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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11701 | |||||||||
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タイトル | HBV pgRNA T=4 NCP non-icosahedral symmetry | |||||||||
マップデータ | HBV T=4 NCP asymmetry | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / : / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel N / Clark S / Weis EU / Mata CP / Bohon J / Farquhar E / Ranson NA / Twarock R / Stockley PG | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: In vitro functional analysis of gRNA sites regulating assembly of hepatitis B virus. 著者: Nikesh Patel / Sam Clark / Eva U Weiß / Carlos P Mata / Jen Bohon / Erik R Farquhar / Daniel P Maskell / Neil A Ranson / Reidun Twarock / Peter G Stockley / 要旨: The roles of RNA sequence/structure motifs, Packaging Signals (PSs), for regulating assembly of an HBV genome transcript have been investigated in an efficient in vitro assay containing only core ...The roles of RNA sequence/structure motifs, Packaging Signals (PSs), for regulating assembly of an HBV genome transcript have been investigated in an efficient in vitro assay containing only core protein (Cp) and RNA. Variants of three conserved PSs, within the genome of a strain not used previously, preventing correct presentation of a Cp-recognition loop motif are differentially deleterious for assembly of nucleocapsid-like particles (NCPs). Cryo-electron microscopy reconstruction of the T = 4 NCPs formed with the wild-type gRNA transcript, reveal that the interior of the Cp shell is in contact with lower resolution density, potentially encompassing the arginine-rich protein domains and gRNA. Symmetry relaxation followed by asymmetric reconstruction reveal that such contacts are made at every symmetry axis. We infer from their regulation of assembly that some of these contacts would involve gRNA PSs, and confirmed this by X-ray RNA footprinting. Mutation of the ε stem-loop in the gRNA, where polymerase binds in vivo, produces a poor RNA assembly substrate with Cp alone, largely due to alterations in its conformation. The results show that RNA PSs regulate assembly of HBV genomic transcripts in vitro, and therefore may play similar roles in vivo, in concert with other molecular factors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11701.map.gz | 195.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11701-v30.xml emd-11701.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11701.png | 327.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11701 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11701_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11701_full_validation.pdf.gz | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11701_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11701_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11701 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11701 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HBV T=4 NCP asymmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Hepatitis B virus
全体 | 名称: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Hepatitis B virus
超分子 | 名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 342.0 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: Hepatitis B virus nucleocapsid protein
分子 | 名称: Hepatitis B virus nucleocapsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ASVELLSFLP SDFFPSIRDL LDTASALYRE ALES PEHCS PHHTALRQAI LCWGELMNLA TWVGSNLEDP ASRELVVSYV NVNMGLKIRQ LLW FHISCL TFGRETVLEY LVSFGVWIRT PPAYRPPNAP ILSTLPETTV VRRRGRSPRR RT PSPRRRR SQSPRRRRSQ SRESQC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2658 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 53.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |