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- EMDB-11326: Photosystem I reduced Plastocyanin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11326
タイトルPhotosystem I reduced Plastocyanin Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I plastocyanin complex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 16種
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope ...response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein domain specific binding / copper ion binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Plastocyanin / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : ...Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Plastocyanin / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I iron-sulfur center / Plastocyanin, chloroplastic ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I iron-sulfur center / Plastocyanin, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ) / Garden pea (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Nelson N / Caspy I / Shkolnisky Y
資金援助 イスラエル, ベルギー, 4件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
Israel Science Foundation2716/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
European Research Council (ERC)723991 ベルギー
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Structure of plant photosystem I-plastocyanin complex reveals strong hydrophobic interactions.
著者: Ido Caspy / Mariia Fadeeva / Sebastian Kuhlgert / Anna Borovikova-Sheinker / Daniel Klaiman / Gal Masrati / Friedel Drepper / Nir Ben-Tal / Michael Hippler / Nathan Nelson /
要旨: Photosystem I is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase. Taking advantage of genetic engineering, kinetic analyses and cryo-EM, our data provide novel mechanistic insights into binding and ...Photosystem I is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase. Taking advantage of genetic engineering, kinetic analyses and cryo-EM, our data provide novel mechanistic insights into binding and electron transfer between PSI and Pc. Structural data at 2.74 Å resolution reveals strong hydrophobic interactions in the plant PSI-Pc ternary complex, leading to exclusion of water molecules from PsaA-PsaB/Pc interface once the PSI-Pc complex forms. Upon oxidation of Pc, a slight tilt of bound oxidized Pc allows water molecules to accommodate the space between Pc and PSI to drive Pc dissociation. Such a scenario is consistent with the six times larger dissociation constant of oxidized as compared with reduced Pc and mechanistically explains how this molecular machine optimized electron transfer for fast turnover.
履歴
登録2020年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2021年7月7日-
現状2021年7月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11326.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11326.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.308 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.07392658 - 0.17598514
平均 (標準偏差)7.799922e-05 (±0.0053951577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 392.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3081.3081.308
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.400392.400392.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0740.1760.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I plastocyanin complex

全体名称: Photosystem I plastocyanin complex
要素
  • 複合体: Photosystem I plastocyanin complex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit X psaK
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Plastocyanin, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: Putative uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I reaction center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI,Photosystem I reaction center subunit VI
  • タンパク質・ペプチド: PsaL domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosystem I plastocyanin complex

超分子名称: Photosystem I plastocyanin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1, #10-#11, #13-#14, #16-#17, #2-#7, #9
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量実験値: 0.65 kDa/nm

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 82.717672 KDa
配列文字列: PEVKILVDRD PIKTSFEQWA KPGHFSRTIA KGPDTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LSIIFLWLSG MYFHGARFS NYEAWLNDPT (SNK)IRPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFRGIQ ITSGFFQIWR ASGITSELQL YCTAIGA LV ...文字列:
PEVKILVDRD PIKTSFEQWA KPGHFSRTIA KGPDTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LSIIFLWLSG MYFHGARFS NYEAWLNDPT (SNK)IRPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFRGIQ ITSGFFQIWR ASGITSELQL YCTAIGA LV FAALMLFAGW FHYHKAAPKL VWFQDVESML NHHLAGLLGL GSLSWAGHQV HVSLPINQFL NAGVDPKEIP LPHEFILN R DLLAQLYPSF AEGATPFFTL NWSKYADFLT FRGGLDPLTG GLWLTDIAHH HLAIAILFLI AGHMYRTNWG IGHGIKDIL EAHKGPFTGQ GHKGLYEILT TSWHAQLSIN LAMLGSLTII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGFLIVGAA AHAAIFMVR DYDPTTRYND LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQPVFAQ W IQNTHALA PGTTAPGATT STSLTWGGGD LVSVGGKVAL LPIPLGTADF LVHHIHAFTI HVTVLILLKG VLFARSSRLI PD KANLGFR FPCDGPGRGG TCQVSAWDHV FLGLFWMYNA ISVVIFHFSW KMQSDVWGSI NDQGVVT(SNK)IT GGNFAQSSI TINGWLRDFL WAQASQVIQS YGSSLSAYGL FFLGAHFVWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLKVA PATQPRALSI VQGRAVGVT HYLLGGIATT WAFFLARIIA VG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 82.381734 KDa
配列文字列: ALRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEGR LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWVQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAL GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAI FLLFLSFISL LAGWLHLQPK W KPSVSWFK ...文字列:
ALRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEGR LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWVQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAL GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAI FLLFLSFISL LAGWLHLQPK W KPSVSWFK NAESRLNHHL SGLFGVSSLA WAGHLVHVAI PGSRGEYVRW NNFLSVLPHP QGLGPLFTGQ WNLYAQNPDS SN HLFSTSQ GAGTAILTLL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAILFLIGG HMYRTNFGIG HSIKYILEAH IPPGGRLGRG HKG LYDTIN NSIHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYSLPA YAFIAQDFTT QAALYTHHQY IAGFIMTGAF AHGAIFFIRD YNPE QNADN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YVHNDVMLAF GTPEKQILIE PIFAQWIQSA HGKTSYGFDV LLSST NSPA LNAGRSIWLP GWLNAINENS NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHITLWQG NVSQFNESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLIRW RDKPVALSIV QARLVGLVHF SVGYIFTY A AFLIASTSGK FG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 8.860276 KDa
配列文字列:
SHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMIPW GGCKAKQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLWH ETTRSMGLAY

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 16.041408 KDa
配列文字列:
GFTPPELDPN TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWESP KEQIFEMPTG GAAIMREGPN LLKLARKEQC LALGTRLRSK YKIKYQFYR VFPSGEVQYL HPKDGVYPEK VNPGRQGVGV NFRSIGKNVS PIEVKFTGKQ PYDL

+
分子 #5: Putative uncharacterized protein

分子名称: Putative uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 7.479422 KDa
配列文字列:
PPIGPKRGAK VKILRQESYW YKGTGSVVAV DQDPNTRYPV VVRFNKVNYA NVSTNNYALD EVEEVK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 17.137857 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCKD SKQFAKREKQ SIKKLESSLK LYAPDSAPAL AINATIEKTK RRFDNYGKQG LLCGADGLPH LIVSGDQRHW GEFITPGIL FLYIAGWIGW VGRSYLIAIR DDKKPTQKEI IIDVPLATGL VFRGFSWPIA AYRELLNGEL VAKDV

+
分子 #7: photosystem I reaction center

分子名称: photosystem I reaction center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 10.678027 KDa
配列文字列:
LNPSLVISLS TGLSLFLGRF VFFNFQRENV AKQGLPEQNG VTHFEAGDTR AKEYVSLLKS NDPVGFNIVD VLAWGSIGHI VAYYILATS SNGYDPKF

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI,Photosystem I reaction c...

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI,Photosystem I reaction center subunit VI
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 10.043313 KDa
配列文字列:
YGDKSVYFDL EDLGNTTGQW DLYGSDAPSP YNSLQSKFFE TFAAPFTKRG LLLKFLILGG GSTLAYFSAT ASGDILPIKK GPQLPPQLG PRLG

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 3.409198 KDa
配列文字列:
INLPSLFVPL VGLLFPAVAM ASLFLHVEKR L

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 4.767609 KDa
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVASTLWFA ALAGLLIEIN RFFPDALTFP FF

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit X psaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit X psaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 8.135471 KDa
配列文字列:
FIGSPTNLIM VTSTSLMLFA GRFGLAPSAN RKATAGLKLE ARDSGLQTGD PAGFTLADTL ACGVVGHIIG VGVVLGLKNI G

+
分子 #12: PsaL domain-containing protein

分子名称: PsaL domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 16.86327 KDa
配列文字列:
YQVVQPINGD PFIGSLETPV TSSPLVAWYL SNLPGYRTAV NPLLRGIEVG LAHGFLLVGP FVKAGPLRNT EIAGQAGSLA AGGLVVILS ICLTIYGISS FNEGDPSTAP SLTLTGRKKQ PDQLQTADGW AKFTGGFFFG GISGVTWAFF LLYVLDLPYF

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 21.335439 KDa
配列文字列: DWMPGQPRPS YLDGSAPGDF GFDPLRLGEV PENLERFKES ELIHCRWAML AVPGILVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPGGQA TYLGNPVPW GTLPTILVIE FLSIAFVEHQ RSMEKDPEKK KYPGGAFDPL GYSKDPKKFH EYKIKEVKNG RLALLAFVGI C VQQSAYPG ...文字列:
DWMPGQPRPS YLDGSAPGDF GFDPLRLGEV PENLERFKES ELIHCRWAML AVPGILVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPGGQA TYLGNPVPW GTLPTILVIE FLSIAFVEHQ RSMEKDPEKK KYPGGAFDPL GYSKDPKKFH EYKIKEVKNG RLALLAFVGI C VQQSAYPG TGPLENLATH LADPWHNTIG NVLIP

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 22.845812 KDa
配列文字列: TVAEPDRPLW FPGSTPPPWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE SLRWNVQAEL VHSRWAMLGA AGIFIPEFLT KLGILNTPSW YTAGEQEYF TDTTTLFIVE LVFIGWAEGR RWADILNPGC VNTDPIFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GSASPQKLKE L RTKEIKNG ...文字列:
TVAEPDRPLW FPGSTPPPWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE SLRWNVQAEL VHSRWAMLGA AGIFIPEFLT KLGILNTPSW YTAGEQEYF TDTTTLFIVE LVFIGWAEGR RWADILNPGC VNTDPIFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GSASPQKLKE L RTKEIKNG RLAMLAVMGA WFQHIYTGTG PIDNLFAHLA DPGHATIFAA

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 24.139521 KDa
配列文字列: RPLWFASKQS LSYLDGSLPG DYGFDPLGLS DPEGTGGFIE PRWLAYGEVI NGRFAMLGAV GAIAPEYLGK VGLIPQETAL AWFQTGVIP PAGTYNYWAD NYTLFVLEMA LMGFAEHRRF QDWAKPGSMG KQYFLGLEKG FGGSGNPAYP GGPFFNPLGF G KDEKSLKE ...文字列:
RPLWFASKQS LSYLDGSLPG DYGFDPLGLS DPEGTGGFIE PRWLAYGEVI NGRFAMLGAV GAIAPEYLGK VGLIPQETAL AWFQTGVIP PAGTYNYWAD NYTLFVLEMA LMGFAEHRRF QDWAKPGSMG KQYFLGLEKG FGGSGNPAYP GGPFFNPLGF G KDEKSLKE LKLKEVKNGR LAMLAILGYF IQGLVTGVGP YQNLLDHVAD PVNNNVLTSL KFH

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 21.994029 KDa
配列文字列: KKGEWLPGLA SPGYLTGSLP GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVNGRW AMLGVAGMLL PEVFTSIGII NVPKWYDAGK EEYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPAG EVGYPGGIFN PLNFAPTLEA KEKEIANGRL A MLAFLGFI ...文字列:
KKGEWLPGLA SPGYLTGSLP GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVNGRW AMLGVAGMLL PEVFTSIGII NVPKWYDAGK EEYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPAG EVGYPGGIFN PLNFAPTLEA KEKEIANGRL A MLAFLGFI IQHNVTGKGP FDNLLQHISD PWHNTIVQTL

+
分子 #17: Plastocyanin, chloroplastic

分子名称: Plastocyanin, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Garden pea (エンドウ)
分子量理論値: 10.353487 KDa
配列文字列:
VEVLLGASDG GLAFVPSSLE VSAGETIVFK NNAGFPHNVV FDEDEIPAGV DASKISMPEE DLLNAPGETY SVKLDAKGTY KFYCSPHQG AGMVGQVTVN

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 142 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 27 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 19 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 7 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 8 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #29: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 14 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #30: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #31: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #32: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM Mes-Tris, 10mM sodium ascorbate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6129 / 平均露光時間: 2.49 sec. / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 359977
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6yez

最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 104127
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 23000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6yez

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 38.8
得られたモデル

PDB-6zoo:
Photosystem I reduced Plastocyanin Complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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