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- EMDB-11789: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11789
タイトルRUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34
マップデータCryo-EM structure of RUVBL1-RUVBL2 ATPase core
試料
  • 複合体: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードRUVBL1-RUVBL2 / DHX34 / Nonsense-Mediated mRNA Decay / RNA degradation / Cryo-EM / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / Swr1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Ino80 complex ...promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / Swr1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Ino80 complex / regulation of double-strand break repair / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of chromosome organization / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of DNA replication / MLL1 complex / regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere maintenance / DNA helicase activity / positive regulation of DNA repair / TBP-class protein binding / DNA Damage Recognition in GG-NER / cellular response to estradiol stimulus / chromatin DNA binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / ADP binding / beta-catenin binding / nuclear matrix / UCH proteinases / cellular response to UV / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nucleosome / protein folding / HATs acetylate histones / ATPase binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / DNA recombination / DNA helicase / transcription coactivator activity / Ub-specific processing proteases / regulation of cell cycle / protein stabilization / nuclear speck / ciliary basal body / chromatin remodeling / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Lopez-Perrote A / Rodriguez CF / Llorca O
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSAF2017-82632-P スペイン
Other governmentY2018/BIO4747 スペイン
Other governmentP2018/NMT4443 スペイン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Regulation of RUVBL1-RUVBL2 AAA-ATPases by the nonsense-mediated mRNA decay factor DHX34, as evidenced by Cryo-EM.
著者: Andres López-Perrote / Nele Hug / Ana González-Corpas / Carlos F Rodríguez / Marina Serna / Carmen García-Martín / Jasminka Boskovic / Rafael Fernandez-Leiro / Javier F Caceres / Oscar Llorca /
要旨: Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs and also regulates the expression of a wide range of physiological transcripts. RUVBL1 and RUVBL2 AAA-ATPases ...Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs and also regulates the expression of a wide range of physiological transcripts. RUVBL1 and RUVBL2 AAA-ATPases form an hetero-hexameric ring that is part of several macromolecular complexes such as INO80, SWR1, and R2TP. Interestingly, RUVBL1-RUVBL2 ATPase activity is required for NMD activation by an unknown mechanism. Here, we show that DHX34, an RNA helicase regulating NMD initiation, directly interacts with RUVBL1-RUVBL2 in vitro and in cells. Cryo-EM reveals that DHX34 induces extensive changes in the N-termini of every RUVBL2 subunit in the complex, stabilizing a conformation that does not bind nucleotide and thereby down-regulates ATP hydrolysis of the complex. Using ATPase-deficient mutants, we find that DHX34 acts exclusively on the RUVBL2 subunits. We propose a model, where DHX34 acts to couple RUVBL1-RUVBL2 ATPase activity to the assembly of factors required to initiate the NMD response.
履歴
登録2020年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7aho
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of RUVBL1-RUVBL2 ATPase core
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 293.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.07816297 - 0.1286409
平均 (標準偏差)0.00018695688 (±0.0032119767)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 293.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z293.160293.160293.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0780.1290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34

全体名称: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34
要素
  • 複合体: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34

超分子名称: RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Structure of the RUVBL1-RUVBL2 hetero-hexameric ring region after the interaction of RNA helicase DHX34
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 0.44928 kDa/nm

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分子 #1: RuvB-like 1

分子名称: RuvB-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.710406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHHHSS GENLYFQGSH MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLA GPPGTGKTAL ALAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT P CETENPMG ...文字列:
HHHHHHHHSS GENLYFQGSH MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLA GPPGTGKTAL ALAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT P CETENPMG GYGKTISHVI IGLKTAKGTK QLKLDPSIFE SLQKERVEAG DVIYIEANSG AVKRQGRCDT YATEFDLEAE EY VPLPKGD VHKKKEIIQD VTLHDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLF VDEVHM LDIECFTYLH RALESSIAPI VIFASNRGNC VIRGTEDITS PHGIPLDLLD RVMIIRTMLY TPQEMKQIIK IRAQ TEGIN ISEEALNHLG EIGTKTTLRY SVQLLTPANL LAKINGKDSI EKEHVEEISE LFYDAKSSAK ILADQQDKYM K

UniProtKB: RuvB-like 1

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分子 #2: RuvB-like 2

分子名称: RuvB-like 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.047488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADLNWISAG HAIADVGTMA TVTATTKVPE IRDVTRIERI GAHSHIRGLG LDDALEPRQA SQGMVGQLAA RRAAGVVLEM IREGKIAGR AVLIAGQPGT GKTAIAMGMA QALGPDTPFT AIAGSEIFSL EMSKTEALTQ AFRRSIGVRI KEETEIIEGE V VEIQIDRP ...文字列:
MADLNWISAG HAIADVGTMA TVTATTKVPE IRDVTRIERI GAHSHIRGLG LDDALEPRQA SQGMVGQLAA RRAAGVVLEM IREGKIAGR AVLIAGQPGT GKTAIAMGMA QALGPDTPFT AIAGSEIFSL EMSKTEALTQ AFRRSIGVRI KEETEIIEGE V VEIQIDRP ATGTGSKVGK LTLKTTEMET IYDLGTKMIE SLTKDKVQAG DVITIDKATG KISKLGRSFT RARDYDAMGS QT KFVQCPD GELQKRKEVV HTVSLHEIDV INSRTQGFLA LFSGDTGEIK SEVREQINAK VAEWREEGKA EIIPGVLFID EVH MLDIES FSFLNRALES DMAPVLIMAT NRGITRIRGT SYQSPHGIPI DLLDRLLIVS TTPYSEKDTK QILRIRCEEE DVEM SEDAY TVLTRIGLET SLRYAIQLIT AASLVCRKRK GTEVQVDDIK RVYSLFLDES RSTQYMKEYQ DAFLFNELKG ETMDT S

UniProtKB: RuvB-like 2

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: Tris-NaCl / 構成要素 - 名称: TBS / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3047 / 平均電子線量: 48.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47756 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 353057
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 101774
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2xsz


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7aho:
RUVBL1-RUVBL2 heterohexameric ring after binding of RNA helicase DHX34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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