EMDB-11210: Structure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-11210

タイトル

Structure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dose extrapolation

マップデータ

Masked map obtained suing zero-dose extrapolation thru exponential firs to amplitudes and linear fit to phases. The map is sharpened by a B factor of -55 Angstrom^2.

試料

複合体: DNA protection during starvation protein (DPS)
- タンパク質・ペプチド: DNA protection during starvation protein
リガンド: water

キーワード

DNA-BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Naydenova K / Russo CJ

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM with sub-1 Å specimen movement.
著者: Katerina Naydenova / Peipei Jia / Christopher J Russo /

要旨: Most information loss in cryogenic electron microscopy (cryo-EM) stems from particle movement during imaging, which remains poorly understood. We show that this movement is caused by buckling and ...

履歴

登録	2020年6月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年10月21日	-
マップ公開	2020年10月21日	-
更新	2024年5月1日	-
現状	2024年5月1日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.015 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.015 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードあてはめたモデルとの重ね合わせ原子モデル: PDB-6zgl 表面レベル: 0.015 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル原子モデルPDB-6zgl Jmolによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_11210.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_11210.map.gz	11.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-11210-v30.xml emd-11210.xml	222.4 KB 222.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_11210.png	137 KB
マスクデータ	emd_11210_msk_1.map	103 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-11210.cif.gz	9.4 KB
その他	emd_11210_additional_1.map.gz emd_11210_additional_10.map.gz emd_11210_additional_100.map.gz emd_11210_additional_101.map.gz emd_11210_additional_102.map.gz emd_11210_additional_103.map.gz emd_11210_additional_104.map.gz emd_11210_additional_11.map.gz emd_11210_additional_12.map.gz emd_11210_additional_13.map.gz emd_11210_additional_14.map.gz emd_11210_additional_15.map.gz emd_11210_additional_16.map.gz emd_11210_additional_17.map.gz emd_11210_additional_18.map.gz emd_11210_additional_19.map.gz emd_11210_additional_2.map.gz emd_11210_additional_20.map.gz emd_11210_additional_21.map.gz emd_11210_additional_22.map.gz emd_11210_additional_23.map.gz emd_11210_additional_24.map.gz emd_11210_additional_25.map.gz emd_11210_additional_26.map.gz emd_11210_additional_27.map.gz emd_11210_additional_28.map.gz emd_11210_additional_29.map.gz emd_11210_additional_3.map.gz emd_11210_additional_30.map.gz emd_11210_additional_31.map.gz emd_11210_additional_32.map.gz emd_11210_additional_33.map.gz emd_11210_additional_34.map.gz emd_11210_additional_35.map.gz emd_11210_additional_36.map.gz emd_11210_additional_37.map.gz emd_11210_additional_38.map.gz emd_11210_additional_39.map.gz emd_11210_additional_4.map.gz emd_11210_additional_40.map.gz emd_11210_additional_41.map.gz emd_11210_additional_42.map.gz emd_11210_additional_43.map.gz emd_11210_additional_44.map.gz emd_11210_additional_45.map.gz emd_11210_additional_46.map.gz emd_11210_additional_47.map.gz emd_11210_additional_48.map.gz emd_11210_additional_49.map.gz emd_11210_additional_5.map.gz emd_11210_additional_50.map.gz emd_11210_additional_51.map.gz emd_11210_additional_52.map.gz emd_11210_additional_53.map.gz emd_11210_additional_54.map.gz emd_11210_additional_55.map.gz emd_11210_additional_56.map.gz emd_11210_additional_57.map.gz emd_11210_additional_58.map.gz emd_11210_additional_59.map.gz emd_11210_additional_6.map.gz emd_11210_additional_60.map.gz emd_11210_additional_61.map.gz emd_11210_additional_62.map.gz emd_11210_additional_63.map.gz emd_11210_additional_64.map.gz emd_11210_additional_65.map.gz emd_11210_additional_66.map.gz emd_11210_additional_67.map.gz emd_11210_additional_68.map.gz emd_11210_additional_69.map.gz emd_11210_additional_7.map.gz emd_11210_additional_70.map.gz emd_11210_additional_71.map.gz emd_11210_additional_72.map.gz emd_11210_additional_73.map.gz emd_11210_additional_74.map.gz emd_11210_additional_75.map.gz emd_11210_additional_76.map.gz emd_11210_additional_77.map.gz emd_11210_additional_78.map.gz emd_11210_additional_79.map.gz emd_11210_additional_8.map.gz emd_11210_additional_80.map.gz emd_11210_additional_81.map.gz emd_11210_additional_82.map.gz emd_11210_additional_83.map.gz emd_11210_additional_84.map.gz emd_11210_additional_85.map.gz emd_11210_additional_86.map.gz emd_11210_additional_87.map.gz emd_11210_additional_88.map.gz emd_11210_additional_89.map.gz emd_11210_additional_9.map.gz emd_11210_additional_90.map.gz emd_11210_additional_91.map.gz emd_11210_additional_92.map.gz emd_11210_additional_93.map.gz emd_11210_additional_94.map.gz emd_11210_additional_95.map.gz emd_11210_additional_96.map.gz emd_11210_additional_97.map.gz emd_11210_additional_98.map.gz emd_11210_additional_99.map.gz	80.5 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.9 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 11.2 MB 11 MB 80.9 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.7 MB 80.7 MB 80.7 MB 80.7 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.5 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.6 MB 80.9 MB 80.6 MB 80.5 MB 80.6 MB 80.7 MB 80.7 MB 80.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11210	HTTPS FTP

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検証レポート

文書・要旨	emd_11210_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_11210_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	emd_11210_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_11210_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11210 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11210	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zglMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10161 1o9r-1 1jts-1 2yjk-d 2bjy-d 2yjj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-10445 (タイトル: Movies of DPS in 260 nm gold foil holes, which eliminate specimen movement Data size: 1.5 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of DPS in 260 nm hole supports [micrographs - multiframe])

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_11210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Masked map obtained suing zero-dose extrapolation thru exponential firs to amplitudes and linear fit to phases. The map is sharpened by a B factor of -55 Angstrom^2.

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.646 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大	-0.041407477 - 0.077251725
平均 (標準偏差)	0.000040034603 (±0.002644516)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	300	300	300
Spacing	300	300	300

セル

A=B=C: 193.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	0.646	0.646	0.646
M x/y/z	300	300	300
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	193.800	193.800	193.800
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	94	82	110
NX/NY/NZ	113	137	76
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	300	300	300
D min/max/mean	-0.041	0.077	0.000

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