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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1056 | |||||||||
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タイトル | Incorporation of aminoacyl-tRNA into the ribosome as seen by cryo-electron microscopy. | |||||||||
マップデータ | 70S pre-translocational state (70S bearing deacylated tRNAfMet in the P site and dipeptidyl MP-tRNA in the A site.) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Valle M / Zavialov A / Li W / Stagg SM / Sengupta J / Nielsen RC / Nissen P / Harvey SC / Ehrenberg M / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003 タイトル: Incorporation of aminoacyl-tRNA into the ribosome as seen by cryo-electron microscopy. 著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Wen Li / Scott M Stagg / Jayati Sengupta / Rikke C Nielsen / Poul Nissen / Stephen C Harvey / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, ...Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, at a resolution of approximately 9 A, showing that during the incorporation of the aa-tRNA into the 70S ribosome of Escherichia coli, the flexibility of aa-tRNA allows the initial codon recognition and its accommodation into the ribosomal A site. In addition, a conformational change observed in the GTPase-associated center (GAC) of the ribosomal 50S subunit may provide the mechanism by which the ribosome promotes a relative movement of the aa-tRNA with respect to EF-Tu. This relative rearrangement seems to facilitate codon recognition by the incoming aa-tRNA, and to provide the codon-anticodon recognition-dependent signal for the GTPase activity of EF-Tu. From these new findings we propose a mechanism that can explain the sequence of events during the decoding of mRNA on the ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1056.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1056-v30.xml emd-1056.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1056.gif | 77.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1056 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1056_validation.pdf.gz | 348.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1056_full_validation.pdf.gz | 348.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1056_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1056 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qzbMC 1qzcMC 1r2wMC 3dg2M 3iyxM 4v4vM 4v66M 1055C 1395C 1qzaC 1qzdC 1r2xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 70S pre-translocational state (70S bearing deacylated tRNAfMet in the P site and dipeptidyl MP-tRNA in the A site.) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 70S ribosome from E. coli complex. 70S-tRNAfMet-MF-tRNAPhe
全体 | 名称: 70S ribosome from E. coli complex. 70S-tRNAfMet-MF-tRNAPhe |
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要素 |
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-超分子 #1000: 70S ribosome from E. coli complex. 70S-tRNAfMet-MF-tRNAPhe
超分子 | 名称: 70S ribosome from E. coli complex. 70S-tRNAfMet-MF-tRNAPhe タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4 |
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-超分子 #1: 70S from E. coli
超分子 | 名称: 70S from E. coli / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: fMet-tRNAfMet
分子 | 名称: fMet-tRNAfMet / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: trna / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: Phe-tRNAPhe
分子 | 名称: Phe-tRNAPhe / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: trna / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #3: Elongation Factor Tu
分子 | 名称: Elongation Factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Elongation Factor / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM potassium phosphate, 5 mM magnesium acetate, 5 mM ammonium chloride, 95 mM potassium chloride, 0.5 mM calcium chloride, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, and 1 mM dithioerythritol |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-electron microscopy. No stain |
グリッド | 詳細: 300 mesh Quantifoil R2/4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 手法: two-face blotting for 1 second |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: corrected at 175,000 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49650 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: single tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: segregation in defocus groups and correction in volumes |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 52181 |
-原子モデル構築 1
詳細 | Protocol: rigid body. fitting carried out manually in "O" |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coeficient |
得られたモデル | PDB-1qzb: PDB-1qzc: PDB-1r2w: PDB-3dg2: PDB-3iyx: PDB-4v4v: PDB-4v66: |