) / 使用した粒子像数: 81831
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 15000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2gxa

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ksy

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 102 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7apd:
Bovine Papillomavirus E1 DNA helicase-replication fork complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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