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- EMDB-10995: Dunaliella Minimal Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10995
タイトルDunaliella Minimal Photosystem I光化学系I
マップデータ
試料
  • 複合体: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 ...葉緑体 / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / 光化学系I / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site ...Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし) / Green alga (しおひげむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nelson N / Caspy I / Malavath T / Klaiman D / Shkolinsky Y
資金援助 イスラエル, ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
European Research Council (ERC)723991 ベルギー
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex.
著者: Ido Caspy / Tirupathi Malavath / Daniel Klaiman / Maria Fadeeva / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson /
要旨: Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained ...Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained for the complexes that were isolated from various organisms, ranging from cyanobacteria to plants. These complexes are all evolutionarily linked. In this paper, the researchers have uncovered the increased complexity of PSI in a single organism demonstrated by the coexistance of two distinct PSI compositions. The Large Dunaliella PSI contains eight additional subunits, six in PSI core and two light harvesting complexes. Two additional chlorophyll a molecules pertinent for efficient excitation energy transfer in state II transition were identified in PsaL and PsaO. Short distances between these newly identified chlorophylls correspond with fast excitation transfer rates previously reported during state II transition. The apparent PSI conformations could be a coping mechanism for the high salinity.
履歴
登録2020年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年7月22日-
現状2020年7月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10995.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.05646487 - 0.12832023
平均 (標準偏差)0.00011159403 (±0.0038285782)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.120384.120384.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0560.1280.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10995_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10995_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex

全体名称: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex光化学系I
要素
  • 複合体: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca4
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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超分子 #1: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex

超分子名称: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 21.30523 KDa
配列文字列: QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG ...文字列:
QRAGNFAPGS EPKEYLNDLP GNFNFDPLEL GKEKGTLQRY REAELIHCRW AMLGAAGCLA VEVLGLGNWY DAPLWAVTGD KPTWFGIEV PFDIATILGV EVVAMAVAEG LRNDNQDMEK RLYPGGAFDP LGFSKDPKSF EDKKLKELKN GRLAMVACLG F AGQHAATG KPILAALGDH LSSPFFNNFA TNGVSVPGV

+
分子 #2: Lhca2

分子名称: Lhca2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 22.813822 KDa
配列文字列: DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM ...文字列:
DRPLWSPGSE PPAWLDGSLA GDYGFDPLHL SEEPEMRKWM VQAELVHCRW AMLGVAGILF TSIGAKAGGN FPDWYDAGKE LQKNSDIPL GSLIFTELLL FGWVETKRLY DLRNPGSQGD GSFLGITDGL KGKENGYPGG LFDPMGMSKN EASFKEAKQK E VKNGRLAM LAFVGFIAQH HATHKSPIDN LLDHVADPFH VTFATNGVSI

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分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 22.732824 KDa
配列文字列: YLDGTLPGDY GFDPLGLLDP TVSNGQGAGG FVNPRWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEI LGKAGVIPAE TAVDWFRTGV IPPAGVYKD FWADPFTLFF IEVVAIQFAE LKRLQDYKNP GSQSRQYFLG LEGLFKGSDN PAYPGGPFFN FANFGKTEAE M KKLKLNEI ...文字列:
YLDGTLPGDY GFDPLGLLDP TVSNGQGAGG FVNPRWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEI LGKAGVIPAE TAVDWFRTGV IPPAGVYKD FWADPFTLFF IEVVAIQFAE LKRLQDYKNP GSQSRQYFLG LEGLFKGSDN PAYPGGPFFN FANFGKTEAE M KKLKLNEI KNGRLAMLAM FGYGAQAVIT GDGPFDNLLA HLADPTGANL IT

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分子 #4: Lhca4

分子名称: Lhca4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 23.131031 KDa
配列文字列: DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF ...文字列:
DRPLWYPGAT PPAHLDGSML GDYGFDPLRL GTNPDRMKWF REAELTNGRW AMAAVVGILF TDVFTSIGLV GLPKWWEAGA QTYPIDNQT LRTLAIIEFL LFGWVETKRL YDLRNPGSQG DGSFLGITDG LKGTENGYPG GIFDPLGYSK TSPEKLDELQ N GRLAMLAF LGFASTAAVN GQGPIESLQT HLADPFHVTF ATNGVSIPHF TEF

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分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 81.748172 KDa
配列文字列: VKIAVDRNPV ETNFEKWAKP GHFSRALAKG PNTTTWIWNL HADAHDFDNH TSDLEEISRK VFSAHFGQLG IILIWLSGMY FHGARFSNY EGWLSDPTHI KPSAQVVWPI VGQEILNGDV GGGFQGIQIT SGFFQLWRAS GITSELQLYS TAIGGLVLAA A CFFAGWFH ...文字列:
VKIAVDRNPV ETNFEKWAKP GHFSRALAKG PNTTTWIWNL HADAHDFDNH TSDLEEISRK VFSAHFGQLG IILIWLSGMY FHGARFSNY EGWLSDPTHI KPSAQVVWPI VGQEILNGDV GGGFQGIQIT SGFFQLWRAS GITSELQLYS TAIGGLVLAA A CFFAGWFH YHKAAPKLEW FQNVESMLNH HLAGLLGLGS LAWAGHQIHV SLPVNKLLDA GVDPKEIPLP HEFLLNQSII AD LYPSFSK GLAPFFTLNW AEYSDFLTFK GGLNPVTGGL WLSDTAHHHL AIAVLFLVAG HQYRTNWGIG HSIKDILESH KGP FTGNGH AGLYEILTTS WHAQLAINLA LFGSLSIIVA HHMYAMPPYP YLATDYGTQL SLFTHHMWIG GFCVVGAGAH AAIF MVRDY DPTNNYNNLL DRVIRHRDAI ISHLNWVSIF LGFHSFGLYI HNDTMSALGR PQDMFSDTAI QLQPVFAQWI QNTHF TAPQ LTAPNALAAT SLTWGGDVVA VGGKVAMMPI ALGTSDFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRLIPDK ANLGFR FPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNSLSI VIFHFSWKMQ SDVWGTVTDS GVSHITGGNF AQSANTINGW LRDFLWA QS SQVIQSYGSA LSAYGLMFLG AHFVWAFSLM FLFSGRGYWQ ELIESIVWAH NKLRVAPSIQ PRALSITQGR AVGVAHYL L GGIATTWSFF LARIIAVG

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分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 81.327992 KDa
配列文字列: FPKFSQGLAQ DPSTRRIWYG LATAHDFESH DGMTEENLYQ KIFASHFGQL AIIFLWTSGN LFHVAWQGNF EQWVTDPIHV RPIAHAIWD PHFGQPAVEA FTRGGASGPV NIATSGVYQW WYTIGLRSNQ ELYVSSVFLA LVSAVFLFAG WLHLQPNFQP S LSWFKDAE ...文字列:
FPKFSQGLAQ DPSTRRIWYG LATAHDFESH DGMTEENLYQ KIFASHFGQL AIIFLWTSGN LFHVAWQGNF EQWVTDPIHV RPIAHAIWD PHFGQPAVEA FTRGGASGPV NIATSGVYQW WYTIGLRSNQ ELYVSSVFLA LVSAVFLFAG WLHLQPNFQP S LSWFKDAE SRLNHHLAGL FGVSSLAWTG HLVHVAIPES RGQHVGWDNF LSVLPHPQGL TPFWSGNWAA YAQNPDTASH AF GTADGSG TAILTFLGGF HPQTQSLWLS DMAHHHLAIA VLFIVAGHMY RTNFGIGHRL EAILEAHTPP AGGLGAGHKG LFH TVNNSL HFQLGLALAS VGTITSLVAQ HMYSLPPYAY LAVDFTTQAS LYTHHQYIAG FIMCGAFAHG AIFFIRDYDP EQNK GNVLA RVLDHKEAII SHLSWVSLFL GFHTLGLYVH NDVVQAFGTP EKQILIEPVF AQWIQAAQGK SLYGFDLLLA SSSSP AYSA GQSLWLPGWL EAINNNQNSL FLTIGPGDFL VHHAIALGLH TTTLILVKGA LDARGSKLMP DKKDFGYSFP CDGPGR GGT CDISAYDAFY LAVFWMLNTI GWVTFYWHWK HLTLWQGNVS QFDESSTYLM GWLRDYLWLN SSQLINGYNP FGMNSLS VW AWTFLFGHLV YATGFMFLIS WRGYWQELIE TLVWAHEKTP LANLVYWKDK PVALSIVQAR LVGLAHFSVG YIFTYAAF L IASTAGRFG

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 8.71709 KDa
配列文字列:
AHVVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKAAQMAS SPRTEDCVGC KRCETACPTD FLSVRVYLGN ESTRSLGLAY

+
分子 #8: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 15.883294 KDa
配列文字列:
PWKQPELDPD TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWESP KEQIFEMPTG GAAIMRKGPN LLKFARKEQC MALTTQLRSK FRQTPCFYR VYADGKVQYL HPKDGVYPEK VNAGRVGVNQ NMRSIGKNVD PIKVVKFTGS EP

+
分子 #9: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 7.297158 KDa
配列文字列:
EIGPKRGSLV KVLRPESYWY NQVGKVVSVD QSGIRYPVVV RFENQNYAGV STNNYALDEI EEVK

+
分子 #10: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 18.212902 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYNKLERK ELKVLDKRLK QYEPGSAPYL ALQATKERTE NRFKTYAKQG LLCGNDGLPH LISDPGLALR FNHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGHVGRQYI ILSKEDAKPT DKEIILDVPL ALKLAFQGWA WPLASIQELR NGSLLEKDEN I TVS

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Green alga (しおひげむし)
分子量理論値: 4.467188 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVVGLGWAI FTSGLLIEIN RFFPDPLVFS

+
分子 #12: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #13: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #14: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 23 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 134 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #16: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 10 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #17: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #19: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #21: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #23: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 2.5 sec blotting before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4306 / 平均電子線量: 42.68 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 720711
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rhz


詳細: Minimal dunaliella salina photosystem I complex
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 45969
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yxr:
Dunaliella Minimal Photosystem I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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