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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10362 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the wild-type flagellar filament of the Firmicute Kurthia | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Gram-Positive Bacteria Flagella / Helical / Wild-Type / protein fibril | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Blum TB / Abrahams JP | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: The wild-type flagellar filament of the Firmicute Kurthia at 2.8 Å resolution in vivo. 著者: Thorsten B Blum / Sevasti Filippidou / Mathilda Fatton / Pilar Junier / Jan Pieter Abrahams / 要旨: Bacteria swim and swarm by rotating the micrometers long, helical filaments of their flagella. They change direction by reversing their flagellar rotation, which switches the handedness of the ...Bacteria swim and swarm by rotating the micrometers long, helical filaments of their flagella. They change direction by reversing their flagellar rotation, which switches the handedness of the filament's supercoil. So far, all studied functional filaments are composed of a mixture of L- and R-state flagellin monomers. Here we show in a study of the wild type Firmicute Kurthia sp., that curved, functional filaments can adopt a conformation in vivo that is closely related to a uniform, all-L-state. This sheds additional light on transitions of the flagellar supercoil and uniquely reveals the atomic structure of a wild-type flagellar filament in vivo, including six residues showing clearly densities of O-linked glycosylation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10362.map.gz | 57.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10362-v30.xml emd-10362.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10362_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10362.png | 65.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10362.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10362_validation.pdf.gz | 650.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10362_full_validation.pdf.gz | 649.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10362_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10362_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Flagellar Filament
全体 | 名称: Flagellar Filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Flagellar Filament
超分子 | 名称: Flagellar Filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) |
-分子 #1: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 44 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 29.530055 KDa |
組換発現 | 生物種: Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MRIQHNIAAL NTHRNLAANN AAASKNLEKL SSGFKINRAG DDAAGLAISE KMRGQISGLN MASKNSSDAI SLIQTAEGGL NETHAILQR MRELAVQSRN DTNDEATNDR SNLNDELKQL QEEITRISSQ MEFNNKKLLD GSQSTNGLTF QIGANAGQTI T MKISTMSA ...文字列: MRIQHNIAAL NTHRNLAANN AAASKNLEKL SSGFKINRAG DDAAGLAISE KMRGQISGLN MASKNSSDAI SLIQTAEGGL NETHAILQR MRELAVQSRN DTNDEATNDR SNLNDELKQL QEEITRISSQ MEFNNKKLLD GSQSTNGLTF QIGANAGQTI T MKISTMSA TKLGVDAAKA SISKGTAASK AIKSIDDAIN TVSKTRSALG AVQNRLEHTI NNLGTSAENL TAAESRIRDT DM AAEMMAF TKNNILTQAA QSMLAQANQQ PQGVLQLLQ UniProtKB: Flagellin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 86.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |