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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11293 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Merkel cell polyomavirus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bayer NJ / Januliene D / Stehle T / Moeller A / Blaum BS | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2020 タイトル: Structure of Merkel Cell Polyomavirus Capsid and Interaction with Its Glycosaminoglycan Attachment Receptor. 著者: Niklas J Bayer / Dovile Januliene / Georg Zocher / Thilo Stehle / Arne Moeller / Bärbel S Blaum / 要旨: Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, ...Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, sialylated oligosaccharides and sulfated glycosaminoglycans (GAGs). Here, we present crystallographic and cryo-electron microscopic structures of the icosahedral MCPyV capsid and analysis of its glycan interactions via nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. While sialic acid binding is specific for α2-3-linked sialic acid and mediated by the exposed apical loops of the major capsid protein VP1, a broad range of GAG oligosaccharides bind to recessed regions between VP1 capsomers. Individual VP1 capsomers are tethered to one another by an extensive disulfide network that differs in architecture from previously described interactions for other PyVs. An unusual C-terminal extension in MCPyV VP1 projects from the recessed capsid regions. Mutagenesis experiments show that this extension is dispensable for receptor interactions. The MCPyV genome was found to be clonally integrated in 80% of cases of Merkel cell carcinoma (MCC), a rare but aggressive form of human skin cancer, strongly suggesting that this virus is tumorigenic. In the metastasizing state, the course of the disease is often fatal, especially in immunocompromised individuals, as reflected by the high mortality rate of 33 to 46% and the low 5-year survival rate (<45%). The high seroprevalence of about 60% makes MCPyV a serious health care burden and illustrates the need for targeted treatments. In this study, we present the first high-resolution structural data for this human tumor virus and demonstrate that the full capsid is required for the essential interaction with its GAG receptor(s). Together, these data can be used as a basis for future strategies in drug development. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11293.map.gz | 523.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11293-v30.xml emd-11293.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11293_fsc.xml | 24.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11293.png | 295.6 KB | ||
その他 | emd_11293_additional.map.gz emd_11293_half_map_1.map.gz emd_11293_half_map_2.map.gz | 518.7 MB 212 MB 212 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11293 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11293 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11293_validation.pdf.gz | 538.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11293_full_validation.pdf.gz | 537.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11293_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11293 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11293 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 561.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.053 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Merkel Cell polyomavirus (unsharpened map).
ファイル | emd_11293_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Merkel Cell polyomavirus (unsharpened map). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11293_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11293_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Merkel cell polyomavirus
全体 | 名称: Merkel cell polyomavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Merkel cell polyomavirus
超分子 | 名称: Merkel cell polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 493803 / 生物種: Merkel cell polyomavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293TT / 組換プラスミド: pwM |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 508.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Merkel cell polyomavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 46.611031 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAPKRKASST CKTPKRQCIP KPGCCPNVAS VPKLLVKGGV EVLSVVTGED SITQIELYLN PRMGVNSPDL PTTSNWYTYT YDLQPKGSS PDQPIKENLP AYSVARVSLP MLNEDITCDT LQMWEAISVK TEVVGISSLI NVHYWDMKRV HDYGAGIPVS G VNYHMFAI ...文字列: MAPKRKASST CKTPKRQCIP KPGCCPNVAS VPKLLVKGGV EVLSVVTGED SITQIELYLN PRMGVNSPDL PTTSNWYTYT YDLQPKGSS PDQPIKENLP AYSVARVSLP MLNEDITCDT LQMWEAISVK TEVVGISSLI NVHYWDMKRV HDYGAGIPVS G VNYHMFAI GGEPLDLQGL VLDYQTQYPK TTNGGPITIE TVLGRKMTPK NQGLDPQAKA KLDKDGNYPI EVWCPDPSKN EN SRYYGSI QTGSQTPTVL QFSNTLTTVL LDENGVGPLC KGDGLFISCA DIVGFLFKTS GKMALHGLPR YFNVTLRKRW VKN PYPVVN LINSLFSNLM PKVSGQPMEG KDNQVEEVRI YEGSEQLPGD PDIVRFLDKF GQEKTVYPKP SVAPAAVTFQ SNQQ DKGKA PLKGPQKASQ KESQTQEL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.6 構成要素:
詳細: Solution was sterile filtered | ||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 463 / 平均露光時間: 67.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |