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- EMDB-30824: PA28alpha-beta in complex with immunoproteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30824
タイトルPA28alpha-beta in complex with immunoproteasome
マップデータPA28-iCP
試料
  • 複合体: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
キーワードproteasome / PA28 alpha / PA28 beta / immunoproteasome / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / spermatoproteasome complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / spermatoproteasome complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Orc1 removal from chromatin / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Interleukin-1 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / antigen processing and presentation of exogenous antigen / UCH proteinases / ABC-family proteins mediated transport / Ub-specific processing proteases / Downstream TCR signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Separation of Sister Chromatids / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Neutrophil degranulation / Proteasome assembly / proteasome core complex / fat cell differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / immune system process / endopeptidase activator activity / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / regulation of proteasomal protein catabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide binding / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / P-body / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ciliary basal body / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal ...Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome activator complex subunit 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-8 ...Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome activator complex subunit 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome activator complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Cong Y / Xu C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM of mammalian PA28αβ-iCP immunoproteasome reveals a distinct mechanism of proteasome activation by PA28αβ.
著者: Jinhuan Chen / Yifan Wang / Cong Xu / Kaijian Chen / Qiaoyu Zhao / Shutian Wang / Yue Yin / Chao Peng / Zhanyu Ding / Yao Cong /
要旨: The proteasome activator PA28αβ affects MHC class I antigen presentation by associating with immunoproteasome core particles (iCPs). However, due to the lack of a mammalian PA28αβ-iCP structure, ...The proteasome activator PA28αβ affects MHC class I antigen presentation by associating with immunoproteasome core particles (iCPs). However, due to the lack of a mammalian PA28αβ-iCP structure, how PA28αβ regulates proteasome remains elusive. Here we present the complete architectures of the mammalian PA28αβ-iCP immunoproteasome and free iCP at near atomic-resolution by cryo-EM, and determine the spatial arrangement between PA28αβ and iCP through XL-MS. Our structures reveal a slight leaning of PA28αβ towards the α3-α4 side of iCP, disturbing the allosteric network of the gatekeeper α2/3/4 subunits, resulting in a partial open iCP gate. We find that the binding and activation mechanism of iCP by PA28αβ is distinct from those of constitutive CP by the homoheptameric TbPA26 or PfPA28. Our study sheds lights on the mechanism of enzymatic activity stimulation of immunoproteasome and suggests that PA28αβ-iCP has experienced profound remodeling during evolution to achieve its current level of function in immune response.
履歴
登録2020年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.619
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.619
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dr6
  • 表面レベル: 0.619
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dr6
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30824.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PA28-iCP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.619 / ムービー #1: 0.619
最小 - 最大-1.4255573 - 2.32162
平均 (標準偏差)0.011535969 (±0.108066946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.408337.408337.408
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.4262.3220.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28

全体名称: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28
要素
  • 複合体: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-9
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-10
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-8

+
超分子 #1: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28

超分子名称: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 27.432459 KDa
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 25.927535 KDa
配列文字列: MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 29.525842 KDa
配列文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 27.911912 KDa
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGKDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGKDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV REFLEKNYTD EAIETDDLTI KLVIKALLEV VQSGGKNIEL AVMRRDQPLK ILNPEEIEKY VAEIEKEKEE NE KKKQKKA S

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 26.435977 KDa
配列文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR ...文字列:
MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 29.625654 KDa
配列文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列:
MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPT QPADEPAEKA DEPMEH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 28.441197 KDa
配列文字列: MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ...文字列:
MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DVVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG EITNGRHEIV PKDVREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #8: Proteasome activator complex subunit 2

分子名称: Proteasome activator complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.3986 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKPCGVRLS GEARKQVEVF RQNLFQEAEE FLYRFLPQKI IYLNQLLQED SLNVADLTSL RAPLDIPIPD PPPKDDEMET DKQEKKEVP KCGFLPGNEK VLSLLALVKP EVWTLKEKCI LVITWIQHLI PKIEDGNDFG VAIQEKVLER VNAVKTKVEA F QTTISKYF ...文字列:
MAKPCGVRLS GEARKQVEVF RQNLFQEAEE FLYRFLPQKI IYLNQLLQED SLNVADLTSL RAPLDIPIPD PPPKDDEMET DKQEKKEVP KCGFLPGNEK VLSLLALVKP EVWTLKEKCI LVITWIQHLI PKIEDGNDFG VAIQEKVLER VNAVKTKVEA F QTTISKYF SERGDAVAKA SKETHVMDYR ALVHERDEAA YGELRAMVLD LRAFYAELYH IISSNLEKIV NPKGEEKPSM Y

UniProtKB: Proteasome activator complex subunit 2

+
分子 #9: Proteasome activator complex subunit 1

分子名称: Proteasome activator complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.768141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMLRVQPEA QAKVDVFRED LCTKTENLLG SYFPKKISEL DAFLKEPALN EANLSNLKAP LDIPVPDPVK EKEKEERKKQ QEKEDKDEK KKGEDEDKGP PCGPVNCNEK IVVLLQRLKP EIKDVIEQLN LVTTWLQLQI PRIEDGNNFG VAVQEKVFEL M TSLHTKLE ...文字列:
MAMLRVQPEA QAKVDVFRED LCTKTENLLG SYFPKKISEL DAFLKEPALN EANLSNLKAP LDIPVPDPVK EKEKEERKKQ QEKEDKDEK KKGEDEDKGP PCGPVNCNEK IVVLLQRLKP EIKDVIEQLN LVTTWLQLQI PRIEDGNNFG VAVQEKVFEL M TSLHTKLE GFHTQISKYF SERGDAVTKA AKQPHVGDYR QLVHELDEAE YRDIRLMVME IRNAYAVLYD IILKNFEKLK KP RGETKGM IY

UniProtKB: Proteasome activator complex subunit 1

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 23.016947 KDa
配列文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCTEQMYGM CESLWEPNMD P EHLFETIS ...文字列:
MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCTEQMYGM CESLWEPNMD P EHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

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分子 #11: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 22.924309 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DYLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISREKAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
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UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

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分子 #12: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 26.278059 KDa
配列文字列: MLSSVAAYSG AGRDLAMEPH SSVGPLQLRF SPYAFNGGTV LAIAGEDFSI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ...文字列:
MLSSVAAYSG AGRDLAMEPH SSVGPLQLRF SPYAFNGGTV LAIAGEDFSI VASDTRLSEG FSIHTRDSPK CYKLTDKTVI GCSGFHGDC LTLTKIIEAR LKMYKHSNNK AMTTGAIAAM LSTILYSRRF FPYYVYNIIG GLDEEGKGAV YSFDPVGSYQ R DSFKAGGS ASAMLQPLLD NQVGFKNMQN VEHVPLSLDR AMRLVKDVFI SAAERDVYTG DALKVCIVTK EGIRGETVPL RK D

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

+
分子 #13: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 29.057018 KDa
配列文字列: MEALLESRSG LWAGGPAPGQ FYRIPPTPGS SVDPVSALYG SPITRTQNPM VTGTSVLGLK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PKAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG ...文字列:
MEALLESRSG LWAGGPAPGQ FYRIPPTPGS SVDPVSALYG SPITRTQNPM VTGTSVLGLK FEGGVVIAAD MLGSYGSLAR FRNISRIMR VNNSTMLGAS GDYADFQYLK QVLGQMVIDE ELLGDGHSYS PKAIHSWLTR AMYSRRSKMN PLWNTMVIGG Y ADGESFLG YVDMLGVAYE APSLATGYGA YLAQPLLREV LEKQPVLSQT EARELVERCM RVLYYRDARS YNRFQIATVT EK GVEIEGP LSAETNWDIA HMISGFE

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

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分子 #14: Proteasome subunit beta type-9

分子名称: Proteasome subunit beta type-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 23.427428 KDa
配列文字列: MLRTGAPNGD LPRAGEVHTG TTIMAVEFDG GVVVGSDSRV SAGEAVVNRV FDKLSPLHQH IYCALSGSAA DAQAIADMAA YQLELHGME LEEPPLVLAA ANVVRNITYK YREDLSAHLM VAGWDQREGG QVYGTMSGML IRQPFAIGGS GSTYIYGYVD A AYKPGMSP ...文字列:
MLRTGAPNGD LPRAGEVHTG TTIMAVEFDG GVVVGSDSRV SAGEAVVNRV FDKLSPLHQH IYCALSGSAA DAQAIADMAA YQLELHGME LEEPPLVLAA ANVVRNITYK YREDLSAHLM VAGWDQREGG QVYGTMSGML IRQPFAIGGS GSTYIYGYVD A AYKPGMSP EECRRFTTNA IALAMKRDGS SGGVIYLATI TGAGVDHRVI LGDELPRFYD E

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-9

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分子 #15: Proteasome subunit beta type-10

分子名称: Proteasome subunit beta type-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 29.128318 KDa
配列文字列: MQKTVLEPQR GFSFENCERN AALQRALPGL RVPHARKTGT TIAGLVFQDG VILGADTRAT NDSVVADKIC EKIHFIAPKI YCCGAGVAA DAEMTTRMAA SNMELHALST GRECRVATVT RMLRQTLFRY QGYVGASLIV GGVDFTGPQL YSVHPHGSYS R LPFTALGS ...文字列:
MQKTVLEPQR GFSFENCERN AALQRALPGL RVPHARKTGT TIAGLVFQDG VILGADTRAT NDSVVADKIC EKIHFIAPKI YCCGAGVAA DAEMTTRMAA SNMELHALST GRECRVATVT RMLRQTLFRY QGYVGASLIV GGVDFTGPQL YSVHPHGSYS R LPFTALGS GQDAAIAVLE DRFQPNMTLE AAQELLVEAI TAGILGDLGS GGNVDACVIT AAGAKMLRAL SSPTKPIERS SQ YRFAPGT TPVLSQTVVP LTLELVEETV QAMDVE

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-10

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分子 #16: Proteasome subunit beta type-8

分子名称: Proteasome subunit beta type-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 30.304332 KDa
配列文字列: MALLDVCGAP GGQRGDWAVP LAGSRQRSDP GHYGFSLRSP ELALPRGMQP TEFFRSLGGN GESKVQIEMA HGTTTLAFKF QHGVIVAVD SRASAGNYIA TLKVNKVIEI NPYLLGTMSG CAADCLYWER LLAKECRLYY LRNGERISVS AASKLLSNMM C QYRGMGLS ...文字列:
MALLDVCGAP GGQRGDWAVP LAGSRQRSDP GHYGFSLRSP ELALPRGMQP TEFFRSLGGN GESKVQIEMA HGTTTLAFKF QHGVIVAVD SRASAGNYIA TLKVNKVIEI NPYLLGTMSG CAADCLYWER LLAKECRLYY LRNGERISVS AASKLLSNMM C QYRGMGLS MGSMICGWDK KGPGLYYVDE NGTRLSGNMF STGSGNSHAY GVMDSGYRPD LSIEEAYDLG RRAIVHATHR DS YSGGVVN MYHMKEDGWV KVESTDVSDL MHQYREASQ

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45030
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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