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- EMDB-11788: Cryo-EM structure of the RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11788
タイトルCryo-EM structure of the RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex
マップデータCryo-EM reconstruction of RUVBL1-RUVBL2 bound to DHX34 helicase
試料
  • 複合体: RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex
    • タンパク質・ペプチド: RUVBL1
    • タンパク質・ペプチド: RUVBL2
    • タンパク質・ペプチド: DHX34
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.97 Å
データ登録者Lopez-Perrote A / Rodriguez CF / Llorca O
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSAF2017-82632-P スペイン
Other governmentP2018/NMT4443 スペイン
Other governmentY2018/BIO4747 スペイン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Regulation of RUVBL1-RUVBL2 AAA-ATPases by the nonsense-mediated mRNA decay factor DHX34, as evidenced by Cryo-EM.
著者: Andres López-Perrote / Nele Hug / Ana González-Corpas / Carlos F Rodríguez / Marina Serna / Carmen García-Martín / Jasminka Boskovic / Rafael Fernandez-Leiro / Javier F Caceres / Oscar Llorca /
要旨: Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs and also regulates the expression of a wide range of physiological transcripts. RUVBL1 and RUVBL2 AAA-ATPases ...Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a surveillance pathway that degrades aberrant mRNAs and also regulates the expression of a wide range of physiological transcripts. RUVBL1 and RUVBL2 AAA-ATPases form an hetero-hexameric ring that is part of several macromolecular complexes such as INO80, SWR1, and R2TP. Interestingly, RUVBL1-RUVBL2 ATPase activity is required for NMD activation by an unknown mechanism. Here, we show that DHX34, an RNA helicase regulating NMD initiation, directly interacts with RUVBL1-RUVBL2 in vitro and in cells. Cryo-EM reveals that DHX34 induces extensive changes in the N-termini of every RUVBL2 subunit in the complex, stabilizing a conformation that does not bind nucleotide and thereby down-regulates ATP hydrolysis of the complex. Using ATPase-deficient mutants, we find that DHX34 acts exclusively on the RUVBL2 subunits. We propose a model, where DHX34 acts to couple RUVBL1-RUVBL2 ATPase activity to the assembly of factors required to initiate the NMD response.
履歴
登録2020年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of RUVBL1-RUVBL2 bound to DHX34 helicase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.017267019 - 0.26354554
平均 (標準偏差)0.00043892732 (±0.0045909053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 293.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z293.160293.160293.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0170.2640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex

全体名称: RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex
要素
  • 複合体: RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex
    • タンパク質・ペプチド: RUVBL1
    • タンパク質・ペプチド: RUVBL2
    • タンパク質・ペプチド: DHX34

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超分子 #1: RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex

超分子名称: RUVBL1-RUVBL2-DHX34 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex of human RUVBL1-RUVBL2 hexamer bound to DHX34 helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3)
分子量理論値: 0.44928 kDa/nm

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分子 #1: RUVBL1

分子名称: RUVBL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADLNWISAG HAIADVGTMA TVTATTKVPE IRDVTRIERI GAHSHIRGLG LDDALEPRQA SQGMVGQLAA RRAAGVVLEM IREGKIAGRA VLIAGQPGTG KTAIAMGMAQ ALGPDTPFTA IAGSEIFSLE MSKTEALTQA FRRSIGVRIK EETEIIEGEV VEIQIDRPAT ...文字列:
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分子 #2: RUVBL2

分子名称: RUVBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADLNWISAG HAIADVGTMA TVTATTKVPE IRDVTRIERI GAHSHIRGLG LDDALEPRQA SQGMVGQLAA RRAAGVVLEM IREGKIAGRA VLIAGQPGTG KTAIAMGMAQ ALGPDTPFTA IAGSEIFSLE MSKTEALTQA FRRSIGVRIK EETEIIEGEV VEIQIDRPAT ...文字列:
MADLNWISAG HAIADVGTMA TVTATTKVPE IRDVTRIERI GAHSHIRGLG LDDALEPRQA SQGMVGQLAA RRAAGVVLEM IREGKIAGRA VLIAGQPGTG KTAIAMGMAQ ALGPDTPFTA IAGSEIFSLE MSKTEALTQA FRRSIGVRIK EETEIIEGEV VEIQIDRPAT GTGSKVGKLT LKTTEMETIY DLGTKMIESL TKDKVQAGDV ITIDKATGKI SKLGRSFTRA RDYDAMGSQT KFVQCPDGEL QKRKEVVHTV SLHEIDVINS RTQGFLALFS GDTGEIKSEV REQINAKVAE WREEGKAEII PGVLFIDEVH MLDIESFSFL NRALESDMAP VLIMATNRGI TRIRGTSYQS PHGIPIDLLD RLLIVSTTPY SEKDTKQILR IRCEEEDVEM SEDAYTVLTR IGLETSLRYA IQLITAASLV CRKRKGTEVQ VDDIKRVYSL FLDESRSTQY MKEYQDAFLF NELKGETMDT S

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分子 #3: DHX34

分子名称: DHX34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKEFCRYPA QWRPLEPPPR TREGRDRRDH HRAPSEEEAL EKWDWNCPE TRRLLEDAFF REEDYIRQGS EECQKFWTFF ERLQRFQNLK TSRKEEKDPG Q PKHSIPAL ADLPRTYDPR YRINLSVLGP ATRGSQGLGR HLPAERVAEF ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKEFCRYPA QWRPLEPPPR TREGRDRRDH HRAPSEEEAL EKWDWNCPE TRRLLEDAFF REEDYIRQGS EECQKFWTFF ERLQRFQNLK TSRKEEKDPG Q PKHSIPAL ADLPRTYDPR YRINLSVLGP ATRGSQGLGR HLPAERVAEF RRALLHYLDF GQ KQAFGRL AKLQRERAAL PIAQYGNRIL QTLKEHQVVV VAGDTGCGKS TQVPQYLLAA GFS HVACTQ PRRIACISLA KRVGFESLSQ YGSQVGYQIR FESTRSAATK IVFLTVGLLL RQIQ REPSL PQYEVLIVDE VHERHLHNDF LLGVLQRLLP TRPDLKVILM SATINISLFS SYFSN APVV QVPGRLFPIT VVYQPQEAEP TTSKSEKLDP RPFLRVLESI DHKYPPEERG DLLVFL SGM AEISAVLEAA QTYASHTQRW VVLPLHSALS VADQDKVFDV APPGVRKCIL STNIAET SV TIDGIRFVVD SGKVKEMSYD PQAKLQRLQE FWISQASAEQ RKGRAGRTGP GVCFRLYA E SDYDAFAPYP VPEIRRVALD SLVLQMKSMS VGDPRTFPFI EPPPPASLET AILYLRDQG ALDSSEALTP IGSLLAQLPV DVVIGKMLIL GSMFSLVEPV LTIAAALSVQ SPFTRSAQSS PECAAARRP LESDQGDPFT LFNVFNAWVQ VKSERSRNSR KWCRRRGIED HRLYEMANLR R QFKELLED HGLLAGAQAA QVGDSYSRLQ QRRERRALHQ LKRQHEEGAG RRRKVLRLQE EQ DGGSSDE DRAGPAPPGA SDGVDIQDVK FKLRHDLAQL QAAASSAQDL SCEQLALLKL VLG RGLYPQ LAVPDAFNSS RKDSDQIFHT QAKQGAVLHP TCVFAGSPEV LHAQELEASN CDGS RDDKD KMSSKHQLLS FVSLLETNKP YLVNCVRIPA LQSLLLFSRS LDTNGDCSRL VADGW LELQ LADSESAIRL LAASLRLRAR WESALDRQLA HQAQQQLEEE EEDTPVSPKE VATLSK ELL QFTASKIPYS LRRLTGLEVQ NMYVGPQTIP ATPHLPGLFG SSTLSPHPTK GGYAVTD FL TYNCLTNDTD LYSDCLRTFW TCPHCGLHAP LTPLERIAHE NTCPQAPQDG PPGAEEAA L ETLQKTSVLQ RPYHCEACGK DFLFTPTEVL RHRKQHV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: Tris-NaCl / 構成要素 - 名称: TBS / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.4, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3047 / 平均電子線量: 48.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47756 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 353057
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 41237
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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