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万見
- PDB-7dr6: PA28alpha-beta in complex with immunoproteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dr6
タイトルPA28alpha-beta in complex with immunoproteasome
要素
  • (Proteasome activator complex subunit ...) x 2
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
キーワードHYDROLASE / proteasome / PA28 alpha / PA28 beta / immunoproteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / spermatoproteasome complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / proteasome activator complex / spermatoproteasome complex / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Orc1 removal from chromatin / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Interleukin-1 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / antigen processing and presentation of exogenous antigen / UCH proteinases / ABC-family proteins mediated transport / Ub-specific processing proteases / Downstream TCR signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Separation of Sister Chromatids / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Neutrophil degranulation / Proteasome assembly / proteasome core complex / fat cell differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / immune system process / endopeptidase activator activity / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / regulation of proteasomal protein catabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide binding / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / P-body / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ciliary basal body / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal ...Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome activator complex subunit 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-8 ...Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome activator complex subunit 1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome activator complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Cong, Y. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM of mammalian PA28αβ-iCP immunoproteasome reveals a distinct mechanism of proteasome activation by PA28αβ.
著者: Jinhuan Chen / Yifan Wang / Cong Xu / Kaijian Chen / Qiaoyu Zhao / Shutian Wang / Yue Yin / Chao Peng / Zhanyu Ding / Yao Cong /
要旨: The proteasome activator PA28αβ affects MHC class I antigen presentation by associating with immunoproteasome core particles (iCPs). However, due to the lack of a mammalian PA28αβ-iCP structure, ...The proteasome activator PA28αβ affects MHC class I antigen presentation by associating with immunoproteasome core particles (iCPs). However, due to the lack of a mammalian PA28αβ-iCP structure, how PA28αβ regulates proteasome remains elusive. Here we present the complete architectures of the mammalian PA28αβ-iCP immunoproteasome and free iCP at near atomic-resolution by cryo-EM, and determine the spatial arrangement between PA28αβ and iCP through XL-MS. Our structures reveal a slight leaning of PA28αβ towards the α3-α4 side of iCP, disturbing the allosteric network of the gatekeeper α2/3/4 subunits, resulting in a partial open iCP gate. We find that the binding and activation mechanism of iCP by PA28αβ is distinct from those of constitutive CP by the homoheptameric TbPA26 or PfPA28. Our study sheds lights on the mechanism of enzymatic activity stimulation of immunoproteasome and suggests that PA28αβ-iCP has experienced profound remodeling during evolution to achieve its current level of function in immune response.
履歴
登録2020年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30824
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30824
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Proteasome subunit alpha type-6
M: Proteasome subunit alpha type-2
N: Proteasome subunit alpha type-4
O: Proteasome subunit alpha type-7
P: Proteasome subunit alpha type-5
Q: Proteasome subunit alpha type-1
R: Proteasome subunit alpha type-3
A: Proteasome activator complex subunit 2
B: Proteasome activator complex subunit 1
C: Proteasome activator complex subunit 1
D: Proteasome activator complex subunit 2
E: Proteasome activator complex subunit 1
F: Proteasome activator complex subunit 2
G: Proteasome activator complex subunit 1
a: Proteasome subunit alpha type-7
b: Proteasome subunit alpha type-5
c: Proteasome subunit alpha type-1
d: Proteasome subunit alpha type-3
e: Proteasome subunit alpha type-6
f: Proteasome subunit alpha type-2
g: Proteasome subunit alpha type-4
H: Proteasome subunit beta type-3
I: Proteasome subunit beta type-2
J: Proteasome subunit beta type-1
K: Proteasome subunit beta type-4
S: Proteasome subunit beta type-3
T: Proteasome subunit beta type-2
U: Proteasome subunit beta type-1
V: Proteasome subunit beta type-4
W: Proteasome subunit beta type-9
X: Proteasome subunit beta type-10
Y: Proteasome subunit beta type-8
Z: Proteasome subunit beta type-9
1: Proteasome subunit beta type-10
2: Proteasome subunit beta type-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)956,14235
ポリマ－956,14235
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area148170 Å2
ΔGint-585 kcal/mol
Surface area291460 Å2

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 LeMfNgOaPbQcRd

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6


分子量: 27432.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2YDE4
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2


分子量: 25927.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T0Y5
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4


分子量: 29525.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3ZCK9
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7


分子量: 27911.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3ZBG0
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5


分子量: 26435.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q5E987
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1


分子量: 29625.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T0X5
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 28441.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q58DU5

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Proteasome activator complex subunit ... , 2種, 7分子 ADFBCEG

#8: タンパク質 Proteasome activator complex subunit 2 / 11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / ...11S regulator complex subunit beta / REG-beta / Activator of multicatalytic protease subunit 2 / Proteasome activator 28 subunit beta / PA28beta


分子量: 27398.600 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSME2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UL46
#9: タンパク質
Proteasome activator complex subunit 1 / 11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / ...11S regulator complex subunit alpha / REG-alpha / Activator of multicatalytic protease subunit 1 / Interferon gamma up-regulated I-5111 protein / IGUP I-5111 / Proteasome activator 28 subunit alpha / PA28alpha


分子量: 28768.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSME1, IFI5111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06323

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Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HSITJUKVWZX1Y2

#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome chain 13 / Proteasome component C10-II / Proteasome theta chain


分子量: 23016.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P33672, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2


分子量: 22924.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q5E9K0, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1


分子量: 26278.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2TBX6, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4


分子量: 29057.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T108, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-9 / Proteasome subunit beta-1i


分子量: 23427.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3SZC2, proteasome endopeptidase complex
#15: タンパク質 Proteasome subunit beta type-10 / Proteasome subunit beta-2i


分子量: 29128.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T0T1, proteasome endopeptidase complex
#16: タンパク質 Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta-5i


分子量: 30304.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T112, proteasome endopeptidase complex

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 20S proteasome purified from bovine spleen in complex of human PA28
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 38 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45030 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00261040
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51882493
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.4137000
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.049290
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00310648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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